ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

2015 年度 実績報告書

• 研究領域: ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援
• 研究課題/領域番号: 221S0002
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 小原 雄治 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 特任教授 (70135292)
• 研究分担者: 久原 哲 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (00153320) ; 井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所, 総合遺伝研究系, 教授 (00192500) ; 林 哲也 九州大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10173014) ; 加藤 和人 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10202011) ; 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任准教授 (10267495) ; 榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427) ; 矢田 哲士 九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728) ; 黒木 陽子 東北大学, 東北メディカルメガバンク機構, 非常勤講師 (10344037) ; 黒川 顕 東京工業大学, 地球生命研究所, 教授 (20343246) ; 浅井 潔 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30356357) ; 鈴木 穣 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (40323646) ; 岩崎 渉 東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50545019) ; 菅野 純夫 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (60162848) ; 山本 健 久留米大学, 医学部, 教授 (60274528) ; 中村 保一 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (60370920) ; 笠原 雅弘 東京大学, 新領域創成科学研究科, 講師 (60376605) ; 辻 省次 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612) ; 田畑 哲之 公益財団法人かずさDNA研究所, その他部局等, 所長 (70197549) ; 森下 真一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (90292854) ; 瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門, 主任研究員 (40361539) ; 高橋 弘喜 千葉大学, 真菌医学研究センター, 准教授 (60548460)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2016-03-31
• キーワード: 次世代DNAシーケンサ / RNA-seq / ChIP-seq / de novo配列決定 / 個人ゲノム / リシーケンシング / GWAS / インフォームドコンセント

研究実績の概要

支援課題公募では211件の応募があり、74件を選定し支援した。中～大型ゲノムの新規配列決定は本年度11種に上った。成果論文は、支援成果の査読有論文108報（発表論文欄は班員が加わっているもの38報をあげた）及び班員の高度化研究等論文27報である。
今年度の主な論文発表成果としては、新規配列決定支援では原始的な多細胞生物ゴニウム（野崎ら）、ベネズエラ糞線虫（丸山ら、英国サンガーセンターと共同研究）のゲノム解読と比較研究等があった。再シーケンス支援では、マウスの1世代あたりの変異率の測定に成功（八木ら）、苔類ゼニゴケの多型情報を取得データベース化することによって新たなモデル生物化（河内ら）等がある。RNA、エピゲノム解析支援では、免疫担当細胞におけるRegnase1の作用機序の詳細の解明が論文化された（竹内ら）。微生物支援では、芳香族化合物による汚染土壌のメタゲノム解析が微生物による環境浄化の分野を先導する研究となった（津田ら）。大腸菌に近縁の病原細菌であるE. albertii 29株のゲノム配列を決定し、病原遺伝子の網羅的な同定に成功した（林ら）。ゲノム医科学支援では、長年のGWAS解析から痛風の発症リスクに有意な5つの遺伝子領域を見出した（松尾ら）。ゲノム解析技術開発においては、1分子シーケンシング手法、1細胞解析技術の開発整備をさらに進めた。情報解析支援では、開発したソフトウェアの支援への活用を進めるとともに、GMcloser（高精度ギャップ修復、平川ら）、Sharaku（機能性RNA解析、榊原ら）、MOCCS（ChIP-Seqデータから配列モチーフ列挙、岩崎ら）、DomSign（タンパク質の機能予測ツール、黒川ら）、FuncTree（機能的特徴の視覚化、黒川ら）、COSMOS（大規模構造変異検出、瀬々ら）等の開発も進めた。ゲノム支援講習会を開催した。ゲノムELSIユニットでは個人ゲノム解読の倫理問題への実務的支援を引き続き推進した。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] The Gonium pectorale genome demonstrates cooption of cell cycle regulation during the evolution of multicellularity (2016)
  • 著者名/発表者名: Erik R. Hanschen, Tara N. Marriage, Patrick J. Ferris, Takashi Hamaji, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Rafik Neme, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Masahiro Suzuki, Hiroko Kawai-Toyooka, David R. Smith, Halle Sparks, Jaden Anderson, Robert Bakaric, Victor Luria, Amir Karger, Marc Kirschner, et al.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 7 ページ: 11370
  • DOI: 10.1038/ncomms11370
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Ezh2 regulates the Lin28/let-7 pathway to restrict activation of fetal gene signature in adult hematopoietic stem cells. (2016)
  • 著者名/発表者名: Oshima M, Hasegawa N, Mochizuki-Kashio M, Muto T, Miyagi S, Koide S, Yabata S, Wendt G, Saraya A, Wang C, Shimoda K, Suzuki Y, Iwama A.
  • 雑誌名: Exp Hematol 巻: 44(4) ページ: 282-296.e3.
