Ｔ４ファージ尾部基盤中心部の構造と分子集合

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23570190
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 有坂 文雄 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (80133768)
• 研究分担者: 金丸 周司 東京大学, 大学院生命理工学研究科, 助教 (50376951)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• キーワード: バクテリオファージ / 分子集合 / 立体構造 / 蛋白質間相互作用 / 感染機構 / 溶菌 / 溶菌阻止 / 尾繊維

研究概要

１．尾管イニシエーターgp48のN末端にSlyDを付加した融合蛋白質を発現・精製し、結晶化に成功した。２．T2類縁ファージPPO1の尾繊維を構成するgp37のC末端ドメインとgp38を共発現し、3:1のヘテロ四量体を得、結晶化した。また、C末端ドメインが自己のプロテアーゼ活性によって切断されることが示された。３．溶菌に関わるﾎｰﾘﾝ（gp t）の可溶性C末端ドメインとrapid lysisに関与するgp rI との複合体の結晶化と構造決定に成功し、gp rI の溶菌阻止において果たす役割を解明する手がかりを得た。

研究成果

• [雑誌論文] Crystal structure of YidC reveals a membrane protein insertion mechanism (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Kumazaki, S. Chiba, M. Takemoto, A. Furukawa, K. Nishiyama, Y. Sugano, T. Mori, N. Dohmae, K. Hirata, Y. Nakada-Nakura, A.D. Maturana, Y. Tanaka, H. Mori, Y. Sugita, F. Arisaka, K. Ito, R. Ishitani, T. Tsukazaki and O. Nureki.
  • 雑誌名: Nature 巻: 509 (7501) ページ: 516-20
  • DOI: 10.1038/nature13167
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role of positions e and g in the fibrous assembly formation of an amphipathicα-helix-forming polypeptide (2014)
  • 著者名/発表者名: Takei T, Tsumoto K, Yoshino M, Kojima S, Yazaki K, Ueda T, Takei T, Arisaka F, Miura K.
  • 雑誌名: Biopolymers 巻: 102(3) ページ: 260-72
  • DOI: 10.1002/bip.22479
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and properties of the C-terminalβ-helical domain of VgrG protein from Escherichia coli O157 (2014)
  • 著者名/発表者名: Uchida K, Leiman PG, Arisaka F, Kanamaru S.
  • 雑誌名: J.Biochem 巻: 155(3) ページ: 173-82
  • DOI: 10.1093/jb/mvt109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intermolecular interactions and conformation of antibody dimers present in IgG1 biopharmaceuticals (2014)
  • 著者名/発表者名: Iwura T, Fukuda J, Yamazaki K, Kanamaru S, Arisaka F.
  • 雑誌名: J.Biochem 巻: 155(1) ページ: 63-71
  • DOI: 10.1093
  • 査読あり
• [雑誌論文] Assembly of pyrene-modified DNA/RNA duplexes incorporating a G-rich single strand region (2013)
  • 著者名/発表者名: Kohji Seio, Munefumi Tokugawa, Hirosuke Tsunoda, Akihiro Ohkubo, Fumio Arisaka, Mitsuo Sekine.
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem Lett 巻: 23(24) ページ: 6822-4
  • DOI: 10.1016/j.bmcl.2013.10.012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Atg38 is required for autophagy-specific phosphatidylinositol 3-kinase complex integrity (2013)
  • 著者名/発表者名: Araki Y, Ku W-C, Akioka M, May AI, Hayashi Y, Arisaka F, Ishihama Y, Ohsumi Y.
  • 雑誌名: J. Cell Biol 巻: 203(2) ページ: 299-313
  • DOI: 10.1083/jcb.201304123
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein interactions in the assembly of the tail of bacteriophage T4 (2013)
  • 著者名/発表者名: F. Arisaka and S. Kanamaru.
  • 雑誌名: Biophys Rev 巻: 5 ページ: 79-84
  • 査読あり
• [雑誌論文] The molecular architecture of the bacteriophage T4 neck (2013)
  • 著者名/発表者名: Fokine A, Zhang Z, Kanamaru S, Bowman VD, Aksyuk AA, Arisaka F, Rao VB, Rossmann MG.
  • 雑誌名: J Mol Biol 巻: 425(10) ページ: 1731-44
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2013.02.012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of Cex1p reveals the mechanism of tRNA trafficking between nucleus and cytoplasm (2013)
  • 著者名/発表者名: Nozawa K, Ishitani R, Yoshihisa T, Sato M, Arisaka F, Kanamaru S, Dohmae N, Mangroo D, Senger B, Becker HD, Nureki O.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 41(6) ページ: 3901-14
  • DOI: 10.1093/nar/gkt010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Semi-synthesis of an artificial scandium(iii) enzyme with aβ-helical bio-nanotube (2012)
  • 著者名/発表者名: Inaba H, Kanamaru S, Arisaka F, Kitagawa S, Ueno T.
  • 雑誌名: Dalton Trans 巻: 41(37) ページ: 11424-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stoichiometry of Protein Interactions in Bacteriophage T4 Tail Assembly in "Stoichiometry and Research --- The Importance of Quantity in Biomedicine" Edited by Alessio Innocenti (2012)
