• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2013 年度 実施状況報告書

ゲノムコホート研究のための遺伝統計学

研究課題

研究課題/領域番号 25460403
研究種目

基盤研究(C)

研究機関東北大学

研究代表者

田宮 元  東北大学, 東北大学東北メディカル・メガバンク機構, 教授 (10317745)

研究分担者 植木 優夫  東北大学, 東北大学東北メディカル・メガバンク機構, 助教 (10515860)
中村 智洋  東北大学, 東北大学東北メディカル・メガバンク機構, 助教 (30537923)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード遺伝統計学 / 人類遺伝学 / コホート研究 / 高次元変数選択法 / 遺伝子×環境相互作用
研究概要

本研究は、疾患発症に効果を持つ遺伝子と環境因子を、ゲノムコホート研究に典型的なp>>n条件の小標本高次元データから統計学的保証を持って、柔軟かつ高速に抽出するために、高次元変数選択の枠組みを利用した遺伝統計手法を開発することを目的としている。平成25年度には、周辺回帰とそれに引き続く罰則回帰による変数選択を組み合わせた高次元変数選択の枠組み(SIS; Sure Independence Screening)を実データ、とくに遺伝子×環境相互作用データに適用可能に拡張するために、下記の手順で解析を行った。
1)ソフトウェア実装と実データでの検査
実際のゲノムデータに対して、分割表の各セルを個別に評価するCell-wise Dummy Coding(CDC)と、balanced accuracyのような指標で分割表を柔軟に再構成するAdaptive Dummy Coding(ADC)の二種類のコーディング法を適用して、得られた周辺回帰ランキング統計量(尤度やオッズ比やp値)の分布を検査した。特に上位ランキング変数の抜き出し基準の統計学的検討を実施した。
2)遺伝子×環境相互作用への拡張
飲酒や喫煙などの生活習慣に関する環境暴露データを、順位のあるダミー変数あるいは順位のないダミー変数としてコーディングし、SNPとの分割表を集計することで、上記のSISの枠組みによるソフトウェアプログラムを遺伝子×環境相互作用の解析に拡張した。
この拡張による統計量の分布を1)と同様に検査し、もっとも安定した統計量と閾値などの検討を引き続き実施している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

疾患発症に対して、隠された強い効果として期待される「要因間(遺伝子×遺伝子あるいは遺伝子×環境)の相互作用」の解析を実現するためには、最先端の統計学分野でp>>n問題の解決のために開発されてきた高次元変数選択法のような柔軟な各種の統計手法を遺伝学分野に応用すること、さらに実際のゲノムコホートデータに適用して、統計学的保証を持って相互作用検索を実現可能にすることが必要である。そのために、これまで行ってきたゲノムデータにおける超高次元変数選択法SIS(Sure Independence Screening)の研究をさらに発展させ、実際のゲノムコホートデータでの遺伝子×遺伝子相互作用ならびに遺伝子×環境相互作用への適用を進めてきた。それらの進捗は当初の研究計画に沿って予定通り実施されている。

今後の研究の推進方策

平成25年度で完成した遺伝子×遺伝子ならびに遺伝子×環境相互作用のための高次元変数選択法ソフトウェアを、実際のゲノムコホートデータをテストデータとして適用して、この手法の妥当性を検証し、必要があれば、適宜修正を行う。まずは、健康診断データを応答変数として横断的解析を行い、次に、疾患二値データや前向きデータへの適用を順次試みる。

次年度の研究費の使用計画

相互作用解析ソフトウェアを開発するにあたり、PCパーツを追加し、計算環境を進捗に合わせて拡張してきた。特に、公共データベースから得られたデータや、計算実行時の一時データを保存するための、ストレージ増設を予定していた。年度途中に、新しいヒトゲノムリファレンス配列(hg38)が公開されたため、計画外であったがこれをキャッチアップするものとした。そのためには小規模にリソースを追加するよりも、購入時期をずらすことによって、同価格でより容量の多い後継品を選ぶほうが効率的と考えたため。
データの一時保存先を調整することにより、ストレージ拡張まで研究計画の進捗に影響することがないものと見込んでいる。翌年度のデータが蓄積されてきた時点で、次年度使用額に相当する範囲内で購入可能な、より容量の多い後継品を購入する。

