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2010 年度 研究成果報告書

転写因子の結合とヌクレオソーム構造にもとづく遺伝子転写制御機構の推定

研究課題

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研究課題/領域番号 20300103
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関独立行政法人日本原子力研究開発機構

研究代表者

河野 秀俊  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究主幹 (40291918)

連携研究者 松本 淳  日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門・生体分子シミュレーショングループ, 研究副主幹 (10399420)
研究期間 (年度) 2008 – 2010
キーワードバイオインフォマティクス / ヌクレオソーム / 転写 / 遺伝子発現 / 制御
研究概要

遺伝子の発現は、転写因子の特定DNA配列への結合とヌクレオソーム構造によって制御されている。本研究では、研究が進んでいないヌクレオソームの位置を予測する方法を開発し、酵母ゲノムに対して適用した。結果、予測されたヌクレオソーム位置の転写開始点付近での分布から、酵母遺伝子の転写パターンは大きく5 つに分類されることがわかった。GC配列の含有量が多いものほどヌクレオソーム構造を形成しやすい傾向にあり、この含有量と特定の2塩基配列の周期性がヌクレオソーム形成に深く関わっていることが示唆された。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (7件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] A Generalized Conformational Energy Function of DNA Derived from Molecular Dynamics Simulations2009

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki S., Terada T., Shimizu K., Kono H., Sarai A.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 37

      ページ: e135

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation of DNA Intramolecular Interactions for Nucleosome Positioning in Yeast.2009

    • 著者名/発表者名
      Fernandez M., Fujii S., Kono H., Sarai, A.
    • 雑誌名

      Genome Informatics 23

      ページ: 13-20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sequence dependencies of DNA deformability and hydration in the minor groove.2009

    • 著者名/発表者名
      Yonetani Y., Kono H.
    • 雑誌名

      Biophys J 97

      ページ: 1138-47

    • 査読あり
  • [学会発表] Free energy profiles for nucleosome position changes.2011

    • 著者名/発表者名
      Kono H., Kanaeda N., Ishida H.
    • 学会等名
      55th Biophysical Society Annual Meeting
    • 発表場所
      Baltimore, USA
    • 年月日
      20110300
  • [学会発表] 構造バイオインフォマティクスと分子動力学計算による遺伝子発現制御メカニズムの理解2010

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会第83回日本生科学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸(招待講演)
    • 年月日
      20101200
  • [学会発表] 情報エントロピーを用いたタンパク質-DNA認識におけるindirect readoutの寄与の評価2010

    • 著者名/発表者名
      山崎智,河野秀俊,清水謙多郎,皿井明倫,寺田透
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20100600
  • [学会発表] ヌクレオソームポジションにおける間接認識の役割2010

    • 著者名/発表者名
      Fernandez M.,藤井聡,河野秀俊,皿井明倫
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20100600
  • [学会発表] Structure-based Analysis of Cooperativity in Protein-DNA Recognition2009

    • 著者名/発表者名
      Tanaka A., Fujii S., Kono H., Sarai A.
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] Role of indirect readout in protein-DNA recognition assessed by a Bayesian approach2009

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki S., Fukui K., Kono H., Shimizu K., Sarai A., Terada T.
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      20091000
  • [学会発表] タンパク質-DNA相互作用の認識塩基配列と非認識塩基配列による違い2008

    • 著者名/発表者名
      徳久淳師,河野秀俊
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      東京(日本)
    • 年月日
      20080600
  • [図書] DNAの水和水とダイナミクスの塩基配列依存症-DNA-タンパク質、DNA-低分子認識の理解に向けて(揺らぎと生体機能10月別冊)2010

    • 著者名/発表者名
      米谷佳晃,河野秀俊
    • 総ページ数
      66-71
    • 出版者
      メディカルバイオ
  • [図書] Chapter 13 Rotamer Libraries for Molecular Modeling and Design of Proteins (Protein Design and Engineering)2009

    • 著者名/発表者名
      河野秀俊
    • 出版者
      Park&Cochran, Taylor & Francis Group
  • [図書] タンパク質とDNAの結合予測.実験医学増刊号(26)2008

    • 著者名/発表者名
      皿井明倫,河野秀俊
    • 総ページ数
      133-139
    • 出版者
      バイオデータベースとソフトウェア最前線
  • [備考] ホームページ等

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公開日: 2012-01-26   更新日: 2016-04-21  

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