核酸の蛍光誘導化反応による超効率的遺伝子シグナル増幅法の開発

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 23750178
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 佐藤 浩輔 北海道大学, 大学院・薬学研究院, 助教 (70415686)
• 研究期間 (年度): 2011 – 2012
• キーワード: 核酸 / 蛋白質 / 糖化学

研究概要

ヌクレオシドの塩基部にクロスリンク試薬の構造を取り入れたヌクレオシドホスホロアミダイト体を得ることに成功した。さらに、DNA自動合成機によりオリゴヌクレオチドを合成した。一方で、5-ホルミルウリジンもオリゴヌクレオチド中へと導入し、これらのオリゴヌクレオチドについて、テンプレート上での反応を検討した。コンピュータモデリングにより適切な配置を取るようにデザインをし、さらなる反応の検討を行っている

研究成果

• [雑誌論文] Structure of the DNA (6-4) photoproduct dTT(6-4)TT in complex with the 64M-2 antibody Fab fragment implies increased antibody-binding affinity by the flanking nucleotides (2012)
  • 著者名/発表者名: Yokoyama, H.; Mizutani, R.; Satow, Y.; Sato, K.; Komatsu, Y.; Ohtsuka, E.; Nikaido
  • 雑誌名: O. Acta Cryst 巻: D68 ページ: 232-238
  • DOI: doi:10.1107/S0907444912000327
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly Fluorescent 5-(5,6-Dimethoxy- benzothiazol-2-yl)-2'-Deoxyuridine 5'-Triphosphate as an Efficient Substrate for DNA Polymerases (2011)
  • 著者名/発表者名: Sato, K.; Sasaki, A.; Matsuda, A
  • 雑誌名: ChemBioChem 巻: 12 ページ: 2341-2346
  • DOI: doi:10.1002/cbic.201100452
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fluorescence Properties of 5-(5,6- Dimethoxybenzothiazol-2-yl)-2'-Deoxy-uridine (dbtU) and Oligodeoxy-ribonucleotides containing dbtU.Hirose (2011)
  • 著者名/発表者名: W.; Sato, K.; Matsuda, A
  • 雑誌名: Eur. J. Org. Chem ページ: 6206-6217
  • DOI: doi:10.1002/ejoc.201100818
  • 査読あり
• [雑誌論文] Highly efficient enzymatic synthesis of 3'-deoxyapionucleic acid (apioNA) having the four natural nucleobases (2011)
  • 著者名/発表者名: Kataoka, M.; Kouda, Y.; Sato, K.; Minakawa, N.; Matsuda, A
  • 雑誌名: Chem. Commun 巻: 48 ページ: 8700-8702
  • DOI: doi:10.1039/C1CC12980E
  • 査読あり
• [学会発表] 5-(5,6-dimethoxybenzothiazol-2-yl)-2'-deoxyuridineを用いた蛍光ラベル化DNAの酵素合成 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐藤浩輔、佐々木彩乃、松田彰
  • 学会等名: 日本薬学会第133年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • 年月日: 20130328-20130330
• [学会発表] ナフチリジンリボヌクレオチド5'-トリリン酸体の合成とT7RNAポリメラーゼによる取り込み反応の検討 (2013)
  • 著者名/発表者名: 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • 学会等名: 日本薬学会第133年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • 年月日: 20130328-20130330
• [学会発表] 修飾ヌクレオシドの新規機能性分子への展開 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤浩輔
  • 学会等名: 日本薬学会北海道支部例会第139例会
  • 発表場所: 北海道大学学術交流会館(札幌))
  • 年月日: 20121208-20121208
• [学会発表] ナフチリジン-イミダゾピリドピリミジン塩基対を用いた選択的転写反応の検討 (2012)
  • 著者名/発表者名: 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • 学会等名: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2012
  • 発表場所: 仙台市民会館(宮城県)
  • 年月日: 20120924-20120926
• [学会発表] Selective detection method for5-formyl-2〓-deoxyuridine in DNA using a fluorogenic reagent XX International Roundtable on Nucleosides (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤浩輔、広瀬亘、松田彰
  • 学会等名: Nucleotides and Nucleic Acids
  • 発表場所: McGill University(カナダ)
  • 年月日: 20120805-20120809
• [学会発表] DNA 酸化損傷の選択的検出法の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤浩輔
  • 学会等名: 日本薬学会北海道支部例会第138例会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター(北海道)
  • 年月日: 20120616-20120617
• [学会発表] T7 RNA polymerase による基質トリリン酸体認識機構の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • 学会等名: 日本薬学会第132年会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 2012-03-31
• [学会発表] 4本の水素結合を有するナフチリジン-イミダゾピリドピリミジン塩基対を用いた転写反応 (2012)
  • 著者名/発表者名: 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • 学会等名: 日本薬学会第132年会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 2012-03-29
• [学会発表] Development of Selective Detection Method for 5-Formyl-2'-deoxyuridine in DNA using a Fluorogenic Reagent (2011)
  • 著者名/発表者名: Sato, K.; Hirose, W.; Matsuda, A
  • 学会等名: ICCEOCA-6/NICCEOCA-2
  • 発表場所: The Chinese University of Hong Kong(香港)
  • 年月日: 2011-12-12
• [学会発表] Synthesis of 1,8-naphthyridine C-ribonucleotides and their incorporation into RNA by T7 RNA polymerase (2011)
  • 著者名/発表者名: Nomura, Y.; Kashiwagi, S.; Sato, K.; Matsuda, A
  • 学会等名: The 38th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2011
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 2011-11-09
• [学会発表] Groove recognition of T7 RNA polymerase using base-modified triphosphate analogs (2011)
  • 著者名/発表者名: Kashiwagi, S.; Sato, K.; Matsuda, A
  • 学会等名: The 38th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2011
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 2011-11-09
• [学会発表] 糖部修飾型核酸 3'-deoxyapionucleicacid (apioNA) の性質と酵素合成 (2011)
  • 著者名/発表者名: 幸田康生、片岡真由美、佐藤浩輔、松田彰
  • 学会等名: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム 2011
  • 発表場所: 大阪大学(吹田市)
  • 年月日: 2011-09-01
• [学会発表] 1,8-ナフチリジンC-リボヌクレオチドの合成とT7RNAポリメラーゼによる転写反応 (2011)
  • 著者名/発表者名: 野村勇作、柏木怜、佐藤浩輔、松田彰
  • 学会等名: 日本薬学会北海道支部例会第136例会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター(北海道)
  • 年月日: 2011-05-21
• [備考]
  • URL: http://www.pharm.hokudai.ac.jp/yakka/Matsuda_Lab/Matsuda_Lab_Home.html