研究課題/領域番号 |
19K16105
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研究機関 | 横浜市立大学 |
研究代表者 |
保坂 碧 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 共同研究員 (10837347)
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研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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キーワード | エピゲノム / RNA-seq / BS-seq |
研究実績の概要 |
トランスポゾンとはゲノムに寄生する反復性の配列であり、転移、増殖することができる配列である。トランスポゾンは宿主にとって潜在的に有害な因子であり、DNAメチル化などのエピジェネティックな制御のもと抑制されているが、ゲノム進化にも大きく貢献することが知られている。しかしトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体は未だ不明な点が多い。 本研究の目的は、茎頂分裂組織(SAM)で生じるトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体、すなわちSAMにおける(1)トランスポゾンの発現制御の遺伝的基盤、(2)トランスポゾンによる宿主への影響について明らかにすることである。これを達成するため、本研究では栽培イネおよび野生イネを材料に、種間や系統間でトランスポゾンの分布やSAMにおけるエピジェネティックな状態が異なる領域をゲノムワイドに同定し、宿主の遺伝子発現パターンや発生制御に与える影響を比較する。 2021年度では、栽培イネ、野生イネ、およびその交雑F1世代におけるトランスクリプトーム解析およびエピゲノム解析をおこなった。その結果、交雑F1世代に特異的な遺伝子発現バターンを見出した。この交雑では雑種強勢を示すことが知られており、雑種強勢の分子基盤の解明に貢献すると期待される。 また、オープンクロマチン領域を検出するATAC-seqの実験系の確立およびクロマチン免疫沈降法の微量化に向けた条件検討をおこなった。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
本年度は、交雑F1世代において予想外の知見を得た一方、茎頂分裂組織(SAM)における解析条件の検討に時間を要しているため、全体としてやや遅れていると判断した。
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今後の研究の推進方策 |
引き続き微小サンプルにおけるエピゲノム解析手法の条件検討を行う。また、これまで取得したエピゲノムデータ解析を行う。
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次年度使用額が生じた理由 |
今年度予定されていた国際学会が次年度へ延期になったため旅費分を繰り越した
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