ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

2012 年度 実績報告書

• 研究領域: ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
• 研究課題/領域番号: 221S0002
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 特任教員 (70135292)
• 研究分担者: 加藤 和人 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10202011) ; 黒木 陽子 独立行政法人理化学研究所, 免疫アレルギー科学総合研究センター, 研究員 (10344037) ; 菅野 純夫 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (60162848) ; 林 哲也 宮崎大学, フロンティア科学実験総合センター, 教授 (10173014) ; 辻 省次 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612) ; 井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所, 総合遺伝研究系, 教授 (00192500) ; 徳永 勝士 東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (40163977) ; 山本 健 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (60274528) ; 桑野 良三 新潟大学, 脳研究所, 教授 (20111734) ; 小笠原 直毅 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (10110553) ; 黒川 顕 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (20343246) ; 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任准教授 (10267495) ; 鈴木 穣 東京大学, 新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646) ; 森下 真一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (90292854) ; 久原 哲 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (00153320) ; 中村 保一 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (60370920) ; 田畑 哲之 公益財団法人かずさDNA研究所, その他部局等, 副所長 (70197549) ; 浅井 潔 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30356357) ; 矢田 哲士 京都大学, 情報学研究科, 准教授 (10322728) ; 榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427) ; 笠原 雅弘 東京大学, 新領域創成科学研究科, 講師 (60376605)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 次世代DNAシーケンサ / RNA-seq / ChIP-seq / de novo配列決定 / 個人ゲノム / リシーケンシング / GWAS / インフォームドコンセント

研究実績の概要

支援課題公募では200件の応募があり、81件を選定し支援した。これまでの支援も含め、ゲノム医科学では、SORL1がアルツハイマー病の疾患感受性遺伝子であること、ATP1A3 変異が小児交代性片麻痺を起こすこと、遺伝性痙性対麻痺の病因遺伝子がC12orf65 であることなどの論文発表が得られた。多細胞生物支援では、新規ゲノム配列決定が生物進化学上重要な対象について進んでいるが、ベネズエラ糞線虫のde novo RNA seq解析が論文発表され、5種類の糞線虫のゲノム解析論文が準備中である。多種類の解析を同時に行う支援依頼も増えていて、ヘルパーT2細胞におけるGata3/Chd4複合体の役割についてなどの論文発表が行われた。方法論については、次世代シークエンサーを使ったRNA半減期の網羅的解析法の開発が画期的である。微生物ゲノム解析支援では、歯周病病原体、海洋ビブリオ11種、湖水由来の微生物群集の主要構成菌種である難培養菌等で論文化の準備が進んだ。難培養菌群によるウシ蹄病のメタゲノム解析からは、これまでにない規模での構成菌種のゲノム再構成を含む高精度レファレンス配列を取得できた。情報解析支援では、解析パイプラインの開発やゲノム科学において必須となる高度な解析技術開発を実施した。特に、新たに開発したソフトウェア Platanus は、これまで困難であったショートリードによる大型真核生物ゲノムのアッセンブルで実績を上げるとともに、ロシアや英国などを含め国内外で広く利用されつつある。
公募課題に加え、ゲノム科学推進のために重要な課題を企画課題としてとりあげ、長寿者ゲノム、多細胞生物ではシーラカンス、アフリカツメガエル、ポリプテルスゲノム解読を進めた。ゲノムELSIユニットでは個人ゲノム解読の倫理問題への実務的支援についてこれまで以上に効率的なシステムを構築し、医科学支援を推進した。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

医科学支援課題は研究倫理審査委員会の承諾を得ることに時間を要することから解析が遅れ気味であるが，ゲノムELSIユニットの活動により改善した。他の分野では、一部（サンプル調整が遅れたり、できなかった場合）を除いて、希望された結果を返却できている。論文発表に向けた配列解析支援についても、支援希望者からの要請に応じて対応している。微生物の１次解析拠点ではマンパワー的にやや問題があったが、要望にはおおむね対応できている。

今後の研究の推進方策

ゲノム医科学研究の場合，一定の解析規模を必要とすることから解析規模の大きい支援と，幅広く支援をすることの間の適切なバランスを目指す必要がある。生物学分野においては、新規のゲノム支援を着実に実施するとともに、これまでに配列を決定した支援課題について１次及び２次解析の支援を行って論文化を推進する。同時に、このプロセスを通して、支援を受けた研究室の特に若手の研究者がゲノム解析・研究に対する知識・技術を修得できるように支援活動を行う。情報解析分野では、これまで以上に、基盤技術開発のメンバーと一体となり、解析パイプライン開発に注力する必要がある。また、リリースした解析パイプラインに関する講習会などを通して広く研究者の要望を取り入れ、より使い勝手の良いパイプラインを構築する。領域企画課題を通じて技術開発を一層推進する。ELSIユニットでは、国内の個人ゲノム解読を伴う研究プロジェクトの関係者のネットワーク作りと問題・情報の共有を行うことで、日本のゲノム研究のレベルアップに向けた活動を行うことを計画している。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of ATP1A3 mutations by exome sequencing as the cause of alternating hemiplegia of childhood in Japanese patients. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishii A, Saito Y, Mitsui J, Ishiura H, Yoshimura J, Arai H, Yamashita S, Kimura S, Oguni H, Morishita S, Tsuji S, Sasaki M, Hirose S.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: e56120
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056120
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exome sequencing identifies novel rheumatoid arthritis-susceptible variants in the BTNL2 (2013)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga S
  • 雑誌名: J Hum Genet. 巻: 58(4) ページ: 210-215
  • DOI: 10.1038/jhg.2013.2
  • 査読あり
