組織的メタ遺伝子解析の多重検定理論とその実用化

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21700313
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 統計数理研究所
• 研究代表者: 吉田 亮 統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (70401263)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• キーワード: バイオインフォマティクス / 多重検定 / メタ遺伝子 / トランスクリプトーム / バイオマーカー探索

研究概要

ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、そして、フェノームなど、今後10年のライフサイエンスの基幹を担うであろう網羅的多面多階層計測から生成されるトランスオミックスデータを統合的に解析するための基礎理論と統計的方法論を開発した。本研究では、とりわけ、トランスクリプトームとデータベースを介して入手される網羅的生体内分子間相互作用情報を組み合わせ、細胞の分子機能に関与する転写因子モジュールを同定することを目的に研究開発を推進した。

研究成果

• [雑誌論文] SiGN-SSM : open source parallel software for estimating gene networks with state space models (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Tamada, R.Yamaguchi, S.Imoto, O.Hirose, R.Yoshida, M.Nagasaki, S.Miyano
  • 雑誌名: Bioinformatics 15l;27(8) ページ: 1172-1173
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bayesian experts in exploring reaction kinetics of transcription circuits (2010)
  • 著者名/発表者名: R.Yoshida, M.Saito, H.Nagao, T.Higuchi
  • 雑誌名: Bioinformatics 26(18) ページ: i589-595
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bayesian learning in sparse graphical factor models via variational mean-field annealing (2010)
  • 著者名/発表者名: R.Yoshida, M.West
  • 雑誌名: Journal of Machine Learning Research 11 ページ: 1771-1798
  • 査読あり
• [学会発表] Bayesian experts in exploring reaction kinetics of transcription circuits (2010)
  • 著者名/発表者名: R.Yoshida, M.Saito, H.Nagao, T.Higuchi
  • 学会等名: 9th European Conference on Computational Biology (ECCB2010)
  • 発表場所: Belgium
  • 年月日: 2010-09-29
• [学会発表] 癌細胞シミュレーションと生化学反応系の統計モデリング (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮, 長尾大道, 斎藤正也, 長崎正朗, 長崎正朗, 井元清哉, 山口類, 山内麻衣, 後藤典子, 宮野悟, 樋口知之
  • 学会等名: 2010年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 東京(早稲田大学)
  • 年月日: 2010-09-06
• [学会発表] 遺伝子発現時系列データおよびバイオデータベース情報を基にした活性/抑制型転写因子の同定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 長尾大道, 吉田亮, 斎藤正也, 樋口知之, 長崎正朗, 井元清哉, 山口類, 宮野悟, 山内麻衣, 後藤典子
  • 学会等名: 2010年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 東京(早稲田大学)
  • 年月日: 2010-09-06
• [学会発表] 状態空間モデリングによる遺伝子発現制御に関わる動的薬剤効果の推定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山口類, 井元清哉, 山内麻衣, 島村徹平, 長崎正朗, 吉田亮, 樋口知之, 後藤典子, 宮野悟
  • 発表場所: 東京(早稲田大学)
  • 年月日: 2010-09-06
• [学会発表] LiSDAS : Life Science DataAssimilation Systems (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 生命体統合シミュレーションサマースクール2010
  • 発表場所: 湘南国際村
  • 年月日: 2010-07-05
• [学会発表] Life Science Data Assimilation Systems : 生化学反応系の複雑性とその克服へ向けて (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 第1回「バイオモデリングと統計科学」研究会
  • 発表場所: 東京(統計数理研究所)
  • 年月日: 2010-06-30
• [学会発表] LiSDAS : Life Science Data Assimilation Systems (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 第59回理論応用力学講演会
  • 発表場所: 東京(日本学術会議)
  • 年月日: 2010-06-08
• [学会発表] Life Science Data Assimilation Systems : 生化学反応系の複雑性とその克服へ向けて (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: グローバルCOE特別セミナー
  • 発表場所: 東京大学(本郷)
  • 年月日: 2010-05-14
• [学会発表] グラフィカルファクターモデルと事後エントロピーにもとづく決定論的アニーリング:システムズバイオロジーへの応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 御殿場基礎科学研究会「最適化を基軸とする数理的展開」
  • 発表場所: 静岡(御殿場)
  • 年月日: 2010-01-30
• [学会発表] 状態空間モデルからの動的予測に基づく遺伝子発現制御関係の差異の探索 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山口類, 井元清哉, 島村徹平, 山内麻衣, 長崎正朗, 吉田亮, 樋口知之, 後藤典子, 宮野悟
  • 学会等名: 2009年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 京都(同志社大学)
  • 年月日: 2009-09-08
• [学会発表] Mike West,事後エントロピーを利用した焼きなまし法と遺伝子発現データのスパース学習 (2009)
  • 著者名/発表者名: 吉田亮
  • 学会等名: 2009年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 京都(同志社大学)
  • 年月日: 2009-09-07
• [学会発表] 超多数粒子フィルタによる遺伝子ネットワークデータ同化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 中村和幸, 吉田亮, 長崎正朗, 宮野悟, 樋口知之
  • 学会等名: 2009年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 京都(同志社大学)
  • 年月日: 2009-09-07
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://metagp.ism.ac.jp/