  • 研究成果

    (19件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (10件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Divergence of East Asians and Europeans Estimated Using Male- and Female-Specific Genetic Markers.2014

    • 著者名/発表者名
      Tateno Y, Komiyama T, Katoh T, Munkhbat B, Haida Y,Kobayashi H, Tamiya G, Inoko H.
    • 雑誌名

      Genome Biol Evol

      巻: 6 ページ: 466-473

    • DOI

      10.1093/gbe/evu027

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A pollen coat-inducible autoinhibited Ca2+-ATPase expressed in stigmatic papilla cell is required for compatible pollination in the Brassicaceae.2014

    • 著者名/発表者名
      Iwano M, Igarashi M, Tarutani Y, Kaothien-Nakayama P, Nakayama H, Moriyama H, Yakabe R, Entani T, Shimosato-Asano H, Ueki M, Tamiya G, Takayama S
    • 雑誌名

      Plant Cell

      巻: 26 ページ: 636-649

    • DOI

      10.1105/tpc.113.121350

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pleiotropic Effect of Common Variants at ABO Glycosyltranferase Locus in 9q32 on Plasma Levels of Pancreatic Lipase and Angiotensin Converting Enzyme.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamagata University Genomic Cohort Consortium
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 9 ページ: e55903

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0055903

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Variants in melanogenesis-related genes associate with skin cancer risk among Japanese populations.2014

    • 著者名/発表者名
      Yoshizawa J, Abe Y, Oiso N, Fukai K, Hozumi Y, Nakamura T, Narita T, Motokawa T, Wakamatsu K, Ito S, Kawada A, Tamiya G, Suzuki T
    • 雑誌名

      J Dermatol

      巻: 41 ページ: 296-302

    • DOI

      10.1111/1346-8138.12432

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Glutamate receptors and the regulation of steroidogenesis in the human adrenal gland: the metabotropic pathway.2014

    • 著者名/発表者名
      Felizola SJ, Nakamura Y, Satoh F, Morimoto R, Kikuchi K, Nakamura T, Hozawa A, Wang L, Onodera Y, Ise K, McNamara KM, Midorikawa S, Suzuki S, Sasano H.
    • 雑誌名

      Mol Cell Endocrinol

      巻: 382 ページ: 170-177

    • DOI

      10.1016/j.mce.2013.09.025

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Case of a Mongolian child with extensive Mongolian spots in Mucopolysaccharidosis type VI: Identification of a novel mutation in the arylsulfatase B gene.2013

    • 著者名/発表者名
      Okamura K, Munkhbat B, Bachimeg B, Tamiya G, Hozumi Y, Suzuki T.
    • 雑誌名

      J Dermatol

      巻: 40 ページ: 758-759

    • DOI

      10.1111/1346-8138.12237

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of caregiver strain in Parkinson's disease between Yamagata, Japan, and Maryland, The United States.2013

    • 著者名/発表者名
      Tanji H, Koyama S, Wada M, Kawanami T, Kurita K, Tamiya G, Saito N, Suzuki K, Kato T, Anderson KE, Gruber-Baldini AL, Fishman PS, Reich SG, Weiner WJ, Shulman LM.
    • 雑誌名

      Parkinsonism Relat Disord

      巻: 19 ページ: 628-633

    • DOI

      10.1016/j.parkreldis.2013.02.014

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The confounding effect of cryptic relatedness for environmental risks of systolic blood pressure on cohort studies.2013

    • 著者名/発表者名
      Shibata K, Hozawa A, Tamiya G, Ueki M, Nakamura T, et al.
    • 雑誌名

