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2009 年度 実績報告書

天然変性タンパク質の動的構造と機能制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20227009
研究機関横浜市立大学

研究代表者

西村 善文  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (70107390)

研究分担者 明石 知子  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (10280728)
長土居 有隆  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 助教 (50336591)
キーワードNMR / 転写因子 / クロマチン / 動的構造 / 天然変性状態
研究概要

1.酵母のEsa1のクロモドメインはRNA結合活性を持つことを解明したが、Esa1のヒトホモログのTip60のクロモドメインの構造を解析し、RNA結合活性を調べたがRNAに結合しないことを見出した。Esa1でN末に存在する変性領域を含んだ部位がTip60のクロモドメインにはなく同じホモログであっても構造と機能に多様性があることが分かった。
2.ヒストンの大腸菌発現系を用いてヒストンH2A/H2Bの複合体を調製した。H2A/H2Bの2量体で、MSで分子イオンを観測するのに適した試料調製法やMSの測定条件の最適化を行った。さらにH2AをPAD4でシトルリン化し、H2AのN末のフレキシブルなアームがシトルリン化されH2A/H2B複合体の構造の安定性が増すことが分かった。またH2Aをラベルした複合体でNMR測定を行った。
3.TRF2の塩基性ドメインと2量体形成ドメインをシステインのSS結合でモデル化した変異体を作成し塩基性ドメインは天然変性状態であり、2量体特異的な核酸結合活性があることが分かり、その特異性を検討した。
4.神経特異的な転写抑制因子RESTのN末の転写抑制ドメインとSin3との複合体構造に基づいてSin3に結合する化合物のNMRスクリーニングを行ないさらにSTD実験から4個の化合物を同定した。これらの化合物について、NRSFが関連する髄芽腫での細胞阻害活性を市大医学部と共同研究で調べたところ2個において増殖阻害活性が見出された。転写抑制因子RESTのC末の転写抑制ドメイン(RD2)はZnフィンガーを含んでいて、DNA結合能を持つことを見出した。
5.基本転写因子のTFIIEとTFIIHの相互作用に関しては、TFIIEのαサブユニットのC末酸性ドメインとTFIIHのp62サブユニットが複合体構造に基づいて動的構造の解析を開始した。
6.Eaf3のクロモドメインの構造を解析しメチル化ヒストンとの新規認識機構を解明した。

  • 研究成果

    (30件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (26件)

  • [雑誌論文] The structure of the N-terminal regulatory domain of a plant NADPH oxidase and its functional implications2010

    • 著者名/発表者名
      Oda, T., Hashimoto, H., Kuwabara, N., Akashi, S., Hayashi, K., Kojima, C., Wong, H.L., Kawasaki, T., Shimamoto, K., Sato, M., Shimizu, T.
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 285

      ページ: 1435-1445

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Self-Assembled Protein Nanotube with High Aspect Ratio2009

    • 著者名/発表者名
      Miranda, F.F., Iwasaki, K., Akashi.S., Sumitomo, K., Kobayashi, M., Yamashita, I., Tame, J.R., Heddle, J.G.
    • 雑誌名

      Small 5

      ページ: 2077-2084

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of human REV7 in complex with a REV3 fragment2009

    • 著者名/発表者名
      Hara, K., Shimizu, T., Unzai, S., Akashi, S., Sato, M., Hashimoto, H.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun F65

      ページ: 1302-1305

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 巨大タンパク質の質量分析2009

    • 著者名/発表者名
      明石知子
    • 雑誌名

      ぶんせき 55

      ページ: 422-427

  • [学会発表] NMR Experiments on Drug Candidates for the Sin3 Corepressor Bound to the Neural Repressor NRSF/REST Related to Meduloblastoma2010

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      PepCon2010
    • 発表場所
      北京(中国)
    • 年月日
      20100320-20100323
  • [学会発表] 転写制御因子、ピストン修飾因子の構造生物学2010

    • 著者名/発表者名
      長土居有隆, 奥田昌彦, 明石知子, 西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
    • 発表場所
      新神戸(兵庫県)
    • 年月日
      20100316-20100317
  • [学会発表] 基本転写因子TFIIEとそれと相互作用するタンパク質群の機能解析2010

    • 著者名/発表者名
      田中亜紀, 水田翔子, 奥田昌彦, 西村善文, 大熊芳明
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
    • 発表場所
      新神戸(兵庫県)
    • 年月日
      20100316-20100317
  • [学会発表] クロマチン上での基本転写因子、転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2010

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
    • 発表場所
      新神戸(兵庫県)
    • 年月日
      20100316-20100317
  • [学会発表] 転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2010

    • 著者名/発表者名
      長土居有隆, 奥田昌彦, 明石知子, 西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム研究交流会
    • 発表場所
      東京国際フォーラム(東京都)
    • 年月日
      2010-03-05
  • [学会発表] 基本転写因子TFIIEとそれと相互作用するタンパク質群の機能解析2010