  • DOI: 10.1016/j.exphem.2015.12.009.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Histone H3K36 trimethylation is essential for multiple silencing mechanism in fission yeast. (2016)
  • 著者名/発表者名: Shota Suzuki, Hiroaki Kato, Yutaka Suzuki, Yuji Chikashige, Yasushi Hiraoka, Hiroshi Kimura, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Shinya Takahata and Yota Murakami
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 44 (9) ページ: 4147-4162
  • DOI: 10.1093/nar/gkw008
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] COSMOS: accurate detection of somatic structural variations through asymmetric comparison between tumor and normal samples. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamagata, Koichi; Yamanishi, Ayako; Kokubu, Chikara; Takeda, Junji; Sese, Jun
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 44 (8) ページ: e78
  • DOI: 10.1093/nar/gkw026
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The complete genome sequencing of Prevotella intermedia strain OMA14 and a subsequent finescale, intra-species genomic comparison re an unusual amplification of conjugative and mobile transposons and identify a novel Prevotella-lineage-specific repeat. (2016)
  • 著者名/発表者名: Mariko Naito, Yoshitoshi Ogura, Takehiko Itoh, Mikio Shoji, Masaaki Okamoto, Tetsuya Hayashi, and Koji Nakayama.
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 23 (1) ページ: 11-19
  • DOI: 10.1093/dnares/dsv032
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] HTLV-1 bZIP Factor Impairs Anti-viral Immunity by Inducing Co-inhibitory Molecule, T Cell Immunoglobulin and ITIM Domain (TIGIT)． (2016)
  • 著者名/発表者名: Keiko Yasuma, Jun-ichirou Yasunaga, Keiko Takemoto, Kenji Sugata, Norihiro Takenouchi, Masanori Nakagawa, Yutaka Suzuki, and Masao Matsuoka
  • 雑誌名: PLoS Pathogens 巻: 12(1) ページ: e1005372
  • DOI: 10.1371/journal.ppat.1005372
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The Genomic Basis of Parasitism in the Strongyloides Clade of Nematodes. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hunt, V., Tsai, I. J., Coghlan, A., Reid, A. J., Holroyd, N., Foth, B. J., Tracey, A., Cotton, J. A., Stanley, E. J., Beasley, H., Bennett, H., Brooks, K., Harsha, B., Kajitani, R., Kulkarni, A., Harbecke, D., Nagayasu, E., Nichol, S., Ogura, Y.(19番目), Hayashi, T.(26番目), Itoh, T(27番目)., et al.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 48 ページ: 299-307
  • DOI: 10.1038/ng.3495
  • オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Ethics of stem cell research - learning from human genome ELSI research (2016)
  • 著者名/発表者名: Kazuto Kato.
  • 雑誌名: Proceedings of Uehara Carnegie Oxford Conference 巻: - ページ: 117-124
• [雑誌論文] MOCCS: clarifying DNA-binding motif ambiguity using ChIP-Seq data (2016)
  • 著者名/発表者名: Ozaki H, Iwasaki W
  • 雑誌名: Comput. Biol. Chem. 巻: in press ページ: in press
  • DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2016.01.014
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic and metagenomic analysis of microbes in a soil environment affected by the 2011 Great East Japan Earthquake Tsunami (2016)
  • 著者名/発表者名: Hiraoka S, Machiyama A, Ijichi M, Inoue K, Oshima K, Hattori M, Yoshizawa S, Kogure K, and Iwasaki W
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 17 ページ: 53
  • DOI: 10.1186/s12864-016-2380-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Draft genome sequence of the pathogenic filamentous fungus Aspergillus lentulus IFM 54703T. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kusuya Y, Sakai K, Takahashi H, Yaguchi T
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4 ページ: e01568-15
  • DOI: 10.1128/genomeA.01568-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Oncofetal protein IGF2BP3 facilitates the activity of proto-oncogene protein eIF4E through the destabilization of EIF4E-BP2 mRNA. (2015)
  • 著者名/発表者名: Mizutani R., Imamachi N., Suzuki Y., Yoshida H., Tochigi N., Oonishi T., Suzuki Y., Akimitsu N.
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 2015 Nov 2 ページ: Epub
  • DOI: 10.1038/onc.2015.410
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance. (2015)
  • 著者名/発表者名: Maekawa S., Imamachi N., Irie T., Tani H., Matsumoto K., Mizutani R., Imamura K., Kakeda M., Yada T., Sugano S., Suzuki Y. and Akimitsu N.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 16 ページ: 154
  • DOI: 10.1186/s12864-015-1358-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A Novel Mutation in ELOVL4 Leading to Spinocerebellar Ataxia (SCA) With the Hot Cross Bun Sign but Lacking Erythrokeratodermia: A Broadened Spectrum of SCA34. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kokoro Ozaki , Hiroshi Doi, Jun Mitsui, Nozomu Sato, Yoichiro Iikuni, Takamasa Majima, Kiyomi Yamane, Takashi Irioka, Hiroyuki Ishiura, Koichiro Doi, Shinichi Morishita, Miwa Higashi, Teruhiko Sekiguchi, Kazuo Koyama, Naohisa Ueda, Yoshiharu Miura, Satoko Miyatake, Naomichi Matsumoto, Shoji Tsuji(21番目), et al.
  • 雑誌名: JAMA Neurol. 巻: 72(7) ページ: 797-805
  • DOI: 10.1001/jamaneurol.2015.0610.