  • 著者名/発表者名: Fumio Arisaka.
  • 雑誌名: INTECH, Rijeka, Croatia ページ: 243-258
  • 査読あり
• [雑誌論文] Indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase : An oxygen- sensitive ironesulfur enzyme from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus profundus (2012)
  • 著者名/発表者名: Yukiko Ozawa, Masood Ahmed Siddiqui, Yasufumi Takahashi, Akio Urushiyama, Daijiro Ohmori, Fumiyuki Yamakura, Fumio Arisaka, and Takeo Imai.
  • 雑誌名: Journal of Bioscience and Bioengineering 巻: 114(1) ページ: 23-7
  • DOI: 10.1016/j.jbiosc.2012.02.014.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of a dominant-negative helix-loop-helix tran- scriptional regulator suggests mechanisms of autoinhibition (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishii R, Isogaya K, Seto A, Koinuma D, Watanabe Y, Arisaka F, Yaguchi SI, Ikushima H, Dohmae N, Miyazono K, Miyazawa K, Ishitani R, Nureki O.
  • 雑誌名: EMBO J 巻: 31(11) ページ: 2541- 52
  • DOI: 10.1038/emboj.2012.77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Archaeal ribosomal stalk protein interacts with translation factors in a nucleotide- independent manner via its conserved C terminus (2012)
  • 著者名/発表者名: Nomura N, Honda T, Baba K, Naganuma T, Tanzawa T, Arisaka F, Noda M, Uchiyama S, Tanaka I, Yao M, Uchiumi T.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 巻: 109(10) ページ: 3748-53
  • DOI: 10.1073/pnas.1112934109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accumulation ofβ-conglycinin in soybean cotyledon through formation of disulfide bonds betweenα' andαsubunits (2012)
  • 著者名/発表者名: Wadahama H, Iwasaki K, Matsusaki M, Nishizawa K, Ishimoto M, Arisaka F, Takagi K, Urade R.
  • 雑誌名: Plant Physiology 巻: 158 ページ: 1395-1405
  • DOI: 10.1104/pp.111.189621
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallographic analysis reveals octamerization of viroplasm matrix protein P9-1 of Rice black streaked dwarf virus (2012)
  • 著者名/発表者名: Fusamichi Akita, Akifumi Higashiura, Takumi Shimizu, Yingying Pu, Mamoru Suzuki, Tamaki Uehara-Ichiki, Takahide Sasaya, Shuji Kanamaru, Fumio Arisaka, Tomitake Tsukihara, Atsushi Nakagawa and Toshihiro Omura.
  • 雑誌名: J Virol 巻: 86(2) ページ: 746-56
  • DOI: 10.1128/JVI.00826-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Screw motion regulates multiple functions of T4 phage protein gene product 5 during cell puncturing (2011)
  • 著者名/発表者名: Nishima W, Kanamaru S, Arisaka F, Kitao A.
  • 雑誌名: J Am Chem Soc 巻: 133(34) ページ: 13571- 6
  • DOI: 10.1021/ja204451g
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic and proteomic characterization of the large Myoviridae bacteriophage TMA of the extreme thermophile Thermus thermophilus (2011)
  • 著者名/発表者名: Tamakoshi M, Murakami A, Sugisawa M, Tsuneizumi K, Takeda S, Saheki T, Izumi T, Akiba T, Mitsuoka K, Toh H, Yamashita A, Arisaka F, Hattori M, Oshima T, Yamagishi A.
  • 雑誌名: Bacteriophage 巻: 1(3) ページ: 152-164
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biochemical analysis and kinetic modeling of the thermal inactivation of MBP-fused heparinase I : Implications for a comprehensive thermostabilization strategy (2011)
  • 著者名/発表者名: Chen S, Ye F, Chen Y, Chen Y, Zhao H, Yatsunami R, Nakamura S, Arisaka F, Xing XH.
  • 雑誌名: Biotechnol Bioeng 巻: 108(8) ページ: 1841-51
  • DOI: 10.1002/bit.23144
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dimer-tetramer association equilibraia of human adult hemoglobin and its Mutants as observed by analytical ultracentrifugation Methods (2011)
  • 著者名/発表者名: Fumio Arisaka, Yukifumi Nagai, Masako Nagai.
  • 巻: 54(1)
  • ページ: 175-80
  • DOI: 10.1016/j.ymeth.2011.01.003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dual modification of a triple-strandedβ-helix nanotube with Ru and Re metal complexes to promote photocatalytic reduction of CO(2) (2011)
  • 著者名/発表者名: Yokoi N, Miura Y, Huang CY, Takatani N, Inaba H, Koshiyama T, Kanamaru S, Arisaka F, Watanabe Y, Kitagawa S, Ueno T.
  • 雑誌名: Chem Commun (Camb) 巻: 47(7) ページ: 2074-6
  • DOI: 10.1039/c0cc03015e
  • 査読あり