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2014 年度 実施状況報告書

遺伝子発現ネットワーク解析のための受動性に基づく不安定性理論

研究課題

研究課題/領域番号 26820163
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

井上 正樹  慶應義塾大学, 理工学部, 助教 (80725680)

研究期間 (年度) 2014-04-01 – 2017-03-31
キーワードロバスト性解析 / 遺伝子ネットワーク / ロバスト制御
研究実績の概要

遺伝子ネットワークで生じるオシレーション現象のロバスト性解明とそのための理論構築を目指して,本年度は,以下の三つの課題に取り組んだ.まず,基礎理論として,(1)受動的な不確かさを有する線形フィードバックシステムの不安定性解析を行った.そして,基礎理論と遺伝子ネットワーク系の解析をつなげるため,(2)受動性の性質を有する遺伝子発現システムのクラスの調べ,(3)遺伝子ネットワーク系におけるオシレーション現象の数値シミュレーションと定量的なロバスト性解析を行った.これらの研究過程においては,不確かな非線形動的システムの平衡点解析の問題にも取り組んだ.1,2,3の詳細な内容を以下に示す.

(1)受動性の性質をもつ不確かさと線形システムからなるフィードバックシステムを対象として,平衡点の不安定性解析を行った.導出した不安定条件は,受動定理の不安定版といえるものである.この結果は,遺伝子発現に現れるオシレーション現象のロバスト性の原理解明に役立つと期待している.今後は,理論を非線形フィードバックシステムに拡張し,より実際の遺伝子ネットワークに近づける予定である.
(2)遺伝子発現を記述する数理モデルでは,他の遺伝子発現の影響がHill関数と呼ばれる単調関数の形で影響される特殊な構造をもっている.このようなモデルにおいて,システムが受動的となるクラスを調査した.この結果,1の理論の適用範囲を明らかにすることができた.
(3)オシレーション現象には,平衡点の不安定性が重要な役割をもつことが指摘されている.現象と不安定性の関係について,数値シミュレーションで調査した.そして,ある遺伝子ネットワークが,受動的な不確かさに対して非常にロバストであることを数値的に確認した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

研究目的を達成するため,26年度に研究計画として挙げていたのは,(A)受動性にもとづく線形フィードバックシステムの不安定性解析,(B)受動性の性質をもつ遺伝子モデルのクラスの解明,そして,(C)受動性を有する非線形動的システムの平衡点解析であった.これらの目標は,いずれも計画通りに達成することができた.これら三つの課題に加えて,数値実験レベルでの遺伝子ネットワークのロバスト性解析もおこなうことができたため,当初の計画以上に進めることができている.

今後の研究の推進方策

27年度は,26年度に開発した基礎理論と遺伝子発現システムでの解析を組み合わせる.そのために,まず,線形システムに対して開発した基礎理論を,遺伝子発現モデルを想定した非線形システムに拡張し,受動性を有する非線形フィードバックシステムに対する不安定性解析をおこなう.この結果を,制御工学分野の基礎理論としてまとめる.そして,すでに26年度に準備を始めているが,既存の遺伝子発現ネットワークモデルを対象として,数値実験レベルで,オシレーション現象のロバスト性解析の問題にも取り組む.特に,26年度は考えていなかった,平衡点の不確かさも許容した見積もりが重要であると考えている.

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2014

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Absolute instability of Lur'e systems and its application to oscillation analysis of uncertain genetic networks2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Inoue, Jun-ichi Imura, Kenji Kashima, Masayasu Suzuki, Kazuyuki Aihara
    • 雑誌名

      International Journal of Robust and Nonlinear Control

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1002/rnc.3294

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Saddle-node bifurcation and its robustness analysis: A mechanism for inducing pluripotency in stem cell2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Inoue, Jun-ichi Imura, Takayuki Arai, Kenji Kashima, Kazuyuki Aihara
    • 学会等名
      53rd IEEE Conference on Decision and Control
    • 発表場所
      J. W. Marriott Hotel,  Los Angeles, CA, USA
    • 年月日
      2014-12-15 – 2014-12-17
  • [学会発表] 体細胞の初期化に関する分岐理論的メカニズムとロバスト性解析2014

    • 著者名/発表者名
      井上正樹,井村順一,加嶋健司,合原一幸
    • 学会等名
      第57回自動制御連合講演会
    • 発表場所
      ホテル天坊,群馬
    • 年月日
      2014-11-10 – 2014-11-12
  • [学会発表] Bifurcation analysis in reprogramming process of somatic cells2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Inoue, Jun-ichi Imura, Hikaru Ikuta, Kenji Kashima, Kazuyuki Aihara
    • 学会等名
      Chem-Bio Informatics Society Annual Meeting 2014
    • 発表場所
      タワーホール船堀,東京
    • 年月日
      2014-10-28 – 2014-10-30
  • [学会発表] Instability of interconnected positive real systems2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Inoue, Jun-ichi Imura, Takayuki Ishizaki
    • 学会等名
      21th International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems
    • 発表場所
      University of Groningen, Groningen, The Netherlands
    • 年月日
      2014-07-07 – 2014-07-11
  • [学会発表] Robust stability and instability of nonlinear feedback system with uncertainty-dependent equilibrium2014

    • 著者名/発表者名
      Masaki Inoue, Takayuki Arai, Jun-ichi Imura, Kenji Kashima, Kazuyuki Aihara
    • 学会等名
      European Control Conference 2014
    • 発表場所
      Strasbourg Convention and Exhibition Center, Strasbourg, France
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27

URL: 

公開日: 2016-06-01  

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