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2009 年度 研究成果報告書

オンライン細胞モデリング及びシミュレーション環境の構築

研究課題

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研究課題/領域番号 20710158
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 ゲノム情報科学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

荒川 和晴  慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 講師 (40453550)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
キーワードシステムバイオロジー / 細胞シミュレーション / 細胞モデリング / バイオインフォマティクス / 分子細胞生物学 / E-Cell / G-language / GEM System
研究概要

生命の動態を理解するためには、既知の知見やデータから構成論的アプローチにより再構築した細胞モデルのシミュレーションが欠かせない。本研究では細胞のモデリング及びシミュレーションを支援するためのソフトウェアシステムとして、モデルのプロトタイピングのためのウェブアプリケーション、動的モデリングのために必要な式やパラメータなど定量情報のデータベースシステム、そしてシミュレーション実行及び解析のためのウェブサービスを開発し、インターネット上で公開した。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (9件) 備考 (9件)

  • [雑誌論文] G-language Genome Analysis Environment with REST and SOAP Web Service Interfaces2010

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research Vol.38(in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pathway Projector: Web-based Zoomable Pathway Browser using KEGG Atlas and Google Maps API2009

    • 著者名/発表者名
      Nobuaki Kono, Kazuharu Arakawa, Ryu Ogawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Keita Ikegami, Satoshi Tamaki, Masaru Tomita
    • 雑誌名

      PLoS One Vol.4,No.11

      ページ: 7710

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A web server for interactive and zoomable Chaos Game Representation images2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
    • 雑誌名

      Source Code for Biology and Medicine Vol.4

      ページ: 6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome Projector: zoomable genome map with multiple views2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Satoshi Tamaki, Nobuaki Kono, Nobuhiro Kido, Keita Ikegami, Ryu Ogawa, Masaru Tomita
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics Vol.10

      ページ: 31

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Genome Analysis Using The G-language System2008

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Haruo Suzuki, Masaru Tomita
    • 雑誌名

      Genes, Genomes and Genomics Vol.2,No.1

      ページ: 1-13

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative study of circadian oscillatory network models of Drosophila2008

    • 著者名/発表者名
      Yukino Ogawa, Kazuharu Arakawa, Kazunari Kaizu, Fumihiko Miyoshi, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita
    • 雑誌名

      Artificial Life Vol.14,No.1

      ページ: 29-48

    • 査読あり
  • [学会発表] G-language Bookmarklet:オンライン生命情報リソースへのお手軽ゲートウェイ2010

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
    • 学会等名
      第13回オープンバイオ研究会, ポスター
    • 発表場所
      石川
    • 年月日
      2010-03-06
  • [学会発表] REST/SOAP Web Service API for G-language System2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
    • 学会等名
      Genome Informatics Workshop, ポスター
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-14
  • [学会発表] G-language Genome Analysis Environment Version 2: Integrated workbench for computational genome sequence analysis2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita
    • 学会等名
      Intelligent Systems for Molecular Biology, ポスター
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden.
    • 年月日
      2009-06-29
  • [学会発表] Web Service Interface for G-language Genome Analysis Environment2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Nobuhiro Kido, Kazuki Oshita, Masaru Tomita
    • 学会等名
      Bioinformatics Open Source Conference
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden.
    • 年月日
      2009-06-28
  • [学会発表] 仮説推論・検証型 生命情報科学のためのソフトウェアとインタフェース- G-language・GEM System・Genome Projector・E-Cell 3D -2009

    • 著者名/発表者名
      荒川和晴, 冨田勝
    • 学会等名
      第一回生命情報科学若手の会
    • 発表場所
      三島
    • 年月日
      2009-04-25
  • [学会発表] G-language Project:BioHackathon 2009のサマリー2009

    • 著者名/発表者名
      荒川和晴, 木戸信博, 大下和希, 冨田勝
    • 学会等名
      第11回オープンバイオ研究会, ポスター
    • 発表場所
      石川
    • 年月日
      2009-03-28
  • [学会発表] ゲノム解析ワークベンチG-language GAE v. 22008

    • 著者名/発表者名
      荒川和晴, 冨田勝
    • 学会等名
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会), ポスター
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] G-language Genome Analysis Environment Version 2: Integrated workbench for computational genome sequence analysis2008

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita
    • 学会等名
      enome Informatics Workshop, ポスター
    • 発表場所
      Gold Coast, Australia.
    • 年月日
      2008-12-02
  • [学会発表] E-Cell 3D: 3-Dimensional Visualization of Dynamic Cell Simulation2008

    • 著者名/発表者名
      Kazuharu Arakawa
    • 学会等名
      Bioinformatics Open Source Conference
    • 発表場所
      Toronto, Canada.
    • 年月日
      2008-07-18
  • [備考] G-language Genome Analysis Environment

    • URL

      http://www.g-language.org/

  • [備考] GEM System

    • URL

      http://www.g-language.org/gem/models/static.cgi

  • [備考] Genome Projector

    • URL

      http://www.g-language.org/GenomeProjector/

  • [備考] Pathway Projector

    • URL

      http://www.g-language.org/PathwayProjector/

  • [備考] In silico model database

    • URL

      http://ism.iab.keio.ac.jp/

  • [備考] METAL System

    • URL

      http://ws.g-language.org/metal/

  • [備考] E-Cell Simulation Environment 3D

    • URL

      http://ecell3d.iab.keio.ac.jp/

  • [備考] REST Web Service for Copasi

    • URL

      http://www.g-language.org/wiki/copasi

  • [備考] REST Web Service for E-Cell

    • URL

      http://www.g-language.org/wiki/ecell

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公開日: 2011-06-18   更新日: 2016-04-21  

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