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2020 年度 実施状況報告書

重力による翻訳制御の網羅的解析

研究課題

研究課題/領域番号 19K22406
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

岩崎 信太郎  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (80611441)

研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2022-03-31
キーワード翻訳 / Ribosome / Ribosome profiling / 重力 / ミトコンドリア
研究実績の概要

本研究は重力がタンパク質合成にどう影響しうるか、を検証することを目的としている。これを解析するために、ヒトHEK293細胞を微小重力を再現することので きるクリノスタットをもちい培養し、ribosome profilingを行った。その結果、ミトコンドリアゲノムにコードされた13のmRNAの翻訳が微小重力によって減少する、ということを見出した。これに対し、RNA-seqを行ったが、mRNAの両変化は観察されない。この研究結果は重力が何らかの分子を介して、細胞内のオルガネラまで伝わり、ミトコンドリア内のタンパク質合成の調節を担っているという、極めて新規な現象を発見したことを示している。同様の現象はヒトだけでなくマウス培養細胞でも見られることから進化的に保存された現象であることが分かった。また、逆に加重力によって、ミトコンドリア翻訳が亢進することも分かっており、非常に可塑的な反応であることが示唆される。これまでに微小重力によって細胞接着が物理的に弱まることが知られていたことから、細胞接着がミトコンドリア翻訳の活性化につながっているかを検証した。ミトコンドリア内で合成されているタンパク質を特異的にラベルする手法を用いて解析を行うと、ラミニンによる細胞接着をの増減に比例して、ミトコンドリア翻訳が調整されていることが明らかになった。またこれには細胞接着斑キナーゼであるFAKが必要であることもわかってきた。また、細胞を微小重力においた後にミトコンドリア内プロテオームをSILAC法で解析したところミトコンドリアタンパク質自体が減少することも明らかになりつつある。本研究によってこれまで未知であった、重力-細胞接着-ミトコンドリア翻訳の制御軸を明らかにするものである。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年までの解析により、これまで未知であった生命現象の一旦が明らかになっている。今後さらにその分子機構の理解が望まれる。

今後の研究の推進方策

FAKが細胞接着の情報をミトコンドリア翻訳へ伝える重要な因子であることがわかったものの、その下流には複数のキナーゼが存在し、どの経路が必須であるのかといった点は不明である。これまでに知られていない新規キナーゼが必要である可能性もある。また、最終的に情報をミトコンドリアのマトリックスで行われている翻訳へ伝える必要があるが、情報の伝達のためにミトコンドリア膜を通過しなければならず、そのような因子の手がかりが全くない。このような因子を同定するためには、新たなスリーニング系が必須であり、複数の手法を組み合わせることを計画している。

次年度使用額が生じた理由

本研究はJAXAとの共同研究の上、国際宇宙ステーションきぼう実験室中で微小重力実験を行うことを想定していたが、国際宇宙ステーションへサンプルを届けるロケット打ち上げの延期、および国際宇宙ステーション上の実験機器の故障が重なったため、研究計画が遅延した。無事実験は終了しているが、地上へのサンプルの回収、および実験、解析が今後必須であり、これに合わせ、次年度に研究費の使用が必要となった。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 2件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (4件) 産業財産権 (1件) (うち外国 1件)

  • [国際共同研究] University of California, Berkeley/University of California, San Francisco(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of California, Berkeley/University of California, San Francisco
  • [雑誌論文] Spliceostatin A interaction with SF3B limits U1 snRNP availability and causes premature cleavage and polyadenylation2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshimoto Rei、Chhipi-Shrestha Jagat K.、Schneider-Poetsch Tilman、Furuno Masaaki、Burroughs A. Maxwell、Noma Shohei、Suzuki Harukazu、Hayashizaki Yoshihide、Mayeda Akila、Nakagawa Shinichi、Kaida Daisuke、Iwasaki Shintaro、Yoshida Minoru
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: S2451-9456 ページ: 00111-2

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.03.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Pentatricopeptide Repeat Protein PGR3 Is Required for the Translation of petL and ndhG by Binding Their 5′ UTRs2021

    • 著者名/発表者名
      Higashi Haruka、Kato Yoshinobu、Fujita Tomoya、Iwasaki Shintaro、Nakamura Masayuki、Nishimura Yoshiki、Takenaka Mizuki、Shikanai Toshiharu
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: pcaa180 ページ: pcaa180

