長鎖DNAの高次構造転移とその生物学的意義

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20840027
• 研究種目: 若手研究(スタートアップ)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物物理・化学物理
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 坂上 貴洋 九州大学, 理学研究院, 助教 (30512959)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: DNA / 高分子物理学 / 非平衡ダイナミクス / トポロジー

研究概要

近年の実験技術の進展により、DNAやタンパク質などの生体高分子の振る舞いを一分子レベルで観測し、操作することが可能となってきている。このような背景のもと、本研究では、一分子レベルでの生体高分子の振舞いを記述する理論的枠組みを構築、整備した。基礎物性のみならず、それを通じての生命科学における応用や生物学的意義も念頭に置き、物理学的視点からの提案を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Mismatch of bulk viscosity reduces interfacial diffusivity at an aqueous/oil system (2010)
  • 著者名/発表者名: M. Negishi, T. Sakaue, K. Yoshikawa
  • 雑誌名: Phys. Rev. E vol.81 ページ: 020901
• [雑誌論文] Sucking genes into pores: Insight into driven translocation (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue
  • 雑誌名: Phys. Rev. E vol.81 ページ: 041808
• [雑誌論文] Dynamics of Polymer Decompression: Expansion, Unfolding, and Ejection (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue, N. Yoshinaga
  • 雑誌名: Phys. Rev. Lett. vol.102 ページ: 148302
• [雑誌論文] Conformational transition of giant DNA in a confined space surrounded by a phospholipid membrane (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Kato, E. Shindo, T. Sakaue, A. Tsuji, K. Yoshikawa
  • 雑誌名: Biophysical Journal vol.97 ページ: 1678-1686
• [雑誌論文] Probing Nonequilibrium Fluctuation through Linear Response (2008)
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue, T. Ohta
  • 雑誌名: Phys. Rev. E vol.77 ページ: 050102
• [雑誌論文] Chain Length Dependence of Folding Transition in a Semiflexible Homo-polymer Chain: Appearance of a Core-shell Structure (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Higuchi, T. Sakaue, K. Yoshikawa
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. vol.461 ページ: 42
• [雑誌論文] Nanoscale Swimmers: Hydrodynamic Interactions and Propulsion of Molecular Machines
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue, A. Mikhailov, R. Kapral
  • 雑誌名: The European Physical Journal B (in press)
• [雑誌論文] Cooperation between giant DNA molecules and actin filaments in a microsphere
  • 著者名/発表者名: M. Negishi, T. Sakaue. K. Takiguchi, K. Yoshikawa
  • 雑誌名: Phys. Rev. E (in press)
• [学会発表] 非相溶性ブレンドのせん断流下での電場応答 (2010)
  • 著者名/発表者名: 坂上貴洋、太田隆夫
  • 学会等名: 日本物理学会第65回年次大会
  • 発表場所: 岡山大学
  • 年月日: 2010-03-23
• [学会発表] Asymmetric response and fluctuation in nonequilibrium steady state (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue
  • 学会等名: Open Statistical Physics
  • 発表場所: Open University, UK
  • 年月日: 2010-03-10
• [学会発表] Two topics on diffusion (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue
  • 学会等名: The 5th Kyushu University-Pukyong Natl University Joint Symposium on Sciences
  • 発表場所: College of Natural Sciences, Pukyong National University.
  • 年月日: 2009-11-13
• [学会発表] 界面での拡散について (2009)
  • 著者名/発表者名: 坂上貴洋
  • 学会等名: 日本物理学会2009年秋季大会
  • 発表場所: 熊本大学
  • 年月日: 2009-09-27
• [図書] Physical Chemistry of Life Phenomena, chapter 3“Transition in the Higher-order Structure of DNA in Aqueous Solution" (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Sakaue, K. Yoshikawa, Water, Biomolecules
  • 総ページ数: 23
  • 出版者: Springer