  • 査読あり
• [雑誌論文] The tRNA Splicing Endonuclease Complex Cleaves the Mitochondria-localized CBP1 mRNA. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tsuboi, T., Yamazaki, R., Nobuta, R., Ikecuhi, K., Makino, S., Ohtaki, Y., Suzuki, Y., Yoshihisa, T., Trotta, C. and Inada, T.
  • 雑誌名: J Biol. Chem. 巻: 290 ページ: 16021-16030
  • DOI: 10.1074/jbc.M114.634592
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] New Susceptibility Gene, IKZF1, for Cold Medicine-Related Stevens-Johnson Syndrome/Toxic Epidermal Necrolysis with Severe Mucosal Involvements. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, Sawai H, Sotozono C, Hitomi Y, Kaniwa N, Kim MK, Seo KY, Yoon KC, Joo CK, Kannabiran C, Wakamatsu TH, Sangwan V, Rathi V, Basu S, Ozeki T, Mushiroda T, Sugiyama E, Maekawa K, Nakamura R, Aihara M, Matsunaga K, Sekine A, Gomes JAP, Hamuro J, Saito Y, Kubo M, Kinoshita S, Tokunaga K
  • 雑誌名: J Allergy Clin Immunol. 巻: 135(6) ページ: 1538-1545.e17.
  • DOI: 10.1016/j.jaci.2014.12.1916.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Domestication and cereal feeding developed domestic pig-type intestinal microbiota in animals of suidae. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ushida K, Tsuchida S, Ogura Y, Toyoda A, Maruyama F.
  • 雑誌名: Anim Sci J. 巻: Aug 27 ページ: 12492
  • DOI: 10.1111/asj.12492
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Lactobacillus gorillae strain KZ01T, isolated from a western lowland gorilla. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tsuchida S, Nezuo M, Tsukahara M, Ogura Y, Hayashi T, Ushida K.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: Oct 15;3(5) ページ: e01196-15
  • DOI: 10.1128/genomeA.01196-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Comparative genome and transcriptome analyses of the social amoeba Acytostelium subglobosum that accomplishes multicellular development without germ-soma differentiation. (2015)
  • 著者名/発表者名: Urushihara H, Kuwayama H, Fukuhara K, Itoh T, Kagoshima H, Shin-I T, Toyoda A, Ohishi K, Taniguchi T, Noguchi H, Kuroki Y, Hata T, Uchi K, Mohri K, King JS, Insall RH, Kohara Y, Fujiyama A.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 16 ページ: 80
  • DOI: 10.1186/s12864-015-1278-x.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Dynamic transition of transcription and chromatin landscape during fission yeast adaptation to glucose starvation. (2015)
  • 著者名/発表者名: Oda A., Takemata N., Hirata Y., Miyoshi T., Suzuki Y., Sugano S., Ohta K.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 20 ページ: 392-407
  • DOI: 10.1111/gtc.12229
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Genome analysis of a novel Bradyrhizobium sp. DOA9 carrying a symbiotic plasmid. (2015)
  • 著者名/発表者名: Okazaki S, Noisangiam R, Okubo T, Kaneko T, Oshima K, Hattori M, Teamtisong K, Songwattana P, Tittabutr P, Boonkerd N, Saeki K, Sato S, Uchiumi T, Minamisawa K, *Teaumroong N.
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 10(2) ページ: e0117392
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0117392
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Spatial Interplay between Polycomb and Trithorax Complexes Controls Transcriptional Activity in T Lymphocytes. (2015)
  • 著者名/発表者名: Onodera A, Tumes DJ, Watanabe Y, Hirahara K, Kaneda A, Sugiyama F, Suzuki Y, Nakayama T.
  • 雑誌名: Mol Cell Biol. 巻: 35(22) ページ: 3841-53
  • DOI: 10.1128/MCB.00677-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Tepidicaulis marinum gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium denitrifying nitrate to nitrous oxide strictly under microaerobic conditions. (2015)
  • 著者名/発表者名: Takeuchi M., Yamagishi T., Kamagata Y., Oshima K., Hattori M., Katayama T., Hanada S., Tamaki H., Marumo K., Maeda H., Nedachi M., Iwasaki W., Suwa Y., Sakata S.
  • 雑誌名: Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 巻: 65 ページ: 1749-1754
  • DOI: 10.1099/ijs.0.000167
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA-seq transcriptional profiling of an arbuscular mycorrhiza provides insights into regulated and coordinated gene expression in Lotus japonicus and Rhizophagus irregularis. (2015)
  • 著者名/発表者名: Handa, Y., Nishide, H., Takeda, N., Suzuki, Y., Kawaguchi, M., Saito, K.