    • DOI

      10.1093/pcp/pcaa180

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dual targeting of DDX3 and eIF4A by the translation inhibitor rocaglamide A2021

    • 著者名/発表者名
      Chen Mingming、Asanuma Miwako、Takahashi Mari、Shichino Yuichi、Mito Mari、Fujiwara Koichi、Saito Hironori、Floor Stephen N.、Ingolia Nicholas T.、Sodeoka Mikiko、Dodo Kosuke、Ito Takuhiro、Iwasaki Shintaro
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 28 ページ: 475~486.e8

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2020.11.008

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Protocol for Disome Profiling to Survey Ribosome Collision in Humans and Zebrafish2020

    • 著者名/発表者名
      Mito Mari、Mishima Yuichiro、Iwasaki Shintaro
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 1 ページ: 100168~100168

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2020.100168

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ribosomal protein S7 ubiquitination during ER stress in yeast is associated with selective mRNA translation and stress outcome2020

    • 著者名/発表者名
      Matsuki Yasuko、Matsuo Yoshitaka、Nakano Yu、Iwasaki Shintaro、Yoko Hideyuki、Udagawa Tsuyoshi、Li Sihan、Saeki Yasushi、Yoshihisa Tohru、Tanaka Keiji、Ingolia Nicholas T.、Inada Toshifumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 19669

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76239-3

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete chemical structures of human mitochondrial tRNAs2020

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Takeo、Yashiro Yuka、Kikuchi Ittoku、Ishigami Yuma、Saito Hironori、Matsuzawa Ikuya、Okada Shunpei、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Ma Ding、Zhao Xuewei、Asano Kana、Lin Huan、Kirino Yohei、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 ページ: 4269

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18068-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Implications of RNG140 (caprin2)-mediated translational regulation in eye lens differentiation2020

    • 著者名/発表者名
      Nakazawa Kaori、Shichino Yuichi、Iwasaki Shintaro、Shiina Nobuyuki
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 ページ: 15029~15044

    • DOI

      10.1074/jbc.RA120.012715

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] N-terminal deletion of Swi3 created by the deletion of a dubious ORF YJL175W mitigates protein burden effect in S. cerevisiae2020

    • 著者名/発表者名
      Saeki Nozomu、Eguchi Yuichi、Kintaka Reiko、Makanae Koji、Shichino Yuichi、Iwasaki Shintaro、Kanno Manabu、Kimura Nobutada、Moriya Hisao
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 ページ: 9500

    • DOI

      10.1038/s41598-020-66307-z

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genome-wide Survey of Ribosome Collision2020

    • 著者名/発表者名
      Han Peixun、Shichino Yuichi、Schneider-Poetsch Tilman、Mito Mari、Hashimoto Satoshi、Udagawa Tsuyoshi、Kohno Kenji、Yoshida Minoru、Mishima Yuichiro、Inada Toshifumi、Iwasaki Shintaro
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 31 ページ: 107610~107610

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.107610

    • 査読あり
  • [学会発表] 葉緑体翻訳と細胞質mRNA調節のシンクロナイゼーション2021

    • 著者名/発表者名
      岩崎信太郎
    • 学会等名
      第62回日本植物生理学会年会
    • 招待講演
  • [図書] 相分離生物学の全貌(現代化学増刊46) RNP顆粒研究を加速するトランスクリプトーム解析技術2020

    • 著者名/発表者名
      七野悠一、岩崎信太郎
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807913466
  • [備考] スプライシング調節化合物がもたらす新たな作用を発見

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2021/20210330_1/

  • [備考] 翻訳阻害抗がん剤の二つ目の標的を同定

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2020/20201002_1/index.html

  • [備考] ヒトミトコンドリアtRNA修飾の全体像を解明

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2020/20200831_1/index.html

  • [備考] リボソームの交通渋滞を見つける方法

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2020/20200506_1/index.html

  • [産業財産権] 非リボソームRNA含有試料の製造方法2020

    • 発明者名
      水戸麻理、岩崎信太郎
    • 権利者名
      水戸麻理、岩崎信太郎
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      PCT/JP2020/043538
    • 外国

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公開日: 2024-12-25  

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