• [雑誌論文] SORL1 Is Genetically Associated with Late-Onset Alzheimer's Disease in Japanese, Koreans and Caucasians. (2013)
  • 著者名/発表者名: Miyashita A,
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: e58618
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0058618.
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATF6α/β-mediated Adjustment of ER Chaperone Levels Is Essential for Development of the Notochord in Medaka Fish. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa T
  • 雑誌名: Mol Biol Cell. 巻: 8.2 ページ: 印刷中
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functionally distinct Gata3/Chd4 complexes coordinately establish T helper 2 (Th2) cell identity. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hosokawa H
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 110(12) ページ: 4691- 4696
  • DOI: 10.1073/pnas.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Changes in DNA Methylation in Antigen-Specific Memory CD4 T Cells. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hashimoto SI
  • 雑誌名: J Immunol. 巻: 190(8) ページ: 4076-4091
  • DOI: 10.4049/jimmunol.
  • 査読あり
• [雑誌論文] The comprehensive epigenome map of piRNA clusters. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 41(3） ページ: 1581-1590
  • DOI: 10.1093/nar/gks1275.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial and plastid genomes of the colonial green alga Gonium pectorale give insights into the origins of organelle DNA architecture within the volvocales. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hamaji T
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8(2) ページ: e57177
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0057177
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Propionibacterium acnes Isolate from sarcoidosis patient (2013)
  • 著者名/発表者名: Kana Minegishi
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 1 ページ: e00016-12
  • DOI: 10.1128/genomeA.00016-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-Resolution Mapping of In vivo Genomic Transcription Factor Binding Sites Using In situ DNase I Footprinting and ChIP-seq (2013)
  • 著者名/発表者名: Onuma Chumsakul
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 20 ページ: in press
  • DOI: 10.1093/dnares/dst013
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptomic analysis of four developmental stages of Strongyloides venezuelensis. (2013)
  • 著者名/発表者名: E. Nagayasu
  • 雑誌名: Parasitol. Int. 巻: 62(1) ページ: 57-65
  • DOI: 10.1016/j.parint.2012.09.006
  • 査読あり
• [雑誌論文] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation (2013)
  • 著者名/発表者名: T.Fujiwara
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 14(Suppl 2) ページ: S3
  • DOI: 10.1186/1471-2164-14-S2-S3
  • 査読あり
• [雑誌論文] PBSIM: PacBio reads simulator--toward accurate genome assembly. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yukiteru Ono
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 29(1) ページ: 119-121
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts649
  • 査読あり
• [雑誌論文] Finding Protein-Coding Genes through Human Polymorphisms. (2013)
  • 著者名/発表者名: Wijaya E
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 8(1) ページ: e54210
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0054210
  • 査読あり
• [雑誌論文] パーソナルゲノム研究の倫理的課題 (2013)
  • 著者名/発表者名: 加藤和人
  • 雑誌名: BRAIN and NERVE 巻: 65 ページ: 267-272
• [雑誌論文] 「ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針」の改定をめぐる批判的談話分析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 野村安以
  • 雑誌名: 年報科学・技術・社会 巻: 22 ページ: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] CSF1R mutations identified in three families with autosomal dominantly inherited leukoencephalopathy. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J
  • 雑誌名: Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 巻: 159B ページ: 951-957
  • DOI: 10.1002/ajmg.b.32100
  • 査読あり
• [雑誌論文] Association between six classical HLA loci and rheumatoid arthritis: a comprehensive analysis. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga S
  • 雑誌名: Tissue Antigen 巻: 80 ページ: 16-25
