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2022 年度 実績報告書

生命体の階層的実空間モデリング:DNAから細胞組織体まで

研究課題

研究課題/領域番号 20H01877
研究機関同志社大学

研究代表者

吉川 研一  同志社大学, 研究開発推進機構, 客員教授(嘱託研究員) (80110823)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワードDNA高次構造転移 / 人工細胞モデル / ミニ臓器創成 / 生命現象の物理 / 非平衡開放系
研究実績の概要

実空間上に単純な実験モデルを構築するとともに、非平衡物理学や非線形科学に立脚した数理モデルと対比しながら、以下の3つの課題を中核に研究を総合的に推進した。
1)ゲノムDNAの高次構造転移と遺伝子活性に関して、溶液中での1分子の動的高次構造観測を活用し、高次構造と転写・発現・複製の活性との関連を明らかにすることを目指して研究を推進した。無細胞発現系を用いた実験により、一価カチオンの影響を定量的に調べた。その結果発現活性が、Rb>K>Cs>Na≒Li 、このような順番となることを明らかにした。ethanolなどのアルコールが発現活性を亢進させることを見出し、これが一分子鎖観察のデータを解析することにより求めた長鎖DNAの弾性の変化と相関していることを明らかにしている。抗がん剤Daunomycinなどが遺伝子活性とDNA高次構造変化に対して、特徴的な作用を示すことなども解明した。
2)細胞の実空間モデリングでは、水/水ミクロ相分離液滴を生成させるときに、微小管やキネシンを共存させると、多様な変形を示す細胞様の構造が自己組織的に創成されることを見出した。さらには、ガラス細管内で水/水相分離を起こすと、規則的に配列しサイズの揃った細胞サイズの液滴が生じることを明らかにしている。また、細胞の混雑環境が細胞顆粒の特異的な局在化を引き起こすことを、マクロな実空間のモデル(振動盤上の粒子粒子群の挙動)を用いて明らかにし、理論的なモデルも用い、現象の一般性を理論・実験両面化が解明してきている。
3)細胞の3次元組織体自己生成では、水/水ミクロ相分離液滴を用いた細胞モデル実験で、異種液滴が交互に配列するような、自己組織化構造が自発的に生成するといった、新たな実験系の創出ができている。がん細胞の全ゲノム解析により、活性な遺伝子群の時間発展の過程を明らかにするといった内容の研究も推進した。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (31件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (18件) (うち国際共著 6件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 12件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 3件、 招待講演 5件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] New York City University(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      New York City University
  • [国際共同研究] Institut Charles Sadron (CNRS)(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Institut Charles Sadron (CNRS)
  • [国際共同研究] TU Dresden/Heiderberg University(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      TU Dresden/Heiderberg University
  • [国際共同研究] Latvian Biomedicine Research Center(ラトビア)

    • 国名
      ラトビア
    • 外国機関名
      Latvian Biomedicine Research Center
  • [国際共同研究] Istituto Superiore di Sanita(イタリア)

    • 国名
      イタリア
    • 外国機関名
      Istituto Superiore di Sanita
  • [雑誌論文] Periodic Alignment of Binary Droplets via a Microphase Separation of a Tripolymer Solution under Tubular Confinement2024

    • 著者名/発表者名
      Shono Mayu、Aburatani Koki、Yanagisawa Miho、Yoshikawa Kenichi、Shioi Akihisa
    • 雑誌名

      ACS Macro Letters

      巻: 13 ページ: 207~211

    • DOI

      10.1021/acsmacrolett.3c00689

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spatial-Temporal Genome Regulation in Stress-Response and Cell-Fate Change2023

    • 著者名/発表者名
      Erenpreisa Jekaterina、Giuliani Alessandro、Yoshikawa Kenichi、Falk Martin、Hildenbrand Georg、Salmina Kristine、Freivalds Talivaldis、Vainshelbaum Ninel、Weidner Jonas、Sievers Aaron、Pilarczyk G?tz、Hausmann Michael
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 ページ: 2658/1~40

