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2014 年度 実施状況報告書

天然有機化合物の構造解析をサポートする実践的な計算化学利用法

研究課題

研究課題/領域番号 26660093
研究機関弘前大学

研究代表者

橋本 勝  弘前大学, 農学生命科学部, 教授 (40212138)

研究分担者 根平 達夫  広島大学, 総合科学研究科, 助教 (60321692)
研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2016-03-31
キーワード密度汎関数分子軌道法 / 化学シフト計算 / 電子円二色性スペクトル計算 / 天然物構造決定
研究実績の概要

天然有機化合物の構造決定において、スペクトル解析は極めて重要である。多くの場合、シグナルの帰属では経験に基づく帰納的判断がなされてきた。したがって特異な構造の場合、データベースの信頼性は著しく低下、即ち構造の信頼性が低下する。一方、近年のコンピュータ技術の発達によって量子化学に基づくスペクトル予想が可能になってきた。しかし、その適用範囲は未知で、広く普及させるには一般的なスキームの確立が不可欠である。本研究課題では、NMR化学シフトおよび電子円二色性スペクトルに標的を絞り、量子化学的計算による予想に必要な計算手法、基底関数、構造最適化アルゴリズムなどの条件の選択、最適な配座解析法の組み合わせ、精密計算が対象としうる化学構造などのscope and limitationを行い、in silicoスペクトル予想を天然物化学に普及させる基礎プロトコルを作成しようとするものである。
構造未知なエポキシロゼノンは、NMR構造決定に有用な水素の数が少なく、またほとんどがシングレットとなって現れるため、候補構造までは絞り込みできるものの従来法では結論に至ることができなかった。報告者らは、これを計算機科学によって候補構造の化学シフトを予想し、天然物と比較することで決定、さらに円二色性スペクトルについても計算スペクトルと比較することにより、全構造を決定した。この時、構造ひずみが原因で配座解析で通常用いる分子力場法では、配座解析は不十分で、分子軌道法を用いて行う必要があること、化学シフト予想はEDF2/6-31G*法が有効であること、また円二色性スペクトルではBHandHLYP/TZVP法が効果的であることを明らかにした。
本手法を新規エピコクリオキノンの構造決定に応用し、円二色性スペクトルはCAM-B3LYP/TZVPが有効であることを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

これまで、3系統の未知天然化合物の構造決定に応用し、本研究の考え方が有効であることを証明した。

今後の研究の推進方策

計算のレベルと、計算に必要な時間は正の相関がある。しかし、計算のレベルを高くしても、予想できる制度は予想以上に向上しない場合も複数経験した。
今後、計算のコストパフォーマンスを最適化、さらに汎用パソコンで実行可能な化学構造などを検証していきたい。

次年度使用額が生じた理由

配分金減額のため、当初予定した備品を購入することができなかったため。

次年度使用額の使用計画

次年度配分額と合わせて、備品を購入する。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (13件) (うち招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Isotopic Differentiation Protocol, a Selective Extraction of C- and N-Terminal Ions in ESI-Ms/Ms De Novo Peptide Sequencing2015

    • 著者名/発表者名
      .Fujii, M.; Chiba, H.; Tamayama, N.; Kanamaru, S.; Hashimoto, M.
    • 雑誌名

      Nat. Prod. Chem. Res.

      巻: 3 ページ: 164

    • DOI

      10.4172/2329-6836.1000164

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Relative and absolute structure of phomolide C2015

    • 著者名/発表者名
      Ito, A.; Maeda, H.; Tonouchi, A.; Hashimoto, M
    • 雑誌名

      Biosci. Biotech. Biochem

      巻: 79 ページ: -

    • DOI

      10.1080/09168451.2015.1015953

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel himachalene-type sesquiterpenes from male adults of Chinese Windmill butterfly, Byasa alcinous alcinous2015

    • 著者名/発表者名
      Hisashi Ômura, Taro Noguchi, Tatsuo Nehira
    • 雑誌名

      Natural Products Researches

      巻: 29 ページ: -

    • DOI

      10.1080/14786419.2015.1019352

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and structure elucidation of potential anti-dengue metabolites from tawa-tawa (Euphorbia hirta Linn.)2014

    • 著者名/発表者名
      Tayone, W. C.; Tayone, J. C.; Hashimoto, M
    • 雑誌名

      Walailak Journal of Science and Technology

      巻: 11 ページ: 825-832

    • DOI

      10.14456/wjst.2014.65

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Neomacrophorin I, II, and III, novel drimenyl cyclohexanes with hydroxylated butanoates from Trichoderma sp. 1212-032014

    • 著者名/発表者名
      Hirose, A.; Maeda, H.; Tonouchi, A.; Nehira, T.; Hashimoto, M.
    • 雑誌名

      Tetrahedron

      巻: 70 ページ: 1458-1463

    • DOI

      10.1016/j.tet.2013.12.087

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] リンゴ果実におけるマイコパラサイト現象の生物有機化学的研究2014

    • 著者名/発表者名
      橋本勝
    • 雑誌名

      日本化学会生体機能関連部会ニュースレター

      巻: 28 ページ: 3-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Lambertellin System, the mechanism for fungal replacement of Moniliniafructigena with Lambertellacorni-maris without competitive inhibition on ager media.2014

    • 著者名/発表者名
      Hirose, A.; Kudo, S.; Murakami, T.; Tanaka, K.; Harada, K.; Hashimoto, M.
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem

      巻: 22 ページ: 2489-2494

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2014.02.051

    • 査読あり
  • [雑誌論文] absolute configuration determination via comparison of experimental and theoretical electronic circular dichroic spectra2014

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Ito, Tatsuo Nehira, Dehydroxylation of stilbenoid oligomers
    • 雑誌名

      Tetrahedron Letters

      巻: 55 ページ: 314-318

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2013.10.106

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure elucidation of highly condensed stilbenoids: Chiroptical properties and absolute configuration,2014

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Ito, Hiromi Ito, Tatsuo Nehira, Ryuich Sawa, Munekazu Iinuma
    • 雑誌名

      Tetrahedron

      巻: 55 ページ: 5640-5649

    • DOI

      10.1016/j.tet.2014.06.074

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chiroptical molecular propeller based on hexakis(phenylethyl)benzene through the complexation-induced intramolecular transmission of local point chirality2014

    • 著者名/発表者名
      Ryo Katoono,* Keiichi Kusaka, Shunsuke Kawai, Yuki Tanaka, Keisuke Hanada, Tatsuo Nehira, Kenshu Fujiwara, Takanori Suzuki
    • 雑誌名

      Organic and Biomolecular Chemistry, Biomolecular Chemistry,

      巻: 12 ページ: 9532-9538

    • DOI

      10.1039/C4OB01601G

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acanthomanzamines A-E with unprecedented manzamine frameworks from the marine sponge Acanthostrongylophora ingens2014

    • 著者名/発表者名
      Furusato, A., Kato, H., Nehira, T., Eguchi, K., Kawabata, T., Fujiwara, Y., Losung, F., Mangindaan, R. E. P., de Voogd, N. J., Takeya, M., Yokosawa, H., Tsukamoto, S
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 16 ページ: 3888-3891

    • DOI

      10.1021/ol5015569

    • 査読あり
  • [学会発表] Spiroleptospholの全合成研究2015

    • 著者名/発表者名
      高橋萌子、橋本勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2015年度大会
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Phomolide Cの相対及び絶対配置の決定2015

    • 著者名/発表者名
      伊藤厚・殿内暁夫・橋本勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2015年度大会
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] 新規epi-cochlioquinone誘導体と その生合成前駆体の単離と構造2015

    • 著者名/発表者名
      荒山美紀、田中和明、前多隼人、根平達夫、橋本勝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2015年度大会
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [学会発表] Bioorganic Studies on Mycoparasitism on Apple Fruites2014

    • 著者名/発表者名
      Masaru Hashimoto
    • 学会等名
      Michigan State Univesity Department of Chemistry Seminor
    • 発表場所
      Michigan State University
    • 年月日
      2014-12-05
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子化学計算支援によるEpoxyroussoeone 類の構造決定2014

    • 著者名/発表者名
      本村優奈、狩原恭平、田中和明、前多隼人、根平達夫、Warren J. Hehrec、橋本勝
    • 学会等名
      第56回天然有機化合物討論会
    • 発表場所
      高知
    • 年月日
      2014-10-15 – 2014-10-17
  • [学会発表] リンゴ果実におけるマイコパラサイト現象の生物有機化学的研究2014

    • 著者名/発表者名
      橋本勝
    • 学会等名
      日本化学会東北支部、青森地区講演会
    • 発表場所
      弘前
    • 年月日
      2014-10-03
    • 招待講演
  • [学会発表] Helminthosporium velutinum TS28が生産する新規epi-cochlioquinone誘導体2014

    • 著者名/発表者名
      荒山美紀、田中和明、橋本勝
    • 学会等名
      平成26年度 日本農芸化学会北海道支部・東北支部 合同支部大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-22
  • [学会発表] Phomolide Cの相対及び絶対配置の決定2014

    • 著者名/発表者名
      伊藤厚、殿内暁夫、橋本勝
    • 学会等名
      平成26年度 日本農芸化学会北海道支部・東北支部 合同支部大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-22
  • [学会発表] MS/MSペプチド配列解析における簡便なイオン識別法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      橋本勝、藤井眞、千葉洋、玉山方子
    • 学会等名
      平成26年度 日本農芸化学会北海道支部・東北支部 合同支部大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-22
  • [学会発表] リンゴ果実におけるマイコパラサイト現象の生物有機化学的研究2014

    • 著者名/発表者名
      橋本勝
    • 学会等名
      北海道大学理学部化学科講演会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2014-09-12
  • [学会発表] Neomacrophorin類の構造決定2014

    • 著者名/発表者名
      橋本勝, 廣瀬あかね, 殿内暁夫, 前多隼人, 根平達夫
    • 学会等名
      第9回化学生態学研究会
    • 発表場所
      函館
    • 年月日
      2014-06-28
  • [学会発表] 量子化学計算支援によるEpoxyrousseone類の構造決定2014

    • 著者名/発表者名
      本村優奈, 狩原恭平, 田中和明, 前多隼人, 根平達夫, Warren Hehre, 橋本勝
    • 学会等名
      第9回化学生態学研究会
    • 発表場所
      函館
    • 年月日
      2014-06-28
  • [学会発表] 計算機支援による天然物の構造決定2014

    • 著者名/発表者名
      橋本勝
    • 学会等名
      理研シンポジウム物質構造解析2014:MS とNMR の基礎と実践
    • 発表場所
      理化学研究所
    • 年月日
      2014-06-20
    • 招待講演
  • [備考] 有機実験室

    • URL

      http://nature.cc.hirosaki-u.ac.jp/lab/2/biochem/yuki/

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公開日: 2016-05-27  

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