  • DOI: 10.1111/j.1399-0039.2012.01872.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Next-generation sequencing: impact of exome sequencing in characterizing Mendelian disorders. (2012)
  • 著者名/発表者名: Rabbani B
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 57 ページ: 621-632
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.91
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis identifies common variants associated with body mass index in east Asians. (2012)
  • 著者名/発表者名: Wen W
  • 雑誌名: Nat. Genet. 巻: 44 ページ: 307-311
  • DOI: 10.1038/ng.1087.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ezh2 augments leukemogenicity by reinforcing differentiation blockage in acute myeloid leukemia. (2012)
  • 著者名/発表者名: Tanaka S
  • 雑誌名: Blood. 巻: 120(5) ページ: 1107-1117
  • DOI: 10.1182/blood-2011-11-394932.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic-wide association studies of tuberculosis in Asians identify distinct at-risk locus for young tuberculosis. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mahasirimongkol S
  • 雑誌名: J. Hum. Genet. 巻: 57(6) ページ: 363-367
  • DOI: 10.1038/jhg.2012.35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide association study confirming association of HLA-DP with protection against chronic hepatitis B and viral clearance in Japanese and Korean. (2012)
  • 著者名/発表者名: Nishida N
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 7(6) ページ: e39175
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0039175.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Common variants on chromosome 9p21 are associated with normal tension glaucoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Takamoto M
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 7(7) ページ: e40107
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0040107.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide association study identifies TNFSF15 and POU2AF1 as susceptibility loci for primary biliary cirrhosis in Japanese. (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakamura M
  • 雑誌名: Am. J. Hum. Genet. 巻: 91(4) ページ: 721-728
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2012.08.010.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of genome-wide association studies for Panic disorder in the Japanese population. Transl. (2012)
  • 著者名/発表者名: Otowa T
  • 雑誌名: Psychiatry 巻: 2 ページ: e186
  • DOI: 10.1038/tp.2012.89.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A homozygous mutation of C12orf65 causes spastic paraplegia with optic atrophy and neuropathy (SPG55). (2012)
  • 著者名/発表者名: Shimazaki H
  • 雑誌名: Journal of medical genetics 巻: 49 ページ: 777-784
  • DOI: 10.1136/jmedgenet-2012-101212.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identical genomic organization of two hemichordate hox clusters. (2012)
  • 著者名/発表者名: Robert Freeman
  • 雑誌名: Curr. Biol. 巻: 22 ページ: 2053-2058
  • DOI: 10.1016/j.cub.2012.08.052.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide genetic variations are highly correlated with proximal DNA methylation patterns. (2012)
  • 著者名/発表者名: Wei Qu
  • 雑誌名: Genome Research 巻: 22 ページ: 1419 - 1425
  • DOI: 10.1101/gr.140236.112
  • 査読あり
• [雑誌論文] Altered expression of testis-specific genes, piRNAs, and transposons in the silkworm ovary masculinized by a W chromosome mutation. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hara K
  • 雑誌名: BMC Genomics. 巻: 13 ページ: 119
  • DOI: 10.1186/1471-2164-13-119.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A role for transcription from a piRNA cluster in de novo piRNA production. RNA. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kawaoka S
  • 雑誌名: RNA. 巻: 18(2) ページ: 265-273
  • DOI: 10.1261/rna.029777.111.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived non-coding transcripts in mammals. (2012)
  • 著者名/発表者名: Tani H
  • 雑誌名: Genome Res. 巻: 22(5) ページ: 947-956
  • DOI: 10.1101/gr.130559.111.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A central coupler for recombination initiation linkng chromosome architecture to S phase checkpoint (2012)
  • 著者名/発表者名: Miyoshi T.
