核移行・核外移行に関わるシグナル配列の高精度統合予測システムの開発と利用

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 22510217
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 公益財団法人かずさＤＮＡ研究所 (2011-2013); 財団法人岩生物工学研究センター (2010)
• 研究代表者: 小杉 俊一 公益財団法人かずさＤＮＡ研究所, 植物ゲノム研究部, プロジェクト研究員 (30365457)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2013-03-31
• キーワード: ゲノム / プロテオーム / バイオインフォマティクス / 解析技術 / 核移行シグナル / 核外移行シグナル / モチーフ / 予測

研究概要

本研究では、核移行シグナル予測ツールの植物対応版（cNLS Mapper II）の開発、および核外移行シグナル予測ツール（NESmapper）の開発を行った。NES予測ツールの開発では、4つのNESクラスについて作成したNES活性プロファイルを基にNESmapperを開発した。テストデータを用いたNES予測テストでは、ネガティブデータからのNES予測を10%以下に抑え、ポジティブデータの8割以上を予測することに成功した。開発したNES予測プログラムの予測精度は、既存のNES予測ツールの予測精度を上回るものであり、最も有用なNES予測ツールとして提供できることが期待される。

研究成果

• [雑誌論文] Sequence Analysis of the Genome of Carnation (Dianthus caryophyllus L.) (2013)
  • 著者名/発表者名: Masafumi Yagi, Shunichi Kosugi, Hideki Hirakawa et al.(他24名)
  • 雑誌名: DNA Research 巻: (Epub ahead of print)
  • DOI: 10.1093/dnares/dst053
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2013)
  • 著者名/発表者名: Shunichi Kosugi, Satoshi Natsume, Kentaro Yoshida, Daniel MacLean, Liliana Cano, Sophien Kamoun, and Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: e75402
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0075402
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2013)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Takagi, Akira Abe, Kentaro Yoshida, Shunichi Kosugi, Satoshi Natsume, Chikako Mitsuoka, Aiko Uemura, Hiroe Utsushi, Muluneh Tamiru, Shohei Takuno, Hideki Innan, Liliana M. Cano, Sophien Kamoun, and Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: Plant Journal 巻: 74 ページ: 174-183
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0083720
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2013)
  • 著者名/発表者名: Rym Fekih, Hiroki Takagi, Muluneh Tamiru, Akira Abe, Satoshi Natsume, Hiroko Yaegashi, Shailendra Sharma, Shiveta Sharma, Hiroyuki Kanzaki, Hideo Matsumura, Hiromasa Saito, Chikako Mitsuoka, Hiroe Utsushi, Aiko Uemura, Eiko Kanzaki, Shunichi Kosugi, Kentaro Yoshida, Liliana Cano, Sophien Kamoun, and Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: e68529
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0068529
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2013)
  • 著者名/発表者名: Jeffrey A. Fawcett, Tomoyuki Kado, Eriko Sasaki, Shohei Takuno, Kentaro Yoshida, Ryuichi P. Sugino, Shunichi Kosugi, Satoshi Natsume, Chikako Mitsuoka, Aiko Uemura, Hiroki Takagi, Akira Abe, Takashige Ishii, Rhohei Terauchi, and Hideki Innan
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 ページ: e83720
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0083720
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2012)
  • 著者名/発表者名: Akira Abe, Shunichi Kosugi, Kentaro Yoshida, Satoshi Natsume, Hiroki Takagi, Hiroyuki Kanzaki, Hideo Matsumura, Kakoto Yoshida, Chikako Mitsuoka, Muluneh Tamiru, Hideki Innan, Liliana Cano, Sophien Kamoun, and Ryohei Terauchi
  • 雑誌名: Nature Biotechnology 巻: 30 ページ: 174-178
  • DOI: 10.1038/nbt.2095
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2012)
  • 著者名/発表者名: Kosuke Okazaki1, Naomi Nakayama, Yuko Nariai, Hiroaki Kato, Kentaro Nakayama, Kohji Miyazaki, Riruke Maruyama, Shunichi Kosugi, Takeshi Urano, and Gyosuke Sakashita
  • 雑誌名: Carcinogenesis 巻: 33 ページ: 1854-1862
  • DOI: 10.1093/carcin/bgs193
  • 査読あり
• [雑誌論文] タンパク質モチーフ活性の予測とシグナル伝達解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小杉俊一、柳川弘志
  • 雑誌名: 生化学 巻: 82 ページ: 37-40
  • URL: http://www.jbsoc.or.jp/back_no/82-7
  • 査読あり
• [学会発表] Coval : Improving alignment quality and variant calling accuracy for next-generation sequencing data (2013)
  • 著者名/発表者名: 小杉俊一
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会2013年年会
  • 発表場所: タワーホール船堀
  • 年月日: 20131029-31
• [学会発表] ゲノムアセンブリのギャップを高精度で埋めるツールGMcloserの開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小杉俊一、平川英樹、田畑哲之
  • 学会等名: NGS現場の会第3回研究会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
  • 年月日: 20130904-05