研究課題/領域番号 |
19K16105
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研究機関 | 横浜市立大学 |
研究代表者 |
保坂 碧 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 共同研究員 (10837347)
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研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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キーワード | エピゲノム |
研究実績の概要 |
トランスポゾンとはゲノムに寄生する反復性の配列であり、転移、増殖することができる配列である。トランスポゾンは宿主にとって潜在的に有害な因子であり、DNAメチル化などのエピジェネティックな制御のもと抑制されているが、ゲノム進化にも大きく貢献することが知られている。しかしトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体は未だ不明な点が多い。 本研究の目的は、茎頂分裂組織(SAM)で生じるトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体、すなわちSAMにおける(1)トランスポゾンの発現制御の遺伝的基盤、(2)トランスポゾンによる宿主への影響について明らかにすることである。これを達成するため、本研究では栽培イネおよび野生イネを材料に、種間や系統間でトランスポゾンの分布やSAMにおけるエピジェネティックな状態が異なる領域をゲノムワイドに同定し、宿主の遺伝子発現パターンや発生制御に与える影響を比較する。 2020年度では、2019年度に確立したロングリードシーケンス技術を用いて、日本晴れ、および複数の野生種ゲノム、さらに日本晴れと野生種の交雑系統のゲノムを新規に構築した。さらに、これらのゲノムワイドなDNAメチル化および発現プロファイルを取得した。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
研究計画で予定していた通り、複数の野生種のゲノム構築を完了している。また、日本晴れと野生種の交雑系統のゲノム構造解析から染色体構造における予想外の知見を得ている。今後新たな方向へも研究を展開できると考える。
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今後の研究の推進方策 |
2021年度は、2020年度に構築したゲノム情報基盤、DNAメチル化、および発現プロファイルのデータの統合的な解析を行う予定である。また、これらの交雑系統も合わせて解析することで、種間交雑がゲノム機能に与える影響を合わせて解析を行う。
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次年度使用額が生じた理由 |
本年度は新型コロナウイルスの影響により計上していた旅費が全て取りやめになったため、当初の予定と差額が生じた。今年度以降はこれらの予算を次世代シーケンス解析の費用に充てる予定である。
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