    • DOI

      10.3390/ijms24032658

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The Anticancer Drug Daunomycin Directly Affects Gene Expression and DNA Structure2023

    • 著者名/発表者名
      Nishio Takashi、Shimada Yohji、Yoshikawa Yuko、Kenmotsu Takahiro、Schiessel Helmut、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 ページ: 6631~6631

    • DOI

      10.3390/ijms24076631

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Behavior of Biopolymers, Cytoskeleton, DNA, and Phospholipids, that Exert Self-organization, Shown in the Liquid-Liquid Phase Separation2023

    • 著者名/発表者名
      TAKIGUCHI Kingo、SAKUTA Hiroki、HAYASHI Masahito、WAIZUMI Tatsuyuki、TSUMOTO Kanta、YOSHIKAWA Kenichi
    • 雑誌名

      Seibutsu Butsuri

      巻: 63 ページ: 5~11

    • DOI

      10.2142/biophys.63.5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Self-emergent vortex flow of microtubule and kinesin in cell-sized droplets under water/water phase separation2023

    • 著者名/発表者名
      Sakuta Hiroki、Nakatani Naoki、Torisawa Takayuki、Sumino Yutaka、Tsumoto Kanta、Oiwa Kazuhiro、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 6 ページ: 1~9

    • DOI

      10.1038/s42004-023-00879-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crowding effect on the alignment of rod molecules confined in a spherical cavity2023

    • 著者名/発表者名
      Shew Chwen-Yang、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 819 ページ: 140437~140437

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2023.140437

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Chlorogenic Acid Protects DNA against Double-strand Breaks: Evidence from Single Molecule Observation2023

    • 著者名/発表者名
      Ogawa Haruto、Nishio Takashi、Yoshikawa Yuko、Sadakane Koichiro、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 524/1~7

    • DOI

      10.1246/cl.230171

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spontaneous Formation of Uniform Cell‐Sized Microgels through Water/Water Phase Separation2023

    • 著者名/発表者名
      Shono Mayu、Honda Gen、Yanagisawa Miho、Yoshikawa Kenichi、Shioi Akihisa
    • 雑誌名

      Small

      巻: 19 ページ: 23021193/1~6

    • DOI

      10.1002/smll.202302193

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stiffness of Confinement Controls the Localization of an Object under Crowding: Macroscale Real-World and Microscale Numerical Modelings on the Specificity of Intracellular Positioning2023

    • 著者名/発表者名
      Kuroda Maho、Takatori Satoshi、Kenmotsu Takahiro、Yoshikawa Kenichi、Shew Chwen-Yang
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 92 ページ: 064001/1~9

    • DOI

      10.7566/jpsj.92.064001

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Droplet duos on water display pairing, autonomous motion, and periodic eruption2023

    • 著者名/発表者名
      Sumino Yutaka、Yamashita Ryo、Miyaji Kazuki、Ishikawa Hiroaki、Otani Maho、Yamamoto Daigo、Okita Erika、Okamoto Yasunao、Krafft Marie Pierre、Yoshikawa Kenichi、Shioi Akihisa
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 ページ: 12377/1~10

    • DOI

      10.1038/s41598-023-39094-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Stabilization of DNA-encapsulating Droplets through Negative Charge at the Droplet Interface2023

    • 著者名/発表者名
      Shono Mayu、Fujita Fumika、Yoshikawa Kenichi、Shioi Akihisa
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 52 ページ: 794~797

    • DOI

      10.1246/cl.230294

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Micro-DC rotary-motor working smoothly with neither contact brush nor fixed-axis2023

    • 著者名/発表者名
      Ishida Shusuke、Takatori Satoshi、Hirano Ken、Yamamoto Daigo、Oe Yohei、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 13 ページ: 115231/1~6

    • DOI

      10.1063/5.0169304

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 新規な病態計測法:組織の伸展応答パターンにおける機械学習の活用2022

