Ｃｏｍｐａｒｉｎｇ ａｎｄ Ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ Ｔｒｅｅｓ

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23700011
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 情報学基礎
• 研究機関: 京都大学 (2012-2013); お茶の水女子大学 (2011)
• 研究代表者: ジャンソン ジェスパー 京都大学, 白眉センター, 特定准教授 (60536100)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2013
• キーワード: アルゴリズム / 計算複雑さ / 系統樹

研究概要

この研究プロジェクトの目的は、巨大なデータ集合に関わる木構造を比較したり統合したりする効率的なアルゴリズムを開発することであり、特に以下の３つのトピックに焦点があてられていた。(i)最小の上位木を構成する。(ii)合意木を構築する。(iii)２つの木様構造の類似度を測定する。
いくつかの新しい理論的なアルゴリズムがデザインかつ分析され、関連する計算複雑さへの結果が得られた。

研究成果

• [雑誌論文] Computing the Rooted Triplet Distance between Galled Trees by Counting Triangles (2014)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson and A. Lingas
  • 雑誌名: Journal of Discrete Algorithms 巻: Vol.25 ページ: 66-78
  • DOI: 10.1016/j.jda.2013.10.002
• [雑誌論文] Constructing the R* Consensus Tree of Two Trees in Subcubic Time (2013)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson and W.-K. Sung
  • 雑誌名: Algorithmica 巻: Vol.66, Number2 ページ: 329-345
  • DOI: 10.1007/s00453-012-9639-1
• [雑誌論文] Faster computation of the Robinson-Foulds distance between phylogenetic networks (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Asano, J. Jansson, K. Sadakane, R. Uehara, and G. Valiente
  • 雑誌名: Information Sciences 巻: Vol.197 ページ: 77-90
  • DOI: 10.1016/j.ins.2012.01.038
• [雑誌論文] Polynomial-Time Algorithms for Building a Consensus MUL-Tree (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Cui, J. Jansson, and W.-K. Sung
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology 巻: Vol.19, Number9 ページ: 1073-1088
  • DOI: 10.1089/cmb.2012.0008
• [雑誌論文] Ultra-Succinct Representation of Ordered Trees with Applications (2012)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson, K. Sadakane, and W.-K. Sung
  • 雑誌名: Journal of Computer and System Sciences 巻: Vol.78, Number2 ページ: 619-631
  • DOI: 10.1016/j.jcss.2011.09.002
• [雑誌論文] The Complexity of Inferring a Minimally Resolved Phylogenetic Supertree (2012)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson, R. S. Lemence, and A. Lingas
  • 雑誌名: SIAM Journal on Computing 巻: Vol.41, Number1 ページ: 272-291
  • DOI: 10.1137/100811489
• [学会発表] Algorithms for the Majority Rule (+) Consensus Tree and the Frequency Difference Consensus Tree (2013)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
  • 学会等名: Proceedings of the Thirteenth International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2013), Lecture Notes in Computer Science
  • 発表場所: Nice, France(Vol.8126, pp.141-155, Springer-Verlag, 2013)
  • 年月日: 20130902-04
• [学会発表] An Optimal Algorithm for Building the Majority Rule Consensus Tree (2013)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
  • 学会等名: Proceedings of the Seventeenth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2013), Lecture Notes in Computer Science
  • 発表場所: Beijing, China(Vol. 7821, pp. 88-99, Springer-Verlag, 2013)
  • 年月日: 20130407-10
• [学会発表] Improved Algorithms for Constructing Consensus Trees (2013)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson, C. Shen, and W.-K. Sung
  • 学会等名: Proceedings of the Twenty-Fourth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA 2013), Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM), 2013
  • 発表場所: New Orleans, U.S.A.(pp. 1800-1813)
  • 年月日: 20130106-08
• [学会発表] Computing the Rooted Triplet Distance between Galled Trees by Counting Triangles (2012)
  • 著者名/発表者名: J. Jansson and A. Lingas
  • 学会等名: Proceedings of the Twenty-Third Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2012), Lecture Notes in Computer Science
  • 発表場所: Helsinki, Finland(Vol. 7354, pp. 385-398,Springer-Verlag, 2012)
  • 年月日: 20120703-05
• [学会発表] Upper and Lower Degree Bounde d Graph Orientation with Minimum Penalty (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Asahiro, J. Jansson, E. Miyano, and H. Ono
  • 学会等名: Proceedings of Computing : the Eighteenth Australasian Theory Symposium (CATS 2012), Australian Computer Science Communications
  • 発表場所: Melbourne, Australia(Vol.34, Number 8, pp. 139-146, Australian Computer Society Inc., 2012)
  • 年月日: 20120130-0202
• [学会発表] Algorithms for Building Consensus MUL-trees (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Cui, J. Jansson, and W.-K. Sung
  • 学会等名: Proceedings of the Twenty-Second International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2011), Lecture Notes in Computer Science
  • 発表場所: Yokohama, Japan(Vol. 7074, pp. 744-753, Springer-Verlag, 2011)
  • 年月日: 2011-12-05
• [備考]
  • URL: http://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~jj/