  • 雑誌名: Plant and Cell Physiology 巻: 56 ページ: 1490-1511
  • DOI: 10.1093/pcp/pcv07
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mapping the genetic diversity of HLA haplotypes in the Japanese populations. (2015)
  • 著者名/発表者名: Saw, W.Y., X. Liu, C.C. Khor, F. Takeuchi, T. Katsuya, R. Kimura, T. Nabika, T. Ohkubo, Y. Tabara, K. Yamamoto, M. Yokota, Japanese Genome Variation Consortium, Y.Y. Teo, and N. Kato
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 ページ: 17855
  • DOI: 10.1038/srep17855.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] From the laboratory to the field: assaying histone methylation at FLOWERING LOCUS C in naturally growing Arabidopsis halleri. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nishio H, Buzas DM, Nagano AJ, Suzuki Y, Sugano S, Ito M, Morinaga S, Kudoh H.
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 2016 May 2 ページ: Epub
  • DOI: 10.1266/ggs.15-00071
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Novel mitochondria-targeted heat-soluble proteins identified in the anhydrobiotic tardigrade improve osmotic tolerance of human cells. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, S., Tanaka, J., Miwa, Y., Horikawa, D., D., Katayama, T., Arakawa, K., Toyoda, A., Kubo, T., and, Kunieda, T.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 10 ページ: e0118272
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0118272
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Resequencing of the common marmoset genome improves genome assemblies and gene-coding sequence analysis (2015)
  • 著者名/発表者名: Sato K, Kuroki Y, Kumita W, Fujiyama A, Toyoda A, Kawai J, Iriki A, Sasaki E, Okano H, Sakakibara Y.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 ページ: 16894
  • DOI: 10.1038/srep16894
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification of a gene cluster responsible for hydrogen evolution in Vibrio tritonius strain AM2 with transcriptional analyses. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuta Matsumura, Hidayu Al-saari, Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Fumito Maruyama, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Ken Kurokawa, Toko Sawabe, Tomoo Sawabe.
  • 雑誌名: Int. J. Hydrogen Energy 巻: 40 ページ: 9137-9146
  • 査読あり
• [雑誌論文] Regnase-1 and Roquin Regulate a Common Element in Inflammatory mRNAs by Spatiotemporally Distinct Mechanisms. (2015)
  • 著者名/発表者名: Mino T, Murakawa Y, Fukao A, Vandenbon A, Wessels HH, Ori D, Uehata T, Tartey S, Akira S, Suzuki Y, Vinuesa CG, Ohler U, Standley DM, Landthaler M, Fujiwara T, Takeuchi O.
  • 雑誌名: Cell 巻: 161 ページ: 1058-73
  • DOI: 10.1016/j.cell.2015.04.029.
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Next-generation sequencing of 28 ALS-related genes in a Japanese ALS cohort. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakamura R, Sone J, Atsuta N, Tohnai G, Watanabe H, Yokoi D, Nakatochi M, Watanabe H, Ito M, Senda J, Katsuno M, Tanaka F, Li Y, Izumi Y, Morita M, Taniguchi A, Kano O, Oda M, Kuwabara S, Abe K, Aiba I, Okamoto K, Mizoguchi K, Hasegawa K, Aoki M, Hattori N, Tsuji S, Nakashima K, Kaji R, Sobue G
  • 雑誌名: Neurobiol Aging 巻: 2015 Dec 7 ページ: Epub
  • DOI: 10.1016/j.neurobiolaging.2015.11.030.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Methylobacterium aquaticum strain 22A, isolated from Racomitrium japonicum moss. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tani A, Ogura Y, Hayashi T, Kimbara K
  • 雑誌名: Genome Announc 巻: 3 ページ: e00266-15
  • DOI: 10.1128/genomeA.00266-15.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Variants associated with Gaucher disease in multiple system atrophy. (2015)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J, Matsukawa T, Sasaki H, Yabe I, Matsushima M, Durr A, Brice A, Takashima H, Kikuchi A, Aoki M, Ishiura H, Yasuda T, Date H, Ahsan B, Iwata A, Goto J, Ichikawa Y, Nakahara Y, Momose Y, Takahashi Y, Hara K, Kakita A, Yamada M, Takahashi H, Onodera O, Nishizawa M, Tsuji S(71番目), et al.