    • 著者名/発表者名
      田上 幸歩、鷹取 慧、水谷 健一、剣持 貴弘、鶴山 竜昭、池川 雅哉、吉川 研一
    • 雑誌名

      日本シミュレーション学会論文誌

      巻: 14 ページ: 133~137

    • DOI

      10.11308/tjsst.14.133

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Water‐in‐Water Droplets Selectively Uptake Self‐Assembled DNA Nano/Microstructures: a Versatile Method for Purification in DNA Nanotechnology2022

    • 著者名/発表者名
      Masukawa Marcos K.、Sato Yusuke、Yu Fujio、Tsumoto Kanta、Yoshikawa Kenichi、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 23 ページ: e202200240/1~10

    • DOI

      10.1002/cbic.202200240

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Overview of DNA damage and double-strand breaks2022

    • 著者名/発表者名
      Tamanoi Fuyuhiko、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      The Enzymes

      巻: 51 ページ: 1~5

    • DOI

      10.1016/bs.enz.2022.08.001

  • [雑誌論文] Markedly Different Effects of Monovalent Cations on the Efficiency of Gene Expression2022

    • 著者名/発表者名
      Nishio Takashi、Masaoka Tomoya、Yoshikawa Yuko、Sadakane Koichiro、Kenmotsu Takahiro、Schiessel Helmut、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      Advanced Biology

      巻: 7 ページ: 2200164/1~8

    • DOI

      10.1002/adbi.202200164

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantitative evaluation of DNA double-strand breaks (DSBs) through single-molecule observation2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      The Enzymes

      巻: 51 ページ: 7~27

    • DOI

      10.1016/bs.enz.2022.08.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activation/Inhibition of Gene Expression Caused by Alcohols: Relationship with the Viscoelastic Property of a DNA Molecule2022

    • 著者名/発表者名
      Fujino Kohei、Nishio Takashi、Fujioka Keita、Yoshikawa Yuko、Kenmotsu Takahiro、Yoshikawa Kenichi
    • 雑誌名

      Polymers

      巻: 15 ページ: 149/1~13

    • DOI

      10.3390/polym15010149

    • 査読あり
  • [学会発表] Nonlinear dynamics in life: From higher-order structure of DNA to multicellular system2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      International Symposium ”Transposons, lamina, genome instability, DNA repair, and cancer”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How does the aqueous environment on DNA concern the promotion/inhibition of genomic activity?2023

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      Workshop “Physics of Soft and Active Matter in Different Spatio-Temporal Domains”
    • 招待講演
  • [学会発表] 水/水相分離ミクロ液滴に局在する微小管・キネシンの自発的対流生成2023

    • 著者名/発表者名
      作田浩輝, 中谷真規, 鳥澤嵩征, 住野豊, 湊元幹太, 大岩和弘, 吉川 研一
    • 学会等名
      第11回ソフトマター研究会
  • [学会発表] レーザーが引き起こす水/水相分離系の時空間ダイナミクス2022

    • 著者名/発表者名
      吉川研一
    • 学会等名
      「自然に学ぶレーザーカオスと量子ダイナミクス」専門委員会 第 4 回講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] Change of the higher-order structure in DNA causes significant effect on genetic activity: a physical view.2022

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      Riga International Symposium: "Spatial-temporal genome regulation in stress- response and cell-fate change
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Self-Emergent Structure & Function on Hierarchical Life System: Real-World Modeling2022

    • 著者名/発表者名
      Kenichi Yoshikawa
    • 学会等名
      25th Anniversary Symposium of German-Japanese Joint Research Project on Nonequilibrium Statistical Physics Perspectives for Future Collaboration
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] リズム現象の世界 新装版2023

    • 著者名/発表者名
      蔵本 由紀
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      東京大学出版会
    • ISBN
      9784130613170
  • [備考] 同志社大学生命医科学部生命物理科学研究室

    • URL

      https://dmpl.doshisha.ac.jp/

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公開日: 2024-12-25  

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