ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

2011 年度 実績報告書

• 研究領域: ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
• 研究課題/領域番号: 221S0002
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 国立遺伝学研究所, 所長 (70135292)
• 研究分担者: 加藤 和人 京都大学, 人文科学研究所, 准教授 (10202011) ; 菅野 純夫 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848) ; 辻 省次 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612) ; 森下 真一 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90292854) ; 黒川 顕 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (20343246)
• キーワード: 次世代DNAシーケンサ / RNA-seq / ChIP-seq / de novo配列決定 / 個人ゲノム / リシーケンシング / GWAS / インフォームドコンセント

研究概要

(1)総括支援活動:支援戦略会議、総括会議、審査委員会を置いて支援活動の効果的な運営と緊密な連携を進めた。京都大学に置いたELSIセンターでは個人ゲノム解読の倫理問題への対応やシンポジウム開催を含む社会との接点活動を進めた。
(2)(3)大規模ゲノム及びゲノム医科学支援活動:2年目に入ったこともあり、前年度末から公募の周知宣伝につとめ、4月1日から公募を開始した。ただし、政府予算関連法案の遅れのために内定通知が遅れた科研費種目があったことや東日本大震災の被災地からの応募を考慮して、追加公募をおこなった。この結果、総応募数237件となり、62件を審査委員会で選定した。内訳はヒトGWAS課題が1件、ヒトゲノムリシーケンシング課題が11件、多細胞生物の課題が33件、微生物ゲノム課題が14件、情報解析のみの課題が3件であった。多細胞生物ゲノムは新規解読となるが、特に野生由来の多様な生物ゲノムは両親由来ゲノム間での多型の多さのためにショートリードのアッセンブルは世界的なチャレンジングな課題となった。このために情報解析支援グループにより新規ゲノムアッセンブラを開発し、実際のゲノム解読に役立てた。
公募課題に加え、領域としてゲノム科学推進のために重要な課題を企画課題として推進した。ヒトゲノム関連は倫理審査のために遅れているが、多細胞生物ゲノムでは、シーラカンスゲノム解読が進行した。アフリカツメガエルゲノム解読を国際協力でおこない、また昨年からの継続としてポリプテルスゲノム解読を進めた。
(4)情報解析支援活動:情報解析支援グループは、特に個人ゲノムの大量データ処理への対応を進めた。基盤技術開発支援グループは、次世代の情報解析支援技術や大規模情報転送技術などの開発を進めた。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ヒト以外の多細胞生物ゲノム解読については新規アルゴリズムの開発もあり進んだが、ヒトゲノム解析については倫理委員会の審査の遅れや、最終的なデータ共有のための提供者への再同意取得に時間がかかり、遅れているため。

今後の研究の推進方策

ゲノム解析技術開発も含めた重要課題を領域企画課題としてより積極的に推進する。
公募課題についてはデータ解析の段階で研究者コミュニティの力を結集して、より質の高い成果にする。
ヒトゲノム課題については倫理問題への周知をより徹底し、スムースな支援開始ができるようにする。
データ共有の体制を整備する。

研究成果

• [雑誌論文] Epigenetic regulation of monoallelic gene expression (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Shiba, Seiji Takayama
  • 雑誌名: Development Growth and Differentiation 巻: 54 ページ: 120-128
  • DOI: 10.1111/j.1440-169X.2011.01317.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Imprinted DNA methylation reprogramming during early mouse embryogenesis at the Gpr1-Zdbf2 locus is linked to long cis-intergenic transcription (2012)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi H, Sakurai T, Sato S, Nakabayashi K, Hata K, Kono T
  • 雑誌名: FEBS Lett. 巻: 586 ページ: 827-833
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2012.01.059
  • 査読あり
• [雑誌論文] Contribution of intragenic DNA methylation in mouse gametic DNA methylomes to establish oocyte-specific heritable marks (2012)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi H, Sakurai T, Imai M, Takahashi N, Fukuda A, Yayoi O, Sato S, Nakabayashi K, Hata K, Sotomaru Y, Suzuki Y, Kono T
  • 雑誌名: PLoS Genet. 巻: 8
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1002440
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between six classical HLA loci and rheumatoid arthritis : a comprehensive analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga S, et al.
  • 雑誌名: Tissue Antigens 巻: (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of genome-wide association studies identifies multiple novel loci associated with rheumatoid arthritis in the Japanese population (2012)
  • 著者名/発表者名: Okada Y, et al.
