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2015 年度 研究成果報告書

生化学ネットワーク記述計算言語の意味論-局所性と因果律の解明-

研究課題

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研究課題/領域番号 25400195
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 数学基礎・応用数学
研究機関東京大学

研究代表者

浜野 正浩  東京大学, 情報理工学(系)研究科, 研究員 (50313705)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード確率プロセス計算 / rule based modelling / chemical master equation / stochastic modelling / steady state dynamics / Brownian ratchet / Michaelis-Menten / Boltzmann distribution
研究成果の概要

RNA 転写伸張のmechano-chemicalパスウェーを確率プロセス計算の一種であるrule based kappa 計算のsyntaxとsemanticsの両側面から分析した。離散確率モデルを伸張複合体のκ記述から導かれる化学マスター方程式によって構成し、定常状態の分析を詳細釣り合いをチェックするアルゴリズムを用いて行った。特にモデル抽象化と準定常状態近似の随伴性を示した。さらにこのパスウェーとMichaelis-Menten酵素反応との関連を介し自由エネルギーに基づく伸張の意味を与えた。

自由記述の分野

情報論理学

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公開日: 2017-05-10  

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