  • 雑誌名: Molecular Cell 巻: 47(5) ページ: 722-733
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2012.06.023.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of hundreds of novel UPF1 target transcripts by direct determining whole transcriptome stability in mammalian cells (2012)
  • 著者名/発表者名: H.Tani
  • 雑誌名: RNA Biol. 巻: 9 ページ: 1370-1379
  • DOI: 10.4161/rna.22360
  • 査読あり
• [雑誌論文] 同じ病原菌種内での菌株の違いをゲノムからみる：病原性大腸菌を例として (2012)
  • 著者名/発表者名: 林哲也
  • 雑誌名: Neuroinfection 巻: 17(1) ページ: 26-34
• [雑誌論文] 腸管出血性大腸菌における病原性のゲノム進化. (2012)
  • 著者名/発表者名: 小椋義俊
  • 雑誌名: 感染・炎症・免疫 巻: 42 ページ: 182-195
• [雑誌論文] MetaVelvet: an extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads (2012)
  • 著者名/発表者名: Namiki, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 40 ページ: e155
  • DOI: 10.1093/nar/gks678
  • 査読あり
• [雑誌論文] An efficient algorithm for de novo predictions of biochemical pathways between chemical compounds (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, M
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 13 ページ: S8
  • DOI: 10.1186/1471-2105-13-S17-S8
  • 査読あり
• [雑誌論文] DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition (2012)
  • 著者名/発表者名: Sato, K
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 ページ: 3218-3224
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts612
  • 査読あり
• [雑誌論文] GHOSTM: A GPU-accelerated homology search tool for metagenomics (2012)
  • 著者名/発表者名: Shuji Suzuki
  • 雑誌名: PLoS one 巻: 7 ページ: e36060
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0036060
  • 査読あり
• [雑誌論文] A classification of bioinformatics algorithms from the viewpoint of maximizing expected accuracy (MEA). (2012)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada
  • 雑誌名: J. Comput Biol 巻: 19(5) ページ: 532-549
  • DOI: 10.1089/cmb.2011.0197
  • 査読あり
• [雑誌論文] A mostly traditional approach improves alignment of bisulfite-converted DNA. (2012)
  • 著者名/発表者名: Martin C Frith
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 40(13) ページ: e100
  • DOI: 10.1093/nar/gks275
  • 査読あり
• [雑誌論文] Shape-based alignment of genomic landscapes in multi-scale resolution. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Ashida
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 40(14) ページ: 6435-6448
  • DOI: 10.1093/nar/gks354
  • 査読あり
• [雑誌論文] ELSI 2.0 for Genomics and Society (2012)
  • 著者名/発表者名: Jane Kaye
  • 雑誌名: SCIENCE 巻: 336 ページ: 673-674
  • DOI: 10.1126/science.1218015
  • 査読あり
• [学会発表] 包括的同意について (2013)
  • 著者名/発表者名: 位田隆一
  • 学会等名: 日本医師会 生命倫理懇談会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-03-21
  • 招待講演
• [学会発表] 第二・第三世代の配列決定技術の現状 (2013)
  • 著者名/発表者名: 豊田敦
  • 学会等名: 第86回日本細菌学会ワークショップ「使ってみよう次世代シーケンサー」
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2013-03-19
  • 招待講演
• [学会発表] 歯周病原菌Prevotella intermedia臨床分離株OMA14の全ゲノム配列決定 (2013)
  • 著者名/発表者名: 内藤真理子
  • 学会等名: 第86回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2013-03-18 – 2013-03-20
• [学会発表] ウシ趾乳頭腫症由来株Treponema phagedenisとヒト由来株の比較ゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 後藤恭宏
  • 学会等名: 第86回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2013-03-18 – 2013-03-20
• [学会発表] 新規下痢原性病原菌Escherichia albertiiのゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐
  • 学会等名: 第86回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2013-03-18 – 2013-03-20
• [学会発表] PSC meets NGS -examining ELSI of “conventional” genomics research in the context of the PSC research (2013)
  • 著者名/発表者名: Ken Okada
  • 学会等名: CiRA Int'l Symposium 2013
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2013-03-11 – 2013-03-12
• [学会発表] ウシ趾乳頭腫症病変部から分離されたTreponema phagedenisのゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 後藤恭宏
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜市
  • 年月日: 2013-03-08 – 2013-03-10
• [学会発表] Escherichia属の新菌種E. albertiiのゲノム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜市
  • 年月日: 2013-03-08 – 2013-03-10
• [学会発表] 細胞内DNase I footprinting：次世代シーケンサによる高解像度の転写因子結合部位決定 (2013)
  • 著者名/発表者名: Onuma Chumsakul
  • 学会等名: 第7回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 長浜市
  • 年月日: 2013-03-08 – 2013-03-10
• [学会発表] Issues for sharing cells and data in stem cell research- Lessons from human genome research - (2013)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato
  • 学会等名: UK-Japan Workshop on Stem Cells: Building a Better Environment for Application
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2013-03-06 – 2013-03-08
  • 招待講演
• [学会発表] Basic Structure of Ethics Governance of Biobank (2013)
  • 著者名/発表者名: Ryuichi Ida
  • 学会等名: World Medical Association Expert Conference on the Revision of the Declaration of Helsinki
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-02-28
  • 招待講演
• [学会発表] 疾患感受性と薬剤応答性 (2013)
  • 著者名/発表者名: 徳永勝士
  • 学会等名: 平成24年度 次世代医学セミナー・シンポジウム「ダイナミックなゲノム - 遺伝子解析の最前線 - 」
  • 発表場所: 福島
  • 年月日: 2013-02-28
  • 招待講演
• [学会発表] Detecting Significant Short Tandem Repeats in Personal Genomes (2013)
  • 著者名/発表者名: Koichiro Doi
  • 学会等名: AGBT 2013
  • 発表場所: Florida, USA
  • 年月日: 2013-02-21
• [学会発表] Liverwort Genome Analysis using DDBJ Pipeline and Construction of the Genome Annotation Database (2013)
  • 著者名/発表者名: 長崎 英樹
  • 学会等名: International Plant Animal Genome XXI
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2013-01-12 – 2013-01-16
• [学会発表] Genome Analysis of Vibrio harveyi Strain S20: Detection and genome feature of the 3rd replicon. (2013)
  • 著者名/発表者名: Amin A.K.M.R.
  • 学会等名: International Symposium on Genome Sciene “Expanding Frontiers of Genome Science”
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-01-09 – 2013-01-10
• [学会発表] Toward the creating marine microbial cell factory for biofuel production. (2013)
  • 著者名/発表者名: Sawabe T
  • 学会等名: International Symposium on Genome Sciene “Expanding Frontiers of Genome Science”
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2013-01-09 – 2013-01-10
• [学会発表] miRNA-target prediction based on transcriptional regulation (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Fujiwara
  • 学会等名: ISCB-Asia/SCCG
  • 発表場所: Shenzhen, China
  • 年月日: 2012-12-17 – 2012-12-19
• [学会発表] DDBJパイプラインによるゼニゴケゲノム解析とゲノムアノテーションデータベースの構築 (2012)
  • 著者名/発表者名: 長崎 英樹
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] Detection of Splice Junctions from Mid-to-Long RNA-seq Reads by Spaln (2012)
  • 著者名/発表者名: C.Zeng
  • 学会等名: 23rd Int. Conf. on Genome Inform.