  • 雑誌名: Nat.Genet. 巻: 44 ページ: 511-516
  • DOI: 10.1038/ng.2231
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transformations for the compression of FASTQ quality scores of next-generation sequencing data (2012)
  • 著者名/発表者名: Raymond Wan, Vo Ngoc Anh, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 628-635
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr689
  • 査読あり
• [雑誌論文] RecountDB : a database of mapped and count corrected transcribed sequences (2012)
  • 著者名/発表者名: Edward Wijaya, Martin C Frith, Kiyoshi Asai, Paul Horton
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 40 ページ: D1089-D1092
  • DOI: 10.1093/nar/gkr1172
  • 査読あり
• [雑誌論文] SAMSCOPE : An OpenGL based real-time interactive scale-free SAM viewer (2012)
  • 著者名/発表者名: Popendorf, K., Sakakibara, Y.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 1276-1277
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts122
  • 査読あり
• [雑誌論文] COPICAT : A software system for predicting interactions between proteins and chemical compounds (2012)
  • 著者名/発表者名: Sakakibara, Y., Hachiya, T., Uchida, M., Nagamine, N., Sugawara, Y., Yokota, M., Nakamura, M., Popendorf, K., Komori, T., Sato, K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 745-746
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts031
  • 査読あり
• [雑誌論文] Large-scale motif discovery using DNA Gray code and equiprobabile oligomers (2012)
  • 著者名/発表者名: N.Ichinose, T.Yada, O.Gotoh
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 25-31
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr606
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of tammar wallaby SIRH12, derived from a marsupial-specific retrotransposition event (2011)
  • 著者名/発表者名: Ono R, Kuroki Y, Naruse M, Ishii M, Iwasaki S, Toyoda A, Fujiyama A, Shaw G, Renfree MB, Kaneko-Ishino T, Ishino F
  • 雑誌名: DNA Res. 巻: 18(4) ページ: 211-219
  • DOI: 10.1093/dnares/dsr012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linear regression models predicting strength of transcriptional activity of promoters (2011)
  • 著者名/発表者名: Yada T, Yoshida K, Morita M, Taniguchi T, Irie T, Suzuki Y
  • 雑誌名: Genome Inform. 巻: 25 ページ: 53-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide analysis reveals unique regulation of transcription of Th2-specific genes by GATA3 (2011)
  • 著者名/発表者名: Horiuchi, S., Onodera, A., Hosokawa, H., Watanabe, Y., Tanaka, T., Sugano, S., Suzuki, Y., Nakayama, T.
  • 雑誌名: J.Immunol 巻: 186 ページ: 6378-6389
  • DOI: 10.4049/jimmunol.1100179
  • 査読あり
• [雑誌論文] A systems genetic approach provides a bridge from discovered genetic variants to biological pathways in rheumatoid arthritis (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakaoka H, et al.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6 ページ: e25389
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0025389
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exact break point of a 50kb deletion 8kb centromeric of the HLA-A locus with HLA-A^*24:02: the same deletion observed in other A^*24 alleles and A^*23:01 allele (2011)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga S, et al.
  • 雑誌名: Immunogenetics 巻: 63 ページ: 467-474
  • DOI: 10.1007/s00251-011-0521-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide association study identified ITPA/DDRGK1 variants reflecting thrombocytopenia in pegylated interferon and ribavirin therapy for chronic hepatitis C (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Y, et al.
  • 雑誌名: Hum.Mol.Genet. 巻: 20 ページ: 3507-3516
  • 査読あり
• [雑誌論文] A genome-wide CNV association study on panic disorder in a Japanese population (2011)
  • 著者名/発表者名: Kawamura Y, et al.
  • 雑誌名: J.Hum.Genet. 巻: 56 ページ: 852-856
  • DOI: 10.1038/jhg.2011.117
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide profiling of DNA methylation in human cancer cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Ogoshi K, et al.
  • 雑誌名: Genomics 巻: 98 ページ: 280-287
  • DOI: PMID:21821115
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequence-specific error profile of Illumina Sequencers (2011)
  • 著者名/発表者名: Kensuke Nakamur
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: Vol.39 ページ: e90
  • DOI: 10.1093/nar/gkr344
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enterotypes of the human gut microbiome (2011)
  • 著者名/発表者名: Arumugam, M., et al.
  • 雑誌名: Nature 巻: 473 ページ: 174-180
  • DOI: 10.1038/nature09944
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Lifestyle of the Segmented Filamentous Bacterium : A Non-Culturable Gut-Associated Immunostimulating Microbe Inferred by Whole-Genome Sequencing (2011)
  • 著者名/発表者名: Kuwahara, T., et al.