  • 雑誌名: Ann Clin Transl Neurol. 巻: 2 ページ: 417-426
  • DOI: 10.1002/acn3.185
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 ページ: e00782-15
  • DOI: 10.1128/genomeA.00782-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 22 ページ: 413-424
  • DOI: 10.1093/dnares/dsv023
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Draft genome sequence of the archiascomycetous yeast Saitoella complicata. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamauchi K, Kondo S, Hamamoto M, Takahashi Y, Ogura Y, Hayashi T, Nishida H
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 ページ: e00220-15
  • DOI: 10.1128/genomeA.00220-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Defining the genome features of Escherichia albertii, an emerging enteropathogen closely related to Escherichia coli. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tadasuke Ooka, Yoshitoshi Ogura, Keisuke Katsura, Kazuko Seto, Hideki Kobayashi, Kimiko Kawano, Eisuke Tokuoka, Masato Furukawa, Seiya Harada, Shuji Yoshino, Junji Seto, Tetsuya Ikeda, Keiji Yamaguchi, Kazunori Murase, Yasuhiro Gotoh, Naoko Imuta, Junichiro Nishi, Tania A. Gomes,Lothar Beutin, and Tetsuya Hayashi
  • 雑誌名: Genome Biol Evol 巻: 7(12) ページ: 3170-3179
  • DOI: 10.1093/gbe/evv211
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Ecophysiology of Thioploca ingrica as revealed by the complete genome sequence supplemented with proteomic evidence. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hisaya Kojima, Yoshitoshi Ogura, Nozomi Yamamoto, Tomoaki Togashi, Hiroshi Mori, Tomohiro Watanabe, Fumiko Nemoto, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi and Manabu Fukui
  • 雑誌名: The ISME Journal 巻: 9 ページ: 1166-1176
  • DOI: 10.1038/ismej.2014.209
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A genetic mechanism for female-limited Batsian mimicry in Pupilio butterfly. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa H., Iijima T., Kajitani R., Yamaguchi J., Ando T., Suzuki Y., Sugano S., Fujiyama A., Kosugi S., Hirakawa H., Tabata S., Ozaki K., Morimoto H., Ihara, K. Obara M., Hori H., Itoh T. and Fujiwara H.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 47 ページ: 405-409
  • DOI: 10.1038/ng.3241
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Genome-wide association study of clinically defined gout identifies multiple risk loci and its association with clinical subtypes. (2015)
  • 著者名/発表者名: H. Matsuo, K. Yamamoto, H. Nakaoka, A. Nakayama, M. Sakiyama, T. Chiba, A. Takahashi, T. Nakamura, H. Nakashima, Y. Takada, I. Danjoh, S. Shimizu, J. Abe, Y. Kawamura, S. Terashige, H. Ogata, S. Tatsukawa, G. Yin, R. Okada, E. Morita, M. Naito, A. Tokumasu, H. Onoue, K. Iwaya, I. Inoue(35番目), et al.
  • 雑誌名: Ann. Rheum. Dis. 巻: 72 ページ: 652-659
  • DOI: 10.1136/annrheumdis-2014-206191
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Aggregation of rare/low-frequency variants of the mitochondria respiratory chain-related proteins in rheumatoid arthritis patients. (2015)
  • 著者名/発表者名: Mitsunaga S, Hosomichi K, Okudaira Y, Nakaoka H, Suzuki Y, Kuwana M, Sato S, Kaneko Y, Homma Y, Oka A, Shiina T, Inoko H, Inoue I.
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 60 ページ: 449-454
  • DOI: 10.1038/jhg.2015.50
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Germline mutation rates and the long-term phenotypic effects of mutation accumulation in wild-type laboratory mice and mutator mice (2015)
  • 著者名/発表者名: Arikuni Uchimura, Mayumi Higuchi, Yohei Minakuchi, Mizuki Ohno, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Ikuo Miura, Shigeharu Wakana, Jo Nishino, Takeshi Yagi
  • 雑誌名: Genome Research 巻: 25 ページ: 1125-1134
  • DOI: 10.1101/gr.186148.114
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• [雑誌論文] How should the legal framework for the protection of human genomic data be formulated?―Implications from the revision processes of the Act on the Protection of Personal Information (PPI Act). (2015)
  • 著者名/発表者名: Natsuko Yamamoto, Minae Kawashima, Takanori Fujita, Masatomo Suzuki and Kazuto Kato.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 60 ページ: 225-226
  • DOI: 10.1038/jhg.2014.121
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• [雑誌論文] Epigenome-wide association study suggests that SNPs in the promoter region of RETN influence plasma resistin level via effects on DNA methylation at neighboring sites. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakatochi M, Ichihara S, Yamamoto K, Ohnaka K, Kato Y, Yokota S, Hirashiki A, Naruse K, Asano H, Izawa H, Matsubara T, Yokota M
  • 雑誌名: Diabetologia 巻: 58 ページ: 2781-2790
  • DOI: 10.1007/s00125-015-3763-9
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• [雑誌論文] Trans-ancestry genome-wide association study identifies 12 genetic loci influencing blood pressure and implicates a role for DNA methylation. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato N, Loh M, Takeuchi F, Verweij N, Wang X, Zhang W, Kelly TN, Saleheen D, Lehne B, Leach IM, Drong AW, Abbott J, Wahl S, Tan ST, Scott WR, Campanella G, Chadeau-Hyam M, Afzal U, Ahluwalia TS, Bonder MJ, Chen P, Dehghan A, Edwards TL, Esko T, Go MJ, Harris SE, Hartiala J, Yamamoto K(63番目), et al.
  • 雑誌名: Nat Genet 巻: 47 ページ: 1282-1293
  • DOI: 10.1038/ng.3405
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• [雑誌論文] Submicroscopic deletions at 13q32.1 cause congenital microcoria. (2015)
  • 著者名/発表者名: Fares-Taie L, Gerber S, Tawara A, Ramirez-Miranda A, Douet JY, Verdin H, Guilloux A, Zenteno JC, Kondo H, Moisset H, Passet B, Yamamoto K, Iwai M, Tanaka T, Nakamura Y, et al.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet. 巻: 96 ページ: 631-639
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2015.01.014
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• [雑誌論文] Meta-analysis of genome-wide association studies of adult height in East Asians identifies 17 novel loci. (2015)
  • 著者名/発表者名: He M, Xu M, Zhang B, Liang J, Chen P, Lee JY, Johnson TA, Li H, Yang X, Dai J, Liang L, Gui L, Qi Q, Huang J, Li Y, Adair LS, Aung T, Cai Q, Cheng CY, Cho MC, Cho YS, Chu M, Cui B, Gao YT, Go MJ, Gu D, Gu W, Guo H, Hao Y, Hong J, Hu Z, Hu Y, Huang J, Hwang JY, Ikram MK, Yamamoto K(67番目), et al.
  • 雑誌名: Hum Mol Genet. 巻: 24 ページ: 1791-1800
  • DOI: 10.1093/hmg/ddu583
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• [雑誌論文] DomSign: a top-down annotation pipeline to enlarge enzyme space in the protein universe. (2015)
  • 著者名/発表者名: Wang T, Mori H, Zhang C, Kurokawa K, Xing XH, Yamada T
  • 雑誌名: BMC Bioinfo. 巻: 16 ページ: 96
  • DOI: 10.1186/s12859-015-0499-y
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• [雑誌論文] FuncTree: Functional analysis and visualization for large-scale omics data. (2015)
  • 著者名/発表者名: Uchiyama T, Irie M, Mori H, Kurokawa K, Yamada T
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 10(5) ページ: e0126967
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0126967
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• [雑誌論文] The naming of names: guidelines for gene nomenclature in Marchantia. (2015)
  • 著者名/発表者名: Bowman JL, Araki T, Arteaga-Vazquez MA, Berger F, Dolan L, Haseloff J, Ishizaki K, Kyozuka J, Lin SS, Nagasaki H, Nakagami H, Nakajima K, Nakamura Y, Ohashi-Ito K, Sawa S, Shimamura M, Solano R, Tsukaya H, Ueda T, Watanabe Y, Yamato KT, Zachgo S, Kohchi T.
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 巻: pcv193 ページ: pcv193
  • DOI: 10.1093/pcp/pcv19
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• [雑誌論文] DNA data bank of Japan (DDBJ) progress report. (2015)
  • 著者名/発表者名: Mashima J, Kodama Y, Kosuge T, Fujisawa T, Katayama T, Nagasaki H, Okuda Y, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Nakamura Y, Takagi T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: gkv1105 ページ: gkv1105
  • DOI: 10.1093/nar/gkv1105
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] GMcloser: closing gaps in assemblies accurately with a likelihood-based selection of contig or long-read alignments. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kosugi S, Hirakawa H, Tabata S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 31(23) ページ: 3733-41
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btv465
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• [雑誌論文] Somatic primary piRNA biogenesis driven by cis-acting RNA elements and trans-acting Yb (2015)
  • 著者名/発表者名: Ishizu H, Iwasaki YW, Hirakata S, Ozaki H, Iwasaki W, Siomi H, Siomi MC
  • 雑誌名: Cell Rep. 巻: 12 ページ: 429-40
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2015.06.035
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• [雑誌論文] MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes (2015)
  • 著者名/発表者名: Miya M, Sato Y, Fukunaga T, Sado T, Poulsen JY, Sato K, Minamoto T, Yamamoto S, Yamanaka H, Araki H, Kondoh M, Iwasaki W
  • 雑誌名: Roy. Soc. Open Sci. 巻: 2 ページ: 150088
  • DOI: 10.1098/rsos.150088
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• [雑誌論文] Selection of orthologous genes for construction of a highly resolved phylogenetic tree and clarification of the phylogeny of Trichosporonales species (2015)
  • 著者名/発表者名: Takashima M, Manabe R, Iwasaki W, Ohyama A, Ohkuma M, Sugita T
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 10 ページ: e0131217
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0131217
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• [雑誌論文] Associations between nucleosome phasing, sequence asymmetry, and tissue-specific expression in a set of inbred Medaka species. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakatani Y, Mello CC, Hashimoto S, Shimada A, Nakamura R, Tsukahara T, Qu W, Yoshimura J, Suzuki Y, Sugano S, Takeda H, Fire A, Morishita S.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 16(1) ページ: 978
  • DOI: 10.1186/s12864-015-2198-5
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• [雑誌論文] A linear time algorithm for detecting long genomic regions enriched with a specific combination of epigenetic states. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ichikawa, K., Morishita, S.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 16 ページ: S8
  • DOI: 10.1186/1471-2164-16-S2-S8
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• [雑誌論文] Clinicopathological features of the first Asian family having vocal cord and pharyngeal weakness with distal myopathy due to a MATR3 mutation. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamashita S, Mori A, Nishida Y, Kurisaki R, Tawara N, Nishikami T, Misumi Y, Ueyama H, Imamura S, Higuchi Y, Hashiguchi A, Higuchi I, Morishita S, Yoshimura J, Uchino M, Takashima H, Tsuji S, Ando Y.
