オンライン細胞モデリング及びシミュレーション環境の構築

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20710158
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 慶應義塾大学
• 研究代表者: 荒川 和晴 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: システムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 / E-Cell / G-language / GEM System

研究概要

生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブサービスを開発し、インターネット上で公開した。

研究成果

• [雑誌論文] G-language Genome Analysis Environment with REST and SOAP Web Service Interfaces (2010)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research Vol.38(in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pathway Projector: Web-based Zoomable Pathway Browser using KEGG Atlas and Google Maps API (2009)
  • 著者名/発表者名: Nobuaki Kono, Kazuharu Arakawa, Ryu Ogawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Keita Ikegami, Satoshi Tamaki, Masaru Tomita
  • 雑誌名: PLoS One Vol.4,No.11 ページ: 7710
  • 査読あり
• [雑誌論文] A web server for interactive and zoomable Chaos Game Representation images (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
  • 雑誌名: Source Code for Biology and Medicine Vol.4 ページ: 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome Projector: zoomable genome map with multiple views (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Satoshi Tamaki, Nobuaki Kono, Nobuhiro Kido, Keita Ikegami, Ryu Ogawa, Masaru Tomita
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics Vol.10 ページ: 31
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational Genome Analysis Using The G-language System (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Haruo Suzuki, Masaru Tomita
  • 雑誌名: Genes, Genomes and Genomics Vol.2,No.1 ページ: 1-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative study of circadian oscillatory network models of Drosophila (2008)
  • 著者名/発表者名: Yukino Ogawa, Kazuharu Arakawa, Kazunari Kaizu, Fumihiko Miyoshi, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita
  • 雑誌名: Artificial Life Vol.14,No.1 ページ: 29-48
  • 査読あり
• [学会発表] G-language Bookmarklet:オンライン生命情報リソースへのお手軽ゲートウェイ (2010)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
  • 学会等名: 第13回オープンバイオ研究会, ポスター
  • 発表場所: 石川
  • 年月日: 2010-03-06
• [学会発表] REST/SOAP Web Service API for G-language System (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
  • 学会等名: Genome Informatics Workshop, ポスター
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] G-language Genome Analysis Environment Version 2: Integrated workbench for computational genome sequence analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita
  • 学会等名: Intelligent Systems for Molecular Biology, ポスター
  • 発表場所: Stockholm, Sweden.
  • 年月日: 2009-06-29
• [学会発表] Web Service Interface for G-language Genome Analysis Environment (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
  • 学会等名: Bioinformatics Open Source Conference
  • 発表場所: Stockholm, Sweden.
  • 年月日: 2009-06-28
• [学会発表] 仮説推論・検証型 生命情報科学のためのソフトウェアとインタフェース- G-language・GEM System・Genome Projector・E-Cell 3D - (2009)
  • 著者名/発表者名: 荒川和晴, 冨田勝
  • 学会等名: 第一回生命情報科学若手の会
  • 発表場所: 三島
  • 年月日: 2009-04-25
• [学会発表] G-language Project:BioHackathon 2009のサマリー (2009)
  • 著者名/発表者名: 荒川和晴, 木戸信博, 大下和希, 冨田勝
  • 学会等名: 第11回オープンバイオ研究会, ポスター
  • 発表場所: 石川
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] ゲノム解析ワークベンチG-language GAE v. 2 (2008)
  • 著者名/発表者名: 荒川和晴, 冨田勝
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会), ポスター
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] G-language Genome Analysis Environment Version 2: Integrated workbench for computational genome sequence analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita
  • 学会等名: enome Informatics Workshop, ポスター
  • 発表場所: Gold Coast, Australia.
  • 年月日: 2008-12-02
• [学会発表] E-Cell 3D: 3-Dimensional Visualization of Dynamic Cell Simulation (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuharu Arakawa
  • 学会等名: Bioinformatics Open Source Conference
  • 発表場所: Toronto, Canada.
  • 年月日: 2008-07-18
• [備考] G-language Genome Analysis Environment
  • URL: http://www.g-language.org/
• [備考] GEM System
  • URL: http://www.g-language.org/gem/models/static.cgi
• [備考] Genome Projector
  • URL: http://www.g-language.org/GenomeProjector/
• [備考] Pathway Projector
  • URL: http://www.g-language.org/PathwayProjector/
• [備考] In silico model database
  • URL: http://ism.iab.keio.ac.jp/
• [備考] METAL System
  • URL: http://ws.g-language.org/metal/
• [備考] E-Cell Simulation Environment 3D
  • URL: http://ecell3d.iab.keio.ac.jp/
• [備考] REST Web Service for Copasi
  • URL: http://www.g-language.org/wiki/copasi
• [備考] REST Web Service for E-Cell
  • URL: http://www.g-language.org/wiki/ecell