| 研究課題/領域番号 |
20K16945
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| 研究機関 | 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所) |
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研究代表者 |
村上 博昭 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立こども医療センター(臨床研究所), 臨床研究所, 医師 (30836440)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2022-03-31
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| キーワード | ロングリードシークエンサー / 染色体構造異常 / 切断点解析 / 先天異常症 |
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、全エクソーム解析や染色体マイクロアレイ検査を施行しても、遺伝学的な診断が未確定の先天異常患者に対して、ロングリードシークエンサーの有用性を評価することである。特に、逆位や転座などの均衡型染色体構造異常をde novoで有するが、それが遺伝学的診断に結びついていない症例を対象として、ロングリードシークエンサーにより切断点を詳細に解析することを目的とした。切断点やその近傍に、原因となる疾患関連遺伝子が存在するかどうかを評価する。本研究により切断点解析方法が確立することで、現在の主流となりつつある全エクソーム解析を施行後も未診断の症例に対して、診断率を上昇させ、さらには新たな疾患概念の発見に寄与することが期待される。
多発奇形と精神運動発達遅滞の先天異常を示し、未診断の当院患者２名についてナノポアシークエンサーによる解析を行った。２症例ともに、全エクソーム解析とマイクロアレイ染色体検査では明らかな疾患関連変異、コピー数異常は同定できていないが、染色体検査では両親に認めないde novoの均衡型染色体構造異常を示していた。両患者の末梢血DNAを抽出し、ナノポアシークエンサーによりDNA配列データの取得を行った。取得したデータをパイプラインで解析した。現在、染色体切断点を中心に得られたデータを評価中である。また、上記２名以外にもロングリードシークエンサーによる解析が診断に寄与すると思われる先天異常・未診断症例について解析対象の絞り込みを行っている。最終的には、院内の多職種カンファレンスにより、臨床像と得られたデータの整合性を評価し、遺伝学的診断を目指す。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
COVID-19の流行により、臨床業務が通常よりも増えており研究のために使用できる時間が当初の予定よりも少なくなっていること。同様に外部委託業者との検体、データのやり取りに予想以上に時間がかかっていることなどが主な理由である。
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| 今後の研究の推進方策 |
現在データ取得済みの２名の患者のデータ解析を進める。その中で必要があれば、全ゲノム解析やRNAシークエンスなども考慮する。ロングリードシークエンスについては、追加の患者について、新たにデータ取得を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
当初予定していた解析数に足りなかったため、解析費用が予定より下回ったことが理由である。解析数が予定より少なくなった原因としては、COVID-19流行下による臨床業務の増加、患者の受診頻度の低下、検体の取得・搬送における困難さなどが挙げられる。 現在、追加解析検体を選別中であり、今年度中に解析数を増やすことを計画している。
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