研究課題
大腸菌K-12株 BW38029株に20塩基の分子バーコードを導入した一遺伝子欠失株ライブラリーの構築を行い、その株を用いて、1)すべての欠失株を混合した培養液を用いた、長期定常期中のpopulation変動の定量的解析、2)混合培養液を用いて、薬剤を含んだ培地中の各欠失株のpopulation変動解析を行った。そして、3)宿主であるBW38029株のゲノム配列を決定し、遺伝的背景を確認した。1)の長期定常期における解析では、培地中より回収される染色体DNAの量とコロニー形成能を持つ細胞数が、培養時間とともに差が大きくなることが判明した。おそらくゲノムDNAが細胞の形態が保たれていてDNA分解酵素などから保護される状態にありながら、次の世代として再び細胞分裂を開始することができない、あるいは非常に遅れて生育を開始する集団の増大の可能性が考えられた。そこで、同じ実験の再現性も確認することを目的に、全く同じ実験を行い、サンプリングした培養液の半量からDNAの回収、残る半量を、培地をフレッシュなものに入換え、生育を再開させた後、一定時間後に再び培地中より染色体DNAを回収し、バーコード解析を行った。イルミナ社のHiSeqによるデータ取得を終え、現在解析中である。2)の薬剤との相互作用解析においては、昨年度は24種類の薬剤を含んだ培地中でのバーコード欠失株のpopulation変動の解析を行い、欠失による薬剤への感受性の違いを解析し、良好な結果を得ていたが、本年度はその数を124と増やすことができ、現在解析を終え、論文化を進めている。GOを利用した解析からは、薬剤の作用機序から感受性が増すと予想される遺伝子群の欠失株のpopulation中での減少も確認され、信頼性は高いと考えられる結果を得ている。さらに定常期環境状態の酸素消費量とpHの変動を解析可能とすることができた。
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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DNA Res
巻: Mar 23 ページ: 1-8
10.1093/dnares/dsw008
Comput Struct Biotechnol J
巻: 13 ページ: 376-381
10.1016/j.csbj.2015.05.004
ecoli.naist.jp/GB