      Mol Genet Genomic Med

      巻: 1 ページ: 45-53

    • DOI

      10.1002/mgg3.4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A founder haplotype of APOE-Sendai mutation associated with lipoprotein glomerulopathy.2013

    • 著者名/発表者名
      Toyota K, Hashimoto T, Ogino D, Matsunaga A, Ito M, Masakane I, Degawa N, Sato H, Shirai S, Umetsu K, Tamiya G, Saito T, Hayasaka K.
    • 雑誌名

      J Hum Genet

      巻: 58 ページ: 254-258

    • DOI

      10.1038/jhg

    • 査読あり
  • [学会発表] 慢性疾患既往歴と心理的苦痛の関連2014

    • 著者名/発表者名
      中谷 直樹, 中村 智洋, 辻 一郎, 寶澤 篤, 富田 博秋
    • 学会等名
      第24回日本疫学会学術総会
    • 発表場所
      仙台市
    • 年月日
      20140125-20140125
  • [学会発表] 東日本大震災による喫煙・飲酒の行動変化と規定要因の検討2014

    • 著者名/発表者名
      中村 智洋, 中谷 直樹, 辻 一郎, 寶澤 篤, 富田 博秋
    • 学会等名
      第24回日本疫学会学術総会
    • 発表場所
      仙台市
    • 年月日
      20140125-20140125
  • [学会発表] ゲノム疫学研究のビッグデータ解析におけるp>>n問題とその対応2014

    • 著者名/発表者名
      田宮 元
    • 学会等名
      第24回日本疫学会学術総会
    • 発表場所
      仙台市
    • 年月日
      20140125-20140125
    • 招待講演
  • [学会発表] 順序仮説に関する逐次型多重比較法の研究2013

    • 著者名/発表者名
      中村 智洋, 山本 義郎, 道家 暎幸
    • 学会等名
      日本計算機統計学会第27回シンポジウム
    • 発表場所
      熊本市
    • 年月日
      20131116-20131116
  • [学会発表] 慢性疾患治療患者における心理的苦痛に関する研究2013

    • 著者名/発表者名
      中谷 直樹, 中村 智洋, 辻 一郎, 寶澤 篤, 富田 博秋
    • 学会等名
      第72回日本公衆衛生学会総会
    • 発表場所
      津市
    • 年月日
      20131024-20131024
  • [学会発表] 東日本大震災における喫煙・飲酒の行動変化と規定要因2013

    • 著者名/発表者名
      中村 智洋, 中谷 直樹, 辻 一郎, 寶澤 篤, 富田 博秋
    • 学会等名
      第72回日本公衆衛生学会総会
    • 発表場所
      津市
    • 年月日
      20131024-20131024
  • [学会発表] ゲノムワイドSNP-SNP相互作用解析2013

    • 著者名/発表者名
      植木優夫
    • 学会等名
      2013年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      豊中市
    • 年月日
      20130910-20130910
  • [学会発表] Variable selection method for whole-genome gene-gene interaction analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Ueki M, Tamiya G
    • 学会等名
      Joint Meeting of the IASC Satellite Conference for the 59th ISI WSC and the 8th Conference of the Asian Regional Section(ARS) of the IASC
    • 発表場所
      韓国、ソウル
    • 年月日
      20130822-20130822
    • 招待講演
  • [学会発表] Variable selection method for genome-wide SNP-SNP interaction analysis2013

    • 著者名/発表者名
      Ueki M
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Statistical Genetics (ISSG)
    • 発表場所
      韓国、ソウル
    • 年月日
      20130821-20130821
    • 招待講演
  • [学会発表] Multiple choice from competing regression models under multicollinearity based on standardized update2013

    • 著者名/発表者名
      Kawasaki Y, Ueki M
    • 学会等名
      Joint Statistical Meeting 2013
    • 発表場所
      カナダ、モントリオール
    • 年月日
      20130804-20130804

URL: 

公開日: 2015-05-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi