Ｖｉｒｏｍｅ ｍｉｎｉｎｇによる極限環境からの遺伝子資源探索法の開発

2013 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 24658083
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 土居 克実 九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 講師 (40253520)
• 研究分担者: 田代 康介 九州大学, 大学院農学研究院, 准教授 (00192170)
• 研究期間 (年度): 2012-04-01 – 2014-03-31
• キーワード: phage / Thermus / Inoviridae / replication / genome

研究概要

小浜温泉および小松地獄の地熱熱水からのウイルス粒子およびウイルスDNAの探索と単離を行った。その結果、小浜温泉排水口沈殿物からの単離ファージφOH3、φOH16、小松地獄地熱熱水からの単離ファージφKJ3, φKJ4, φKJ5について、プラーク形状、電子顕微鏡観察による形態、宿主域、ゲノム構造および推定ORF、宿主内での複製形態等について性状を解析したところ、すべて、turbid plaqueを形成する繊維状ファージであり、Inovirus科に分類された。それぞれのファージゲノムを比較したところ、ORFは高い相同性を示し、単離地域の違いに関わらず、繊維状ファージには高い類似性が認められた。

研究成果

• [雑誌論文] Biochemical characterization of an L-tryptophan dehydrogenase from the photoautotrophic cyanobacterium Nostoc punctiforme (2014)
  • 著者名/発表者名: R. Ogura, T. Wakamatsu, Y. Mutaguchi, K. Doi and T. Ohshima
  • 雑誌名: Enzyme Microb. Tech. 巻: (印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Wild mushroom in Nepal : Some potential candidates as antioxidant and ACE inhibition sources (2014)
  • 著者名/発表者名: T. H. Bang, H. Suhara, K. Doi, H. Ishikawa, K. Fukami, G. P. Parajuli, Y. Katakura, S. Yamashita, K. Watanabe, M. K. Adhikari, H. K. Manandhar, R. Kondo and K. Shimizu
  • 雑誌名: Evid. Based Complement. Alternat. Med. 巻: Article ID 195305
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient synthesis of D-branched-chain amino acids and their labeled compounds with stable isotopes using D-amino acid dehydrogenase (2014)
  • 著者名/発表者名: H. Akita, H. Suzuki, K. Doi and T. Ohshima
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol. 巻: Vol. 98, No. 3 ページ: 1135-1143
  • 査読あり
• [雑誌論文] A ternary conjugation system to construct DNA libraries in Geobacillus kaustophilus HTA426, Biosci (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Suzuki, K. Wada, M. Furukawa, K. Doi and T Ohshima
  • 雑誌名: Biotechnol. Biochem. 巻: Vol. 77, No.11 ページ: 2316-2318
  • 査読あり
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Geobacillus kaustophilus GBlys, a lysogenic strain with bacteriophageφOH2 (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Doi, K. Mori, H. Martono, Y. Nagayoshi, Y. Fujino, K. Tashiro, S. Kuhara and T. Ohshima
  • 雑誌名: Genome A. 巻: Vol. 1 ページ: e00634-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biochemical characterization of two glutamate dehydrogenases with different cofactor specificities from a hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Wakamatsu, C. Higashi, T. Ohmori, K. Doi and T. Ohshima
  • 雑誌名: Extremophiles 巻: Vol. 17, No. 3 ページ: 379-389
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distribution of D-amino acids in vinegars and involvement of lactic acid bacteria in the production of D-amino acids (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Mutaguchi, T. Ohmori, H. Akano, K. Doi and T. Ohshima
  • 雑誌名: SpringerPlus 巻: Vol.2 ページ: 691
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel amino acid racemase, isoleucine 2-epimerase, from Lactobacillus species : Identification, purification and characterization (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Mutaguchi, T. Ohmori, T. Wakamatsu, K. Doi, and T. Ohshima
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 巻: Vol. 195, No. 22 ページ: 5207-5215
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of thermo tolerant lactic acid bacteria isolated from silage prepared in the hot and humid climate of Southwestern Japan (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Doi, Y. Nishizaki, H. Kimura, M. Kitahara, Y. Fujino, S. Ohmomo, T. Ohshima and S. Ogata
  • 雑誌名: SpringerPlus 巻: Vol. 2 ページ: 485
  • 査読あり
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of D-branched-chain amino acids producing Lactobacillus otakiensis JCM 15040^T isolated from a traditional Japanese pickle (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Doi, K. Mori, Y. Mutaguchi, K. Tashiro, Y. Fujino, T. Ohmori, S. Kuhara and T. Ohshima
  • 雑誌名: Genome A. 巻: Vol. 1 ページ: e00546-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of lactic acid bacteria isolated from fermented rice bran product (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Doi, O. T. A. Phuong, F. Kawatou, Y. Nagayoshi, Y. Fujino and T. Ohshima
  • 雑誌名: Adv. Microbiol. 巻: Vol. 3 ページ: 265-272
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of D-amino acid aminotransferase from Lactobacillus salivarius (2013)
  • 著者名/発表者名: J. Kobayashi, Y.Shimizu, Y. Mutaguchi, K. Doi and T. Ohshima
  • 雑誌名: J. Mol. Catal. B : Enzym 巻: Vol. 94 ページ: 15-22
  • 査読あり
• [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Pediococcus lolii NGRI 0510Q^T isolated from ryegrass silage (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Doi, K. Mori, K. Tashiro, Y. Fujino, Y. Nagayoshi, Y. Hayashi, S. Kuhara and T Ohshima
  • 雑誌名: Genome A. 巻: Vol.1 ページ: 00156-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expression analysis of the spi gene in the pock-forming plasmid pSA1.1 from Streptomyces azureus and localization of its product during differentiation (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Doi, Y. Ohyama, E. Yokoyama, T. Nishiyama, Y. Fujino, Y. Nagayoshi, T. Ohshima and S. Ogata
  • 雑誌名: Appl. Microbiol. Biotechnol. 巻: Vol.95, No. 3 ページ: 707-716
  • 査読あり
• [雑誌論文] Silica deposition induced by isolated aluminum ions bound on chelate resin as a model compound of the surface of microbes (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Bai, G. Naren, H. Noma, M. Etou, H. Ohashi, Y. Fujino, K. Doi, Y. Okaue, T. Yokoyama
  • 雑誌名: Colloid Surfaces B 巻: Vol.95 ページ: 208-213
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of microorganisms on flocculation of quartz (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Hirajima, Y. Aiba, M.Farahat, N. Okibe, K. Sasaki, T. Tsuruta and K. Doi
  • 雑誌名: Int. J. Miner. Process. 巻: Vol.102-103 ページ: 107-111
  • 査読あり
• [雑誌論文] A psychrophilic leucine dehydrogenase from Sporosarcina psychrophila : Purification, characterization, gene sequencing and crystal structure analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Zhao, T. Wakamatsua, K. Doi, H. Sakuraba and T. Ohshima
  • 雑誌名: J. Mol. Catal. B : Enzym 巻: Vol.83 ページ: 65-72
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of alkali or acid treatment on the isomerization of amino acids (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Ohmori, Y. Mutaguchi, K. Doi and T. Ohshima
  • 雑誌名: J. Biosci. Bioeng. 巻: Vol.114, No. 4 ページ: 457-459
  • 査読あり
• [雑誌論文] Creation of a thermostable NADP(+)-dependent D : -amino acid dehydrogenase from Ureibacillus thermosphaericus strain A1 meso-diaminopimelate dehydrogenase by site-directed mutagenesis (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Akita, K. Doi, Y. Kawarabayasi and T. Ohshima
  • 雑誌名: Biotechnol. Lett. 巻: Vol.34, No. 9 ページ: 1693-1699
  • 査読あり
• [雑誌論文] 環境応答とバイオミネラリゼーション-極限環境下における細菌の生存戦略
  • 著者名/発表者名: 藤野泰寛、横山拓史、土居克実
  • 雑誌名: 生物と化学 巻: 50巻 ページ: 175-181
• [学会発表] 小浜温泉より単離したThermus属繊維状ファージの特性解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 相川浩輝、永吉佑子、藤野泰寛、大島敏久、土居克実
  • 学会等名: 日本生物工学会九州支部大会
  • 発表場所: 佐賀大学
  • 年月日: 2013-12-07
• [学会発表] 発酵食品に含まれるアミノ酸の研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大森勇門、牟田口祐太、守﨑香菜、土居克実、大島敏久
  • 学会等名: 農芸化学会中四国支部第16回若手シンポジウム
  • 発表場所: 高知大学
  • 年月日: 2013-11-02
• [学会発表] 超好熱菌の2つのNAD(P)-グルタミン酸脱水素酵素の機能開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 若松泰介、芦内誠、土居克実、大島敏久
  • 学会等名: ビタミンB研究協議会
  • 発表場所: 名古屋・ウインクあいち
  • 年月日: 2013-11-02
• [学会発表] 乳酸菌Lactobacillus属由来新規酵素、イソロイシン2-エピメラーゼ (2013)
  • 著者名/発表者名: 牟田口祐太、大森勇門、若松泰介、土居克実、大島敏久
  • 学会等名: 日本生物高分子学会2013年度大会
  • 発表場所: 常翔学園大阪センター
  • 年月日: 2013-10-19
• [学会発表] 発酵食品中のD-アミノ酸分析とその由来 (2013)
  • 著者名/発表者名: 大森勇門、牟田口祐太、守﨑香菜、土居克実、大島敏久
  • 学会等名: 日本生物高分子学会2013年度大会
  • 発表場所: 常翔学園大阪センター
  • 年月日: 2013-10-19
• [学会発表] 三者接合法によるGeobacillus kaustphilus HTA426への高効率プラスミド導入 (2013)
  • 著者名/発表者名: 鈴木宏和、和田圭介、古川恵、土居克実、大島敏久
  • 学会等名: 日本生物工学会第65回大会
  • 発表場所: 広島国際会議場
  • 年月日: 2013-09-18
• [学会発表] 藍甕由来好アルカリ性Bacillus属細菌のインジゴカルミン還元酵素の機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 安部友昭、鈴木宏昭、土居克実、大島敏久
  • 学会等名: 日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部、日本ビタミン学会近畿・中国四国・九州沖縄地区合同大会2013年度合同広島大会
  • 発表場所: 広島県立大学
  • 年月日: 2013-09-06
• [学会発表] 小浜温泉より単離したファージφOH2由来耐熱性溶菌酵素の特性解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: Martono Hindra、永吉佑子、藤野泰寛、大島敏久、土居克実
  • 学会等名: 第50回化学関連支部合同九州大会
  • 発表場所: 北九州国際会議場
  • 年月日: 2013-07-06
• [学会発表] 地熱環境より分離したThermus属繊維状ファージの性状解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 熊谷健太、永吉佑子、藤野泰寛、大島敏久、土居克実
  • 学会等名: 日本生物工学会九州支部大会
  • 発表場所: 別府大学
  • 年月日: 2012-12-01
• [学会発表] 色素依存性L-プロリン脱水素酵素を用いたL-プロリン電池の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 吉国翔一、若松泰介、土居克実、松本広重、大島敏久
  • 学会等名: 日本生物工学会九州支部大会
  • 発表場所: 別府大学
  • 年月日: 2012-12-01
• [学会発表] サイレージ乳酸菌Pediococcus lolii NGRI 0510Q^Tのゲノム構造解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 土居克実、森一樹、田代康介、藤野泰寛、久原哲、大島敏久
  • 学会等名: 日本生物工学会2012年度大会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
  • 年月日: 2012-10-24
• [図書] 地熱発電所と微生物、「環境と微生物」(日本微生物生態学会編) (2014)
  • 著者名/発表者名: 大島敏久、土居克実
  • 総ページ数: 217-218
• [図書] Biomineralization in geothermal environment, In Thermophilic Microbes in Environmental and Industrial Biotechnology(edited by T. Satyanarayana, J. Littlechild and Y. Kawarabayasi) (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Doi and Y. Fujino
  • 総ページ数: 233-247
  • 出版者: Springer, NY
• [備考]
  • URL: http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/grt-docs/migt/HP/