  • 発表場所: Tainan, Taiwan
  • 年月日: 2012-12-12 – 2012-12-14
• [学会発表] パーソナルゲノム時代の生命倫理 (2012)
  • 著者名/発表者名: 加藤和人
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-11 – 2012-12-14
  • 招待講演
• [学会発表] Domestic systems for Ethical, Legal and Social implications (ELSI) of human genome researches in Japan (2012)
  • 著者名/発表者名: 山本奈津子
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-11 – 2012-12-14
• [学会発表] Relations between personal information and personal genetic information: revision of Japanese Ethical Guidelines for Human Genome Research (2012)
  • 著者名/発表者名: 野村安以
  • 学会等名: 第35回分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-11 – 2012-12-14
• [学会発表] 「ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針」の改定をめぐる批判的談話分析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 野村安以
  • 学会等名: 科学社会学会設立総会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-12-02
• [学会発表] Genomic approaches to the etiology of autoimmune diseases (2012)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga K
  • 学会等名: Centennial of Hashimoto Disease International Symposium Ⅱ - Autoimmune Diseases - Etiology and Therapeutics
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-12-02
  • 招待講演
• [学会発表] Towards System-level Understandings of Transcriptional Regulations (2012)
  • 著者名/発表者名: Sumio Sugano
  • 学会等名: The 7th International Conference on Genomics Bio-IT APAC 2012
  • 発表場所: Hong Kong
  • 年月日: 2012-11-30
  • 招待講演
• [学会発表] Genome-wide search for disease genes and drug response genes: Implications and perspectives (2012)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga K
  • 学会等名: The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2012
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-11-17
  • 招待講演
• [学会発表] 個人情報と遺伝情報の関係-ゲノム指針の見直しを巡る議論から- (2012)
  • 著者名/発表者名: 野村安以
  • 学会等名: 第11回科学技術社会論学会年次研究大会
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2012-11-16 – 2012-11-18
• [学会発表] ゲノム解析技術の急速な進化がもたらすゲノム研究の新たな展開 (2012)
  • 著者名/発表者名: 林哲也
  • 学会等名: 日本科学哲学会第45回（2012年）大会
  • 発表場所: 宮崎市
  • 年月日: 2012-11-10 – 2012-11-11
  • 招待講演
• [学会発表] メタゲノミクスの現状と未来 (2012)
  • 著者名/発表者名: 黒川顕
  • 学会等名: 情報・システム研究機構シンポジウム2012「生命科学のビッグデータ革命」
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-11-09
  • 招待講演
• [学会発表] Research Policy of the “Genome Science” Project in Japan. (2012)
  • 著者名/発表者名: Jusaku Minari
  • 学会等名: The 62nd American Society of Human Genetics (ASHG) Annual Meeting,
  • 発表場所: San Francisco, USA
  • 年月日: 2012-11-06 – 2012-11-10
• [学会発表] 日本人の起源・形成と疾患体質 (2012)
  • 著者名/発表者名: 徳永勝士
  • 学会等名: 第62回日本体質医学会総会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2012-11-03
  • 招待講演
• [学会発表] A clustering method for cancer microarray data from mathematical and biological viewpoints (2012)
  • 著者名/発表者名: S.Yue
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2012-10-14 – 2012-10-17
• [学会発表] Governance of Biobank (2012)
  • 著者名/発表者名: Ryuichi Ida
  • 学会等名: 9th Global Summit of National Bioethics Advisory Bodies
  • 発表場所: Carthage, Tunisia
  • 年月日: 2012-09-26
  • 招待講演
• [学会発表] パーソナルゲノム解読の倫理的法的社会的課題 (2012)
  • 著者名/発表者名: 加藤和人
  • 学会等名: 第35回日本神経科学大会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-09-18 – 2012-09-21
  • 招待講演
• [学会発表] トマト果実分化機構解明に向けた新規遺伝資源開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 有泉 亨
  • 学会等名: 2012年日本育種学会秋季大会（第122回講演会）
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2012-09-15
• [学会発表] 新型シークエンサのアーカイブ配列と解析パイプライン：系統間SNP解析を事例として (2012)
  • 著者名/発表者名: 神沼英里
  • 学会等名: 第122回日本育種学会講演会ワークショップ06 "育種のための情報解析ツール使い倒し塾"
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2012-09-14
  • 招待講演
• [学会発表] ELSI 2.0: View from Japan (ELSI of genomics and importance of networking researchers in Asia) (2012)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato
  • 学会等名: International Symposium: Developing Frameworks for ELSI research on Personalized Medicine
  • 発表場所: Seoul, Korea
  • 年月日: 2012-08-07
  • 招待講演
• [学会発表] 遺伝子診療における次世代シーケンサー (2012)
  • 著者名/発表者名: 井ノ上 逸朗
  • 学会等名: 日本遺伝子診療学会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2012-07-28
  • 招待講演
• [学会発表] 新興病原体Escherichia albertiiのゲノム解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐
  • 学会等名: 第16回腸管出血性大腸菌感染症研究会
  • 発表場所: 秋田市
  • 年月日: 2012-07-19 – 2012-07-20
• [学会発表] 個別化医療時代の生命倫理―ゲノム情報に基づく医療を社会の理解と支持を得て進めるために― (2012)
  • 著者名/発表者名: Ryuichi Ida
  • 学会等名: 第39回日本小児栄養消化器肝臓学会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2012-07-14
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular Characterization of Gene Cluster Responsible for Hydrogen Evolution in Vibrio tritonius AM2T. (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsumura Y.
