がんの多因子遺伝的なリスクスコアの開発とがん罹患リスク予測モデルの改善

2020 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 19K10655
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 山地 太樹 国立研究開発法人国立がん研究センター, 社会と健康研究センター, 室長 (10466203)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2022-03-31
• キーワード: GWAS / Polygenic risk score

研究実績の概要

本研究は、ゲノム網羅的な遺伝情報からがんの多因子遺伝的なリスクスコア（genome-wide polygenic risk score）を開発し、現在の「日本人のためのがんリスクチェックツール < https://epi.ncc.go.jp/riskcheck/>」のアルゴリズムとなっている環境要因だけで構成されたがん罹患リスク予測モデルの改善を図ることを目的としている。ゲノム網羅的な解析をもとに遺伝的リスクスコアの開発を行う際、有意な関連を示す遺伝子多型だけを用いる手法は比較的良く用いられているが、関連が示唆される遺伝子多型まで含めて、より多因子遺伝的なリスクスコアを開発しようとする点が、本研究の学術的特徴である。
2020年度の前半は、2019年度中に整備したジェノタイプデータとジェノタイプインピュテーションデータを用いて、がんのゲノム網羅的な関連解析を行い、【マイルストン３】を達成した。2020年度の後半から【マイルストン４】に着手し、がんのゲノム網羅的な解析で、有意な関連とする基準を段階的に緩め、がんとの関連が示唆される遺伝子多型数を増加させながら、複数の多因子遺伝的なリスクスコアを構築し、それらの性能を評価している。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究計画書に定めたマイルストンを順調に達成しているため。

今後の研究の推進方策

2021年度の計画に従って、がんとの関連を有意とする最良の閾値を見つけ、がんの持つ多因子遺伝性を最もよく反映する遺伝的リスクスコアを開発する。

次年度使用額が生じた理由

実験消耗品が、予定より安価に購入できたため、次年度使用額が生じた。2021年度に、研究の実施に必要な消耗品の購入で、執行する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Population-specific and trans-ancestry genome-wide analyses identify distinct and shared genetic risk loci for coronary artery disease (2020)
  • 著者名/発表者名: 2.Koyama S, Ito K, Terao C, Akiyama M, Horikoshi M, Momozawa Y, Matsunaga H, Ieki H, Ozaki K, Onouchi Y, Takahashi A, Nomura S, Morita H, Akazawa H, Kim C, Seo JS, Higasa K, Iwasaki M, Yamaji T, et al.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 52 ページ: 1169～1177
  • DOI: 10.1038/s41588-020-0705-3
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Inclusion of a gene‐environment interaction between alcohol consumption and the aldehyde dehydrogenase 2 genotype in a risk prediction model for upper aerodigestive tract cancer in Japanese men (2020)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki Motoki、Budhathoki Sanjeev、Yamaji Taiki、Tanaka‐Mizuno Sachiko、Kuchiba Aya、Sawada Norie、Goto Atsushi、Shimazu Taichi、Inoue Manami、Tsugane Shoichiro、for the Japan Public Health Center‐based Prospective Study (JPHC Study) Group
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 111 ページ: 3835～3844
  • DOI: 10.1111/cas.14573
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases (2020)
  • 著者名/発表者名: Ishigaki K, Akiyama M, Kanai M, Takahashi A, Kawakami E, Sugishita H, Sakaue S, Matoba N, Low SK, Okada Y, Yamaji T, et al
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 52 ページ: 669～679
  • DOI: 10.1038/s41588-020-0640-3
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-wide association meta-analysis identifies GP2 gene risk variants for pancreatic cancer (2020)
  • 著者名/発表者名: Lin Y, Nakatochi M, Hosono Y, Ito H, Kamatani Y, Inoko A, Sakamoto H, Kinoshita F, Kobayashi Y, Ishii H, Yamaji T,et al.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 11 ページ: 3175
  • DOI: 10.1038/s41467-020-16711-w
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Transethnic Meta-Analysis of Genome-Wide Association Studies Identifies Three New Loci and Characterizes Population-Specific Differences for Coronary Artery Disease (2020)
  • 著者名/発表者名: Matsunaga H, Ito K, Akiyama M, Takahashi A, Koyama S, Nomura S, Ieki H, Ozaki K, Onouchi Y, Sakaue S, Suna S, Ogishima S, Yamamoto M, Hozawa A, Satoh M, Sasaki M, Yamaji T, et al.
  • 雑誌名: Circulation: Genomic and Precision Medicine 巻: 13 ページ: e002670
  • DOI: 10.1161/CIRCGEN.119.002670
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 1.FTO gene polymorphism, plasma levels of leptin and adiponectin, and the risk of colorectal cancer. (2020)
  • 著者名/発表者名: Taiki Yamaji, Motoki Iwasaki, Norie Sawada, Taichi Shimazu, Manami Inoue, Shoichiro Tsugane.
  • 学会等名: 第79回日本癌学会学術総会
• [備考] 国立がん研究センター 予防研究グループ 多目的コホート研究
  • URL: http://epi.ncc.go.jp/jphc/index.html