| 研究課題/領域番号 |
22K08100
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
中島 康弘 京都大学, 医学研究科, 特定講師 (20565585)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| キーワード | 遺伝的素因 / 分子生物学 / ゲノム医学 / 変異体スクリーニング |
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| 研究実績の概要 |
2022年度は、解析系構築のための分子生物学実験を行い、網羅的in vitro変異体スクリーニング解析の基礎的なプロトコールおよび解析プログラムの確立ができた。一塩基変異の網羅的導入の実験条件の検討および確定を行い、変異体ベクターライブラリーを作成し、パイロットスタディとして、ライブラリーにより変異体を導入した培養細胞アッセイ系からサンプル採取を行い解析した。また、次世代シークエンスを用いた変異率検討の実験条件検討、同サンプルでのパイロット解析、複数サンプルでの再現性検討、配列データ解析手法の構築・改良を行った。一塩基変異体ベクターライブラリー作成、変異率解析、再現性、配列データ解析の各ステップともに良好な結果であり、本手法による変異体機能評価が可能と考えられた。本手法を用いることで、対象遺伝子の多種の変異体を導入した各種細胞アッセイ系での変異体率の変化の検討が可能であり、各変異の機能異常の程度についてin vitroでの評価をハイスループットに行うことが可能となり、対象遺伝子における一塩基変異の機能的影響を体系的網羅的に検討することが可能と考えられ、現状においてその基本的な解析が可能となった。今後、確定データのための細胞アッセイおよびデータ解析を行い、つづいて本手法で同定される病的変異の機能異常の個別的検証確認へと進める。また、プロトコールおよび解析プログラムについて改良をさらに進める。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
実験条件検討および予備的解析を複数回行い、実験条件設定および動作確認、網羅的変異体サンプルを用いたパイロット解析および複数検体での再現性確認、データ解析プログラムの構築を行い、十分な変異導入効率条件および変異解析能が得られた。良好な解析が可能であることが確認され、今後確定データの取得を目指し、複数の遺伝子や細胞アッセイ系でのサンプル採取および解析へと進める状況となった。このため、おおむね順調な進展と判断した。
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| 今後の研究の推進方策 |
複数の遺伝子および複数の細胞アッセイ系でデータの検討・解析を行い、新規の病的変異を分子生物学的に同定するとともに、同変異の機能異常についてin vitro、in vivoでの検証的確認を行って、本手法の有用性を確認する。さらに病的変異が来たす異常病態とそのメカニズムについても検討する。また、プロトコールおよび解析プログラムの改良をさらに進める。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本年度は実験条件の検討が比較的順調に進んだこと、また受託解析の量も予想より絞れたことから、予定使用額から差額が生じた。それらの次年度使用額については、研究計画で予定されている実験への使用や、他に、より多くの遺伝子や領域、細胞アッセイに本手法を適用するための解析に対しての使用など、本研究の進展・成果に帰すると考えられる実験の費用に対し効果的に使用する。
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