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 18 ページ: 291-303
  • DOI: 10.1093/dnares/dsr022
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription factor GreA contributes to resolve promoter proximal pausing of RNA polymerase in B.subtilis cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Kusuya, Y., et al.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 巻: 193 ページ: 3090-3099
  • DOI: 10.1128/JB.00086-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Probabilistic alignments with quality scores : an application to short-read mapping toward accurate SNP/indel detection (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Edward Wijaya, Martin C Frith, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 3085-3092
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr537
  • 査読あり
• [雑誌論文] A detailed investigation of accessibilities around target sites of siRNAs and miRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisanori Kiryu, Goro Terai, Osamu Imamura, Hiroyuki Yoneyama, Kenji Suzuki, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 1788-1797
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr276
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved measurements of RNA structure conservation with generalized centroid estimators (2011)
  • 著者名/発表者名: Okada, Y., Saito, Y., Sato, K., Sakakibara, Y.
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics 巻: 2 ページ: 54
  • DOI: 10.3389/fgene.2011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Irie, S.-J.Park, R.Yamashita, M.Seki, T.Yada, S.Sugano, K.Nakai, Y.Suzuki
  • 雑誌名: Nucl.Acids Res. 巻: 39 ページ: e35
  • DOI: 10.1093/nar/gkr173
  • 査読あり
• [学会発表] 環境メタゲノミクス (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川顕
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会シンポジウム
  • 発表場所: 京都(招待講演)
  • 年月日: 2012-03-25
• [学会発表] Integrative Transcriptome Analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Suzuki
  • 学会等名: FIRST symposium
  • 発表場所: Osaka, Japan
  • 年月日: 2012-03-13
• [学会発表] Development of an integrated analysis system for metagenomics and its applications for soil metagenome analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Kurokawa, K.
  • 学会等名: BiWO2011
  • 発表場所: 東京(招待講演)
  • 年月日: 2012-01-26
• [学会発表] ヒト試料を扱ったゲノム研究における「研究ガバナンス」の構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 白井哲哉, 三成寿作, 加藤和人
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] パーソナルゲノム時代の公的なデータ共有に伴う倫理的・法的・社会的課題 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三成寿作, 白井哲哉, 加藤和人
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] マウス配偶子における全ゲノム包括的DNAメチローム化解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小林久人、櫻井隆順、今井美咲、高橋望、福田篤、尾畑やよい、佐藤俊、中林一彦、秦健一郎、外丸佑介、鈴木穣、河野友宏
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] Predicting promoter activities of primary human DNA sequences (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Irie, S.-J.Park, R.Yamashita, M.Seki, T.Yada, S.Sugano, Y.Suzuki
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20111213-20111216
• [学会発表] Direct contributions of Otx2 as a positional tag to global gene regulation in the head organizer in Xenopus embryos (2011)
  • 著者名/発表者名: Yuuri Yasuoka, Yutaka Suzuki, Shuji Takahashi, Norihiro Sudou, Yoshikazu Haramoto, Makoto Asashima, Sumio Sugano, Masanori Taira
  • 学会等名: International Symposium "Genetic Regulation of Development" Commemorative of 27th International Prize for Biology
  • 発表場所: 京都ガーデンパレス,京都(招待講演)
  • 年月日: 20111130-20111201
• [学会発表] Contribution of Intragenic DNA Methylation in Mouse Gametic DNA Methylomes to Establish Oocyte-Specific Heritable Markss (2011)
  • 著者名/発表者名: Hisato Kobayashi, Takayuki Sakurai, Nozomi Takahashi, Yayoi Obata, Kazuhiko Nakabayashi, Kenichiro Hata, Yusuke Sotoamru, Yutaka Suzuki, Tomohiro Kono
  • 学会等名: World Congress on Reproductive Biology
  • 発表場所: Cairns, Australia
  • 年月日: 20111116-20111118
• [学会発表] Transcriptome Analysis of Human Genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Suzuki
  • 学会等名: Multilevel Systems Biology : Genomes, Structures, and Networks