    • 著者名/発表者名
      田中亜紀, 水田翔子, 奥田昌彦, 西村善文, 大熊芳明
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム研究交流会
    • 発表場所
      東京国際フォーラム(東京都)
    • 年月日
      2010-03-05
  • [学会発表] 転写関連因子の天然変性状態2010

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク研究プログラム研究交流会
    • 発表場所
      東京大学山上会館(東京都)
    • 年月日
      2010-03-04
  • [学会発表] 天然変性タンパク質による転写調節機構(ワークショップテーマ)2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会(MBSJ)
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 年月日
      20091209-20091212
  • [学会発表] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      森脇義仁, 佐藤昌彦, 長土居有隆, 西村善文
    • 学会等名
      平成21年度 日本分光学会年次講演会
    • 発表場所
      東京工業大学百年記念館(東京都)
    • 年月日
      20091116-20091118
  • [学会発表] ヒストンアセチルトランスフェラーゼ Esa1のクロモドメインの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      下條秀朗, 佐野徳彦, 森脇義仁, 奥田昌彦, 堀越正美, 西村善文
    • 学会等名
      平成21年度 日本分光学会年次講演会
    • 発表場所
      東京工業大学百年記念館(東京都)
    • 年月日
      20091116-20091118
  • [学会発表] ヒト基本転写因子TFIIE alhpa 酸性ドメインの動的構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      小松正史, 奥田昌彦, 長土居有隆, 菅瀬謙治, 西村善文
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡県)
    • 年月日
      20091110-20091112
  • [学会発表] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      森脇義仁, 佐藤昌彦, 長土居有隆, 西村善文
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡県)
    • 年月日
      20091110-20091112
  • [学会発表] ヒストンアセチルトランスフェラーゼ Esa1のクロモドメインの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      下條秀朗, 佐野徳彦, 森脇義仁, 奥田昌彦, 堀越正美, 西村善文
    • 学会等名
      第48回NMR討論会
    • 発表場所
      九州大学医学部百年講堂(福岡県)
    • 年月日
      20091110-20091112
  • [学会発表] Intrinsically Disordered Transcription-related Proteins2009

    • 著者名/発表者名
      奥田昌彦, 長土居有隆, 小松正史, 西村善文
    • 学会等名
      第3回アジア-太平洋NMRシンポジウム(APNMR)
    • 発表場所
      Ramada Plaza Jeju Hotel(韓国)
    • 年月日
      20091025-20091028
  • [学会発表] シトルリン化によるヒストンH2A/HBの構造変化2009

    • 著者名/発表者名
      下山真吾, 長土居有隆, 立和名博昭, 山田道之, 佐藤衛, 胡桃坂仁志, 西村善文, 明石知子
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] 天然変性転写関連タンパク質2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] NMRによるヒストンヌクレオソームコアの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      森脇義仁, 佐藤昌彦, 長土居有隆, 西村善文
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] ヒストンアセチルトランスフェラーゼ Esa1のクロモドメインの立体構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      下條秀朗, 佐野徳彦, 森脇義仁, 奥田昌彦, 堀越正美, 西村善文
    • 学会等名
      第82回日本生化学会大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • 年月日
      20091021-20091024
  • [学会発表] クロマチン上での基本転写因子、転写制御因子、ヒストン修飾因子の構造生物学2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      ターゲットタンパク全体交流会
    • 発表場所
      ウエスティン都ホテル京都(京都府)
    • 年月日
      20090831-20090901
  • [学会発表] 核内天然変性タンパク質の分子認識機構2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
    • 年月日
      20090520-20090522
  • [学会発表] 生命のメカニズムに迫るESI-MS -X線結晶構造解析との collaboration で見えてくる生体超分子の構造-2009

    • 著者名/発表者名
      明石知子
    • 学会等名
      第57回質量分析総合討論会
    • 発表場所
      大阪国際交流センター(大阪府)
    • 年月日
      20090513-20090515
  • [学会発表] 核内タンパク質の構造的柔軟性と機能発現2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      第36回構造生物応用研究会
    • 発表場所
      御殿場高原ホテル(静岡県)
    • 年月日
      20090403-20090404
  • [学会発表] NMR Studies on Nuclear Proteins2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      よこはまNMR構造生物学研究会 第39回ワークショップ「RNAの構造生物学」
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2009-11-12
  • [学会発表] 天然変性タンパク質と結合化合物のスクリーニング2009

    • 著者名/発表者名
      西村義文
    • 学会等名
      サントリー生有研フォーラム
    • 発表場所
      大阪府
    • 年月日
      2009-08-20
  • [学会発表] ヒストンアセチル化酵素Esa1のRNA認識2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      よこはまNMR構造生物学研究会 第37回ワークショップ「RNAの構造生物学」
    • 発表場所
      理化学研究所横浜研究所交流棟ホール(神奈川県)
    • 年月日
      2009-07-24
  • [学会発表] 遺伝子のスイッチに働くタンパク質2009

    • 著者名/発表者名
      西村善文
    • 学会等名
      サタデーサイエンス~高校生のための「生命科学シンポジウム」
    • 発表場所
      横浜サイエンスフロンティア高校(神奈川県)
    • 年月日
      2009-05-16

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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