Textile Plotによる新たな遺伝子型地図表示の提案と実装

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21790342
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 熊坂 夏彦 独立行政法人理化学研究所, 統計解析研究チーム, 研究員 (80525527)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• キーワード: Data Visualization / 鎖不平衡 / 集団構造 / JAVA / ゲノムワイド関連解析 / Hardy-Weinberg平衡 / ハプロタイプ / 自然選択

研究概要

統計学における多変量解析手法のひとつであるTextile Plotを用いて,ゲノム上に存在する複数の一塩基多型を可視化し解析する新たなマッピング手法を開発し,その集団遺伝学的解釈を与えるとともに,実際のソフトウェア環境として広くインターネット上で公開をおこなった.またこの手法が疾患遺伝子解析のなかで,特にハプロタイプ解析に有効であることを,慢性B型肝炎およびクローン病・潰瘍性大腸炎のデータを用いて示した.

研究成果

• [雑誌論文] HLA-Cw*1202-B*5201-DRB1*1502 haplotype confers distinct effects on ulcerative colitis and Crohn's disease in Japanese. (2011)
  • 著者名/発表者名: Okada, Y., Yamazaki, K., Umeno, J., Takahashi, A., Kumasaka, N., Ashikawa, K., Aoi, T., Takazoe, M., Matsui, T., Hirano, A., Matsumoto, T., Kamatani, N., Nakamura, Y., Yamamoto, K.Kubo, M.
  • 雑誌名: Gastroenterology(peer review, accepted : June 6, 2011) doi:10.1053/gastro.(in press.) ページ: 048
• [雑誌論文] The Textile Plot : a new linkage disequilibrium dis-play of multiple-single nucleotide polymorph-ism genotype data. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kumasaka N, Nakamura Y, Kamatani N
  • 雑誌名: PLoS ONE(peer review, published : April 27, 2010) 5(4):e10207.doi:10.1371/journal. pone. ページ: 0010207
• [学会発表] LD mapping of disease gene and haplotype analysis on textile plot (2009)
  • 著者名/発表者名: Kumasaka, N., Kamatani, N.
  • 学会等名: The American Society of Human Genetics 59th Annual Meeting
  • 発表場所: Honolulu.
  • 年月日: 2009-10-22
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://kumasakanatsuhiko.jp/projects/