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本研究は、ニホンザルにおける遺伝的地理的多様性とその形成プロセスを推定した。ニホンザルは、中国のアカゲザル、インドのアカゲザル、タイワンザルのクレードと姉妹関係にあることが示された。ニホンザル種内では、中部地方を境界として北東と南西のグループに別れること、それらの間に遺伝子流動があったことが示唆された。最終氷期最盛期には、日本列島の南岸の限られた地域（レフュジア）に分布していた可能性が高い。ニホンザルの系統地理的多様性は、主に、氷期のレフュジアへの隔離に伴う東北-南西分岐とその後の集団間遺伝子流動によって形成されたと考えられる。
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