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ストロマトライトを特徴づける「ラミナ」の形成様式は多様であり，時代的・堆積環境的に変化に富む．形成に関与する微生物類として，酸素発生型光合成バクテリアのみならず，酸素非発生型光合成バクテリアや化学合成バクテリアなどが考えられ，それらの代謝活動によって「鉱物（炭酸カルシウムなど）の沈殿作用」が生じている．「鉱物の溶解作用」や「組織の破壊（ミクライト化）作用」もラミナの形成に複合的に関わっている．各ラミナ形成の周期性は，それぞれ異なる時間間隔を示す．特徴的なラミナの集積様式（Conophytonなどの円錐型ストロマトライト）は，先カンブリア時代当時の強光や紫外線に対する一種の防御形態と考えられる．
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