  • 発表場所: Osaka, Japan
  • 年月日: 20111116-20111117
• [学会発表] ヒトゲノム研究における「研究ガバナンス」の構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 白井哲哉, 三成寿作, 加藤和人
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第56回大会第11回東アジア人類遺伝学会
  • 発表場所: 千葉県千葉市幕張メッセ
  • 年月日: 20111109-20111112
• [学会発表] Hydrogen evolution of Vibrio tritonius sp.nov. (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Matsumura, S.Nakagawa, F.Maruyama, Y.Ogura, T.Hayashi, K.Kurokawa, T.Sawabe
  • 学会等名: VIBRIO 2011
  • 発表場所: Santiago de Compostela-Spain
  • 年月日: 20111102-20111105
• [学会発表] enome-wide analysis reveals unique regulation of transcription of Th2-specific genes by GATA3 (2011)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Onodera, Shu Horiuchi, Hiroyuki Hosokawa, Yukiko Watanabe, Yutaka Suzuki, Toshinori Nakayama
  • 学会等名: NCI Symposium on Chromosome Structure and Function
  • 発表場所: Bethesda, MD, USA
  • 年月日: 20111101-20111102
• [学会発表] A research activity for ethical, legal, and social implications of personal genomics in Japan (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Shirai, J.Minrai, A.Nomura, K.Kato
  • 学会等名: The 12^<th> International Congress of Human Genetics (ICHG)/The 61^<th> ASHG Annual Meeting, Montreal, Canada
  • 発表場所: Montreal Convention Centre
  • 年月日: 20111011-20111015
• [学会発表] マウス配偶子における全ゲノム包括的DNAメチル化解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小林久人、櫻井隆順、高橋望、福田篤、尾畑やよい、佐藤俊、中林一彦、秦健一郎、外丸佑介、鈴木穣、河野友宏
  • 学会等名: 第104回日本繁殖生物学会大会
  • 発表場所: 盛岡
  • 年月日: 20110915-20110917
• [学会発表] Mechanisms for the parallel evolution of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) and the genome diversification among O157 EHEC strains (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Hayashi
  • 学会等名: International union of microbiological societies 2011 congress
  • 発表場所: Sapporo, Hokkaido, Japan
  • 年月日: 20110906-20110910
• [学会発表] Phylogenetic and intimin-subtyping analysis of enteropathogenic and enterohemorrhagic Escherichia coli strains (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Ooka, K.Seto, K.Kawano, H.Kobayashi, Y.Etoh, S.Ichihara, M.Bardiau, N.Kaneko, J.Isobe, K.Yamaguchi, K.Horikawa, Y.Ogura, K.Nakayama, J.Mainil, T.Hayashi
  • 学会等名: International union of microbiological societies 2011 congress
  • 発表場所: Sapporo, Hokkaido, Japan
  • 年月日: 20110906-20110910
• [学会発表] Genome sequence analysis of Treponema phagedenis isolated from bovine papillomatous digital dermatitis (PDD) (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Gotoh, K.Yamazaki, Y.Ogura, T.Ooka, T.Yano, K.Oshima, M.Hattori, N.Misawa, T.Hayashi
  • 学会等名: International union of microbiological societies 2011 congress
  • 発表場所: Sapporo, Hokkaido, Japan
  • 年月日: 20110906-20110910
• [学会発表] Transcriptome sequencing of S.venezuelensis, an animal parasitic nematode (2011)
  • 著者名/発表者名: E.Nagayasu, Y.Ogura, T.Ito, A.Yoshida, G.Chakraborty, T.Hayashi, H.Maruyama
  • 学会等名: International union of microbiological societies 2011 congress
  • 発表場所: Sapporo, Hokkaido, Japan
  • 年月日: 20110906-20110910
• [学会発表] Mobile genetic elements in enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) : their roles in the EHEC genome evolution and diversification (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Hayashi
  • 学会等名: SGM Autumn Conference 2011
  • 発表場所: York, UK(招待講演)
  • 年月日: 20110905-20110907
• [学会発表] MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads (2011)
  • 著者名/発表者名: Namiki, T., Hachiya, T., Tanaka, H., Sakakibara, Y.
  • 学会等名: ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2011
  • 発表場所: Chicago, USA
  • 年月日: 20110801-20110803
• [学会発表] A research activity for ethical, legal and social implications of personal genomics in Japan (2011)
  • 著者名/発表者名: Jusaku Minari, Tetsuya Shirai, Kazuto Kato
  • 学会等名: The 9^<th> International Workshop on Advanced Genomics, Tokyo, Japan
  • 発表場所: 学術総合センター(一橋記念講堂)
  • 年月日: 20110712-20110714
• [学会発表] Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach (2011)
  • 著者名/発表者名: Abe, M., Hase, S., Ogawa, M., Okada, Y., Sato, K., Saito, Y., Sakakibara, Y.