  • 学会等名: The 9th Asia-Pacific Marine Biotechnology Conference (APMBC2012)
  • 発表場所: 高知
  • 年月日: 2012-07-13 – 2012-07-16
• [学会発表] A Research Policy of the “Genome Science” Project in Japan. (2012)
  • 著者名/発表者名: Jusaku Minari
  • 学会等名: The 11th Conference of the International Association of Bioethics
  • 発表場所: Rotterdam, Netherlands.
  • 年月日: 2012-06-26 – 2012-06-29
• [学会発表] 疾患関連遺伝子のゲノム全域探索の現状と展望 (2012)
  • 著者名/発表者名: 徳永勝士
  • 学会等名: 「ワークショップ：最近の遺伝子研究からみた肝臓病の現状と個別化医療への展望」第48回日本肝臓学会総会
  • 発表場所: 金沢
  • 年月日: 2012-06-07
  • 招待講演
• [学会発表] DDBJ Pipeline, a cloud computing based annotation tool for new-generation sequencing data (2012)
  • 著者名/発表者名: 長崎英樹
  • 学会等名: NGS現場の会 第2回研究会
  • 発表場所: 吹田
  • 年月日: 2012-05-24
• [学会発表] Genome-wide approaches to complex disease: Advances and perspectives (2012)
  • 著者名/発表者名: Tokunaga K
  • 学会等名: Genomic Analysis of Diseases Workshop, Nature Conference
  • 発表場所: Hangzhou, China
  • 年月日: 2012-05-18
  • 招待講演
• [学会発表] NGS由来大量データレポジトリDRAと解析支援パイプラインの提供 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中村保一
  • 学会等名: 理研シンポジウム・データ駆動型生命情報科学の挑戦
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2012-05-09
  • 招待講演
• [学会発表] Significant prevalence of Escherichia albertii among the strains identified as enteropathogenic and enterohemorrhagic E. coli and the presence of Shiga toxin-producing E. albertii strains. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ooka T.
  • 学会等名: VTEC 2012: 8th International Symposium on Shiga Toxin (Verocytotoxin) producing Escherichia coli infections
  • 発表場所: Amsterdam, The Netherlands.
  • 年月日: 2012-05-06 – 2012-05-09
• [図書] 細胞工学別冊 次世代シークエンサー 目的別アドバンストメソッド (2012)
  • 著者名/発表者名: 菅野純夫
  • 総ページ数: 264
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [図書] シリーズ生命倫理学 第12巻 先端医療「第11章パーソナルゲノム解読の倫理的・社会的課題」 (2012)
  • 著者名/発表者名: 加藤和人
  • 総ページ数: 220-233
  • 出版者: 丸善
• [備考] single pass read accuracy improver
  • URL: http://zombie.cb.k.u-tokyo.ac.jp/sprai/
• [備考] mkasa / TGEW・GitHub
  • URL: https://github.com/mkasa/TGEW
• [備考] TCE:Tiny Cloud Engine
  • URL: http://ka.cb.k.u-tokyo.ac.jp/tce/
• [備考] HEGMA:Discover motif sites in large DNA Sequences
  • URL: http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~ichinose/hegma/
• [備考] DDBJ Read Annotation Pipeline
  • URL: http://p.ddbj.nig.ac.jp/