  • 雑誌名: Neuropathology and Applied Neurobiology 巻: 41(3) ページ: 391-398
  • DOI: 10.1111/nan.12179
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• [雑誌論文] Bioinformatics tools for lncRNA research. (2015)
  • 著者名/発表者名: Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Biochimica et biophysica acta (BBA) Gene Regulatory Mechanisms 巻: 1859(1) ページ: 23-30
  • DOI: 10.1016/j.bbagrm.2015.07.014
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• [雑誌論文] Hybrid De Novo Genome Assembly Using MiSeq and SOLiD Short Read Data. (2015)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Ikegami, Toyohiro Inatsugi, Isao Kojima, Myco Umemura, Hiroko Hagiwara, Masayuki Machida, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 10(4) ページ: e0126289
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0126289
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• [雑誌論文] Learning chromatin states with factorized information criteria. (2015)
  • 著者名/発表者名: Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Ryohei Fujimaki, Kiyoshi Asai
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 31(15) ページ: 2426-2433
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btv163
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A semi-supervised learning approach for RNA secondary structure prediction. (2015)
  • 著者名/発表者名: Haruka Yonemoto, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada
  • 雑誌名: Computational biology and chemistry 巻: 57 ページ: 72-79
  • DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2015.02.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] Visualizing translocation dynamics and nascent transcript errors in paused RNA polymerases in vivo. (2015)
  • 著者名/発表者名: Imashimizu M, Takahashi H, Oshima T, McIntosh C, Bubunenko M, Court DL, Kashlev M
  • 雑誌名: Genome Biol. 巻: 16(1) ページ: 98
  • DOI: 10.1186/s13059-015-0666-5
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Draft genome sequence of the pathogenic filamentous fungus Aspergillus udagawae strain IFM 46973T (2015)
  • 著者名/発表者名: Kusuya Y, Takahashi-Nakaguchi A, Takahashi H, Yaguchi T
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 3(4) ページ: e00834-15
  • DOI: 10.1128/genomeA.00834-15
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] High-speed Westfall-Young permutation procedure for genome-wide association studies. (2015)
  • 著者名/発表者名: Terada A, Kim H, Sese J.
  • 雑誌名: In Proc. of ACM BCB 2015. 巻: 1 ページ: 17-26
  • DOI: 10.1145/2808719.2808721
  • 査読あり
• [学会発表] Enhancer landscape dynamics and the role of IRF8 in mononuclear phagocyte development. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kurotaki D, Nakabayashi J, Nishiyama A, Sasaki H, Kaneko N, Koizumi S, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T
  • 学会等名: 55th American Society of Hematology Annual Meeting and Exposition
  • 発表場所: Orlando, USA
  • 年月日: 2015-12-06 – 2015-12-06
• [学会発表] R-Spondin1 promotes Paneth cell growth, maintains intestinal microbial ecology, and ameliorates graft-versus-host disease (2015)
  • 著者名/発表者名: Hayase E, Hashimoto D, Nakamura K, Ogura Y, Hayashi T, Kurokawa K, Ayabe T, and Teshima T.
  • 学会等名: 57th ASH Annual Meeting
  • 発表場所: Orlando, FL, USA
  • 年月日: 2015-12-06 – 2015-12-06
• [学会発表] The identification of pistil-specific genes by global transcriptome analyses in tomato (Solanum lycopersicum). (2015)
  • 著者名/発表者名: Ezura K, Ji-Seong K, Mori K, Kuhara S, Suzuki Y, Ariizumi T and Ezura H.
  • 学会等名: The 12th Solanaceae Conference
  • 発表場所: Bordeaux, France
  • 年月日: 2015-10-25 – 2015-10-29
• [学会発表] LAMPLINK: An additional function for PLINK to detect statistically significant genetic interactions (2015)
  • 著者名/発表者名: Terada A, Tsuda K, Sese J
  • 学会等名: American Society of Human Genetics
  • 発表場所: 米国ボルチモア
  • 年月日: 2015-10-06 – 2015-10-10
• [学会発表] A novel causative gene for permanent tooth agenesis. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi T, Hosomichim K, Kim YI, Yano K, Haga S, Katayama K, Park SB, Inoue I, Maki K.
  • 学会等名: 8th International Orthodontic Congress
  • 発表場所: London, UK
  • 年月日: 2015-09-27 – 2015-09-30
  • 国際学会
• [学会発表] A highly resolved phylogenetic tree of Trichosporonales species based on multiple gene sequence analysis. (2015)
  • 著者名/発表者名: Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Wataru Iwasaki, Akira Ohyama, Moriya Ohkuma, and Takashi Sugita.
  • 学会等名: 32nd International Specialized Symposium on Yeasts
  • 発表場所: Hotel Gio Centro Congressi, Perugia, Italy
  • 年月日: 2015-09-13 – 2015-09-17
  • 国際学会
• [学会発表] The CpMinus1 gene, specifically localized on the mating-type minus genome, is responsible for the sex determination of heterothallic Closterium peracerosum-strigosum-littorale complex (2015)
  • 著者名/発表者名: Komiya, A., Abe, J., Kawai, J., Suzuki, Y., Ootsuki, R., Tsuchikane, Y., Nishiyama, T., Sekimoto, H.