  • 学会等名: RNA 2011 Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Kyoto, Japan
  • 年月日: 20110614-20110618
• [学会発表] GATA3 ChIP-sequence解析を用いたTh2特異的遺伝子の転写調節機構の解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 堀内周、小野寺淳、細川裕之、渡邊友紀子、鈴木穣、中山俊憲
  • 学会等名: 第5回日本エピジェネティックス研究会
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 20110519-20110520
• [学会発表] 新型シーケンサ・アーカイブ配列のクラウド型解析パイプラインDDBJ Pipeline進捗:de novoアセンブル配列注釈ワークフロー (2011)
  • 著者名/発表者名: 長崎英樹、望月孝子、児玉悠一、猿橋智、高木利久、大久保公策、神沼英里、中村保一
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] 新型シーケンサ・アーカイブ配列からのDNA多型注釈データベース構築系統識別ワークフローの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 猿橋智、長崎英樹、望月孝子、神沼英里、中村保一
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] Sequence specific error profile of Illumina sequencers (2011)
  • 著者名/発表者名: Kensuke Nakamura
  • 学会等名: Functional Genomics and Systems Biology 2011 Wellcome Trust Scientific Conferences
  • 発表場所: Hinxton, Cambridge, UK
  • 年月日: 2011-11-30
• [学会発表] DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based analytical pipeline for next-generation sequencing reads (2011)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Saruhashi, Takako Mochizuki, Hideki Nagasaki, Yuichi Kodama, Asami Nozaki, Kyung-Bum Lee, Toshihisa Okido, Emi Yokoyama, Eli Kaminuma, Hideaki Sugawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura
  • 学会等名: 8th Solanaceae and 2nd Cucurbitaceae Joint Conference
  • 発表場所: 神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
  • 年月日: 2011-11-28
• [学会発表] ゲノムからメタゲノムへ (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川顕
  • 学会等名: CBI/JSBi2011合同大会
  • 発表場所: 神戸(招待講演)
  • 年月日: 2011-11-09
• [学会発表] 日本DNAデータバンク(DDBJ)での新規電算機システムによる超並列型シーケンサ由来の大規模塩基配列情報解析支援の試み (2011)
  • 著者名/発表者名: 望月孝子, 児玉悠一, 猿橋智, 長崎英樹, 神沼英里, 菅原秀明, 大久保公策, 高木利久, 中村保一
  • 学会等名: 「生命情報科学若手の会」第2回研究会
  • 発表場所: 国立遺伝学研究所(静岡県三島市)
  • 年月日: 2011-10-09
• [学会発表] 新型シーケンサーによるメタゲノム解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 黒川顕
  • 学会等名: 第63回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 東京(招待講演)
  • 年月日: 2011-09-27
• [学会発表] Lessons from genome-wide search for disease-related genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga K
  • 学会等名: The 20^<th> Annual Conference of Korean Genome Organization
  • 発表場所: Gangoe-myeon, Korea
  • 年月日: 2011-09-01
• [学会発表] 次世代シーケンサーのアーカイブDBとクラウド型データ解析システムの紹介 (2011)
  • 著者名/発表者名: 神沼英里、児玉悠一、猿橋智、望月孝子、長崎英樹、高木利久、大久保公策、中村保一
  • 学会等名: 第154回農林交流センターワークショップ「次世代シーケンサーを利用したゲノム解析の実際」
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2011-08-19
• [学会発表] イルミナシーケンサーの配列特異的エラーについて (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村建介
  • 学会等名: 日本進化学会第13回大会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2011-07-31
• [学会発表] Sequence specific error profile of Illumina sequencers (2011)
  • 著者名/発表者名: Kensuke Nakamura
  • 学会等名: SMBE2011 (Society of Molecular Biology and Evolution)
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2011-07-27
• [学会発表] DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based annotation tool for next-generation sequencing data (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagasaki, H., Mochizuki, T., Kodama, Y., Saruhashi, S., Takagi, T., Okubo, K., Kaminuma, E., Nakamura, Y.
  • 学会等名: The 2nd International Conference on the Progress of "1000 Plant & Animal Reference Genomes Project"
  • 発表場所: Shenzhen, China
  • 年月日: 2011-07-11
• [学会発表] DDBJ Read Annotation Pipeline : 新型シーケンサ由来配列のクラウト型解析パイプライン (2011)
  • 著者名/発表者名: 猿橋智, 児玉悠一, 李慶範, 大城戸利久, 横山会美, 長崎英樹, 望月孝子, 神沼英里, 菅原秀明, 高木利久, 大久保公策, 中村保一
  • 学会等名: NGS現場の会第1回研究会
  • 発表場所: 熱海ニューフジヤホテル(静岡県熱海市)
  • 年月日: 2011-05-28
• [学会発表] パーソナルゲノム研究の倫理的課題 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤和人
  • 学会等名: 第52回日本神経学会学術大会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場(招待講演)
  • 年月日: 2011-05-19
• [備考]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/
• [備考]
  • URL: http://genome-elsi.org/
• [備考]
  • URL: http://www.kasahara.ws/lpm/
• [備考]
  • URL: http://ka.cb.k.u-tokyo.ac.jp/tce/