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2021 年度 実績報告書

時空間分子プログラミングの新展開

研究課題

研究課題/領域番号 20H00618
研究機関東北大学

研究代表者

村田 智  東北大学, 工学研究科, 教授 (10334533)

研究分担者 川又 生吹  東北大学, 工学研究科, 助教 (30733977)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
キーワード時空間分子プログラミング / DNAコンピューティング / 反応拡散系
研究実績の概要

本研究では,(1)時空間分子プログラミングに適した反応系の設計,(2)形成したパターンの物質化,(3)シミュレーションモデルの構築の3つを研究目的としている.
(1)の時空間プログラミングに適した反応系の設計については,これまでの研究成果をまとめた学術論文がSoft Matter誌に採択された.これにより,DNA分子反応に基づくカスケードパターン形成の理論的および実験的方法論を確立することができた.具体的には,分子設計に基づく拡散係数の調整,重合反応をもちいたゲル媒質内でのパターンの固定化,重合体生成と分子放出を連動させる反応によるカスケードパターン形成の手法およびそのシミュレーションモデルを開発した.
(2)の形成したパターンの物質化については,次の目標であるパターン形成からの物性制御の実験に取り組んだ.具体的には媒質をゾル媒質に変更し,パターンが形成された場所に特異的な性質(粘性,拡散係数など)の制御をねらった.そのための新たに実験槽の形状やパターンの評価手法などについて実験系を設計しなおして予備実験を行い,ゾル媒質系でもパターン形成反応が可能であることを確かめた.特に興味ある現象としてパターン形成後にパターンの位置が動的に変化する現象を見出し,現在その再現実験を行っているところである.
(3)のシミュレーションモデルの構築については,(2)の予備実験の結果からゾル媒質中の物性変化モデルの構築を目指している.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

最初の論文が採録され,次のステップの予備実験にも成功しているため.

今後の研究の推進方策

高粘度のアクリルアミドゾルを媒質として用い,ゲル媒質と同様の原理によるパターン形成手法の確立に取り組む.形成されたパターンの物性を定量的に評価するため,これまでの長時間タイムラプス観察にあわせて,FRAPなどの方法により空間的な物性変化を測定する方法を開発する.これまでに開発したゲル媒質内でのパターン形成を精密に再現できるシミュレーションシステムを拡張してゾル媒質内でのパターン形成過程の予測および検証にも取り組む.

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2021 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 25 ページ: 6160-6167

    • DOI

      10.1039/D1SM00296A

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Yudai Yamashita, Kotaro Watanabe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      Chem-Bio Informatics Journal

      巻: 21 ページ: 28-38

    • DOI

      10.1273/cbij.21.28

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Cascaded pattern formation in DNA based Reaction-diffusion system2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      FNANO 2021: 18th Annual Conference Foundations of Nanoscience
    • 国際学会
  • [学会発表] Cascaded Pattern Formation in DNA-based Reaction-Diffusion System2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      DNA27: International Conference on DNA computing and Molecular Programming
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA-based reaction-diffusion system for cascaded pattern formation2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [備考] 分子ロボティクス研究室ウェブサイト/研究成果/反応拡散によるパターン形成

    • URL

      http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/achievements/

URL: 

公開日: 2022-12-28  

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