  • 学会等名: 6th European Phycological Congress
  • 発表場所: London, England
  • 年月日: 2015-08-25 – 2015-08-25
• [学会発表] Adaptive evolution and ever metamorphosing DNA methylation systems (2015)
  • 著者名/発表者名: Hirokazu Yano, Yoshikazu Furuta, Zobaidul M. Alam, Emiko Rimbara, Hiroe Namba-Fukuyo, Tomoko Shibata, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Mitsuyasu Hasebe, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keigo Shibayama, Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: 7th NEB Meeting on DNA Restriction and Modification
  • 発表場所: グダンスク、ポーランド
  • 年月日: 2015-08-24 – 2015-08-29
• [学会発表] MiFish, a set of universal primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: Detection of >230 species from aquarium tanks and coral reefs in the subtropical western North Pacific. (2015)
  • 著者名/発表者名: Masaki Miya, Yukuto Sato, Tsukasa Fukunaga, Tetsuya Sado, Jan Yde Poulsen, Keiichi Sato, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Hiroki Yamanaka, Hitoshi Araki, Michio Kondoh, and Wataru Iwasaki.
  • 学会等名: 6th International Barcode of Life Conference
  • 発表場所: University of Guelph, Canada
  • 年月日: 2015-08-19 – 2015-08-19
  • 国際学会
• [学会発表] Network of DNA methyltransferase behind the adaptive phenotype in Helicobacteri pylori. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hirokazu Yano, Zobaidul M. Alam, Emiko Rimbara, Yoshikazu Furuta, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keigo Shibayama, Ichizo Kobayashi
  • 学会等名: Gordon Research Conference, Microbial Population Biology
  • 発表場所: Andover, NH, USA
  • 年月日: 2015-07-19 – 2015-07-24
• [学会発表] Genetic analysis of natural variations for cold habituation in C. elegans (2015)
  • 著者名/発表者名: Misaki Okahata, Akane Ohta, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Atsushi Kuhara
  • 学会等名: 20th C. elegans International meeting
  • 発表場所: Los Angels, USA
  • 年月日: 2015-06-24 – 2015-06-28
  • 国際学会
• [学会発表] The mechanisms of Copper acquisition and detoxification in Aspergillus fumigatus. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kusuya Y, Kurokawa K, Takahashi H.
  • 学会等名: ISHAM 2015
  • 発表場所: Melbourne, Australia
  • 年月日: 2015-05-04 – 2015-05-08
  • 国際学会
• [学会発表] Methylome analysis of the 14q32.2 imprinted region in patients with imprinting defects on human chromosome 14. (2015)
  • 著者名/発表者名: Masayo Kagami, Takahide Hayano, Kazuyoshi Hosomichi, Kazuhiko Nakabayashi, Maki Fukami, Tsutomu Ogata, Ituro Inoue.
  • 学会等名: 2nd EUROPEAN IMPRINTING DISORDER SCHOOL COST Action BM1208
  • 発表場所: Paris, France
  • 年月日: 2015-05-04 – 2015-05-04
• [学会発表] Visualizing translocation dynamics and nascent 1 transcript errors in paused RNA polymerases in vivo. (2015)
  • 著者名/発表者名: Imashimizu M, Takahashi H, Oshima T, McIntosh C, Bubunenko M, Court DL, Kashlev M.
  • 学会等名: NCI Symposium on Chromosome Biology
  • 発表場所: Bethesda, USA
  • 年月日: 2015-04-16 – 2015-04-17
• [図書] 微生物統合データベースによる微生物と環境の研究への貢献, 難培養微生物研究の最新技術 III―微生物の生き様に迫り課題解決へ― (2015)
  • 著者名/発表者名: 森宙史、東光一、山田拓司、黒川顕
  • 総ページ数: 216(10-19)
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] 次世代シーケンサー活用術「１分子シーケンサーを用いた非モデル生物の de novo ゲノム解読」 (2015)
  • 著者名/発表者名: 柴田朋子、笠原雅弘、重信秀治、西山智明、長谷部光泰
  • 総ページ数: 212(115-126)
  • 出版者: 化学同人
• [図書] 生命情報処理における機械学習～多重検定と推定量設計～ (2015)
  • 著者名/発表者名: 瀬々潤、浜田道昭
  • 総ページ数: 192
  • 出版者: 講談社サイエンティフィック
• [備考] 領域ホームページ
  • URL: http://www.genome-sci.jp/old2010-2015/
• [備考] シーラカンスゲノム公開サーバ
  • URL: http://coelacanth.nig.ac.jp
• [備考] アフリカツメガエルゲノム公開サーバ
  • URL: http://xenopus.lab.nig.ac.jp
• [備考] カイコゲノムフィニッシング公開サーバ
  • URL: http://kaiko.nig.ac.jp/