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2022 年度 実施状況報告書

放射光と中性子の連携利用による電子伝達タンパク質の精密構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K06523
研究機関京都大学

研究代表者

三木 邦夫  京都大学, 理学研究科, 名誉教授 (10116105)

研究分担者 藤橋 雅宏  京都大学, 理学研究科, 助教 (10397581) [辞退]
玉田 太郎  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常) (50391248)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード電子伝達タンパク質 / 精密構造解析 / 中性子線回折 / 放射光X線回折 / 電荷密度解析
研究実績の概要

二種の電子伝達タンパク質を対象に,放射光X線と中性子線を併用した高分解能・高精度の精密構造解析を行い,それぞれの構造における水素原子や外殻電子の振る舞いを明らかにすることで,タンパク質の機能の直接的理解を目指した.
光合成細菌で反応中心複合体への電子伝達を担う高電位鉄イオウタンパク質(HiPIP)については,これまで得られていた分解能を上回る中性子回折データの取得を目指した測定を行った.2021年に運転再開した研究用原子炉JRR-3において,より高分解能の中性子回折データが収集できるよう改良した生体高分子用回折装置BIX-3を用いて測定を行い,昨年度報告した解析結果における1.2A分解能を大幅に上回る0.9A分解能の回折データの収集に成功した.新たに取得した回折データを用いて構造解析・構造精密化を行い,得られた構造の検討を進めている.
肝ミクロソームの電子伝達系ではたらくNADH-シトクロムb5還元酵素(b5R)については,b5Rの関与する酸化還元反応サイクルにおける酸化型の中性子結晶構造解析,および還元型のX線結晶構造解析を継続し,それぞれの構造精密化を完了した.その結果,高分解能中性子構造解析では,異なるpH(pD)において,FADからタンパク質表面への水素結合ネットワークでのプロトン化に違いがあることが明らかになり,酸化型の安定化に寄与する補因子周辺の水素結合の詳細を明らかにすることができた.また還元型の高分解能X線構造解析では,補因子に結合する水素原子の電子密度の観測に成功し,ヒドリド移動に重要な補因子の詳細な立体構造情報を得ることができた.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

これまでのコロナ禍の影響を受けて,回折データ測定については当初計画からの遅れは完全には取り戻せていないが,研究計画の実施方法の修正などにより,当初計画に近い進捗状況にすることができた.

今後の研究の推進方策

当初の研究計画を遂行できるように,実験内容の修正も含めて,円滑な研究推進を行う予定である.

次年度使用額が生じた理由

今年度もコロナ禍の影響を可能な限り小さくするように努めたが,放射光や中性子の施設を利用する実験の一部については,完全には計画通りに遂行できていないところもあり,放射光および中性子実験のために計上していた経費は次年度に使用することとした.成果発表や情報収集のため出席する予定であった海外での国際学会には未だ参加できていない.また,研究代表者・分担者間の研究打合せについては,今年度は対面での実施を多く行ったが,それまでに執行できなかった経費の一部は持ち越したため,次年度に使用することとした.

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Revisiting the Concept of Peptide Bond Planarity in an Iron-sulfur Protein by Neutron Structure Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Hanazono, Y. Hirano, K. Takeda, K. Kusaka, T. Tamada, and K. Miki
    • 雑誌名

      Sci. Adv.

      巻: 8 ページ: eabn2276

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn2276

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 高分解能立体構造解析から得られたタンパク質中のペプチド結合における新しい描像2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      量子生命科学会第4回大会(神戸市東灘区,神戸大学百年記念館六甲ホール/ハイブリッド開催)
  • [学会発表] 高分解能中性子構造解析により明らかになるペプチド結合の非平面性2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会(つくば市,筑波国際会議場/ハイブリッド開催)
  • [学会発表] 高分解能中性子構造解析によるペプチド結合の平面性の再検討2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会(函館市,函館アリーナ/函館市民会館)
  • [学会発表] 高分解能中性子結晶構造解析によるペプチド結合平面性の再検証2022

    • 著者名/発表者名
      平野 優,花園祐矢,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第22回日本中性子科学会年会(千葉市美浜区,幕張メッセ国際会議場)
  • [学会発表] 高分解能中性子構造から明らかになったペプチド結合の非平面性2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2022年度年会(西宮市,関西学院大学西宮上ケ原キャンパス)

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公開日: 2023-12-25  

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