ヒト全ゲノムシークエンスのための統合アノテーションワークフローの構築

2015 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 25430183
• 研究機関: 長崎大学
• 研究代表者: 三嶋 博之 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 助教 (10513319)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• キーワード: ヒトゲノム / 次世代シークエンサー / ワークフロー

研究実績の概要

4トリオ家系（計１２名）のHiSeq2500シークエンサーによる全ゲノムシークエンシング（WGS）および全エクソームシークエンシング（WES）を行ったサンプルのデータを得ることができ、これらのデータに対する解析ワークフローは、研究室内部向けのものとして安定して動作させることができるようになった。ワークフローは、一塩基バリエーション（SNV）および小規模挿入欠失（small indel）についてはGATK-HaplotypeCaller、コピー数変異についてはCNVnator（WGS）もしくはXHMM（WES）、ゲノム構造変異についてはMeerkatの各ツールを組合わせて構築した。
ワークフローのうちとくにアノテーションのために独自開発したツール群については、フリーソフトウェアとして公開を行っている。Hgvd2Annovar（https://github.com/misshie/hgvd2annovar ）は、日本人1200人エクソーム頻度情報データの各種フォーマットへの変換を行うツールである。また、開発中のBio-Virtuoso (https://github.com/misshie/bio-virtuoso )では、インターネット上に分散おりフォーマットも統一されていない公共データベース情報をRDF形式で統一的にローカルのトリプルストアに格納して検索可能とする枠組みである。
現在、ワークフローの実証としての解析結果の報告に向けて作業を行っている。

研究成果

• [雑誌論文] Ultra sensitive droplet digital PCR for detecting a low prevalence somatic GNAQ mutation in Sturge–Weber syndrome (2016)
  • 著者名/発表者名: Uchiyama Y, Nakashima M, Watanabe S, Miyajima M, Taguri M, Miyatake S, Miyake N, Saitsu H, Mishima H, Kinoshita A, Arai H, Yoshiura K, Matsumoto N
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 6 ページ: 22985
  • DOI: 10.1038/srep22985
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Metabolic autopsy with next generation sequencing in sudden unexpected death in infancy: Postmortem diagnosis of fatty acid oxidation disorders (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto T, Mishima H, Mizukami H, Fukahori Y, Umehara T, Murase T, Kobayashi M, Mori S, Nagai T, Fukunaga T, Yamaguchi S, Yoshiura K, Ikematsu K
  • 雑誌名: Molecular Genetics and Metabolism Report 巻: 5 ページ: 26-32
  • DOI: 10.1016/j.ymgmr.2015.09.005
  • 査読あり
• [雑誌論文] Germline mutations causing familial lung cancer (2015)
  • 著者名/発表者名: Tomoshige K, Matsumoto K, Tsuchiya T, Oikawa M, Miyazaki T, Yamasaki N, Mishima H, Kinoshita A, Kubo T, Fukushima K, Yoshiura K, Nagayasu T
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 60 ページ: 597-603
  • DOI: 10.1038/jhg.2015.75
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel compound heterozygous DNA ligase IV mutations in an adolescent with a slowly-progressing radiosensitive-severe combined immunodeficiency (2015)
  • 著者名/発表者名: Tamura S, Higuchi K, Tamaki M, Inoue C, Awazawa R, Mitsuki N, Nakazawa Y, Mishima H, Takahashi K, Kondo O, Imai K, Morio T, Ohara O, Ogi T, Furukawa F, Inoue M, Yoshiura K, Kanazawa N
  • 雑誌名: Clinical Immunology 巻: 160 ページ: 225-260
  • DOI: 10.1016/j.clim.2015.07.004
  • 査読あり
• [学会発表] io-Virtuoso: A package of Docker containers for multiple source data retrieval, RDF conversion, and triplesore deployment in a simplified manner. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Mishima, Koh-ichiro Yoshiura
  • 学会等名: The 13th International Congress of Human Genetics
  • 発表場所: 京都府京都国際会館
  • 年月日: 2016-04-02 – 2016-04-02
  • 国際学会
• [学会発表] Exomiserを用いたエクソーム解析ワークフローと支援ツールの開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 三嶋博之，吉浦孝一郎
  • 学会等名: 日本人類遺伝学会第６０回大会
  • 発表場所: 東京都京王プラザホテル
  • 年月日: 2015-10-14 – 2015-10-17
• [学会発表] （1-2）Exomiserを用いた知識ベース疾患原因変異探索のためのワークフロー (2015)
  • 著者名/発表者名: 三嶋博之，吉浦孝一郎
  • 学会等名: NGS現場の会第四回研究会
  • 発表場所: つくば市つくば国際会議場
  • 年月日: 2015-07-01 – 2015-07-03
• [学会発表] ヒトの遺伝学と低酸素生物学はデータベース生物学の夢をみるか？ (2015)
  • 著者名/発表者名: 三嶋博之
  • 学会等名: 第13回がんとハイポキシア研究会
  • 発表場所: 三島市国立遺伝学研究所
  • 年月日: 2015-06-06 – 2015-06-06
  • 招待講演
• [図書] 次世代シークエンサーDRY解析教本：1-2 コマンドラインの使い方 (2015)
  • 著者名/発表者名: 三嶋博之，清水厚志
  • 総ページ数: 399 (23-42)
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [備考] Hgvd2annovar / Hgvd2BED / Hgvd2VCF
  • URL: https://github.com/misshie/hgvd2annovar
• [備考] Bio-Virtuoso
  • URL: https://github.com/misshie/bio-virtuoso