| 研究課題/領域番号 |
21K05905
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
廣岡 博之 京都大学, 農学研究科, 教授 (60192720)
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| 研究分担者 |
西尾 元秀 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産研究部門, 主任研究員 (10585970)
井上 慶一 独立行政法人家畜改良センター, 本所(企画調整部 技術グループ以外), 次長・課長 (30753917)
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| 研究期間 (年度) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| キーワード | ゲノムインプリンティング効果 / ゲノム育種価 / 黒毛和種 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では肥育牛とその父と母が完備したゲノム（SNP:一塩基多型マーカー）情報を用いて、父と母からの遺伝伝達様式を明らかにする理論を構築し、全ゲノム関連解析を実施して、新しい遺伝様式を示す遺伝子を特定することを目的とした。初年度の本年度は、鳥取県畜産試験場および家畜改良センターから黒毛和種種雄牛240頭、母牛1,563頭、肥育牛2,006頭について34,481個のSNPデータを収集した。汎用プログラムBeagle ver3.3とその後継のBeagle4.0を用いて、すべての個体の血統情報およびSNP情報から肥育牛のすべてSNPについて対立遺伝子が父由来であるか母由来であるかを推定した。これらのSNP情報から相加的遺伝効果、優性遺伝効果およびインプリンティング効果を推定するためのプログラムを作成した。それらを用いた血統情報による分析では表型分散に占めるインプリンティング分散の割合は、19%（歩留基準値）～21%（バラの厚さ、BMS）であった。それに対してゲノム関係行列による分析では、インプリンティング分散は全ての形質において小さく、表型分散に占めるインプリンティング分散の割合は、全ての形質で4～5%程度であり、血統情報を用いる分析の結果と大きく異なっていた。同様に血統情報から得た血統育種価とゲノム情報から得たゲノム育種価を用いて父と母の育種価と肥育牛の育種価との関係を調べたところ、父と母とで寄与度が異なるインプリンティング効果は、血統情報による分析では、脂肪交雑（BMSナンバー）について母方インプリンティング効果が認められたが、ゲノム情報による分析ではそのような効果は認められなかった。以上の結果から、血統情報を用いた場合、ゲノム情報では考慮できない何かの効果が含まれるのではないかと考えられた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
おおむね予定通りに研究は進行している。
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| 今後の研究の推進方策 |
枝肉６形質について肥育牛のすべての個体について相加的遺伝効果、優性遺伝効果およびインプリンティング効果における遺伝的能力を推定する。また、個々のSNPについても従来回分析やベイズ法を用いて相加的遺伝効果、優性遺伝効果およびインプリンティング効果を推定し、候補遺伝子を探索する。SNP遺伝子型判定を行ったデータを追加することで、推定精度を向上させ、再検証するとともに、血縁情報とSNP遺伝子型情報を用いた場合の非相加的遺伝効果の差異について検証を進める予定である。これらに加えてこれまでほとんど行われていない染色体レベルでの分析も試みる予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
コロナ禍のために、本来、旅費として使用を計画していた出張が困難となり、また、雇用を考えていた学生が来れなかったため使用計画通りに行かなかった。次年度については、国際学会での発表などを考えている。
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