2019 Fiscal Year Final Research Report
Computational reconstruction of the higher-order structure of chromosomes and linkage analysis between chromosome structure and phenotype
| Project Area | Chromosome Orchestration System |
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| Project/Area Number |
15H05979
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
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Principal Investigator |
Itoh Takehiko 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
昆 彩奈 京都大学, 医学研究科, 助教 (20772403)
吉田 健一 京都大学, 医学研究科, 助教 (50738226)
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| Project Period (FY) |
2015-06-29 – 2020-03-31
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| Keywords | Hi-C法 / 染色体高次構造 / エピゲノム |
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| Outline of Final Research Achievements |
The construction of a 4C, Hi-C and other higher order structure analysis pipeline including the original analysis method was realized. Also, the development of a novel high-precision genome assembly method and the construction of various NGS analysis pipelines such as ChIP-seq analysis was performed. By using these, we have realized various chromosomal structure analyzes from yeast to human and mouse, and succeeded in achieving joint research results with many members. In the analysis of myelodysplastic syndrome, analysis of mouse experimental data led to the discovery of a mechanism of abnormal gene expression regulation. On the other hand, the developed pipeline and various analyzed data are stored together with various public data on the newly constructed chromosome OS platform. By uploading the users own NGS data through WWW service, the user can perform various analysis in the platform, and the result can be browsed and compared with the public data on this platform.
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| Free Research Field |
ゲノム情報学
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究により開発された解析手法およびパイプラインの活用により、種々の高次構造解析データを比較的容易に解析することが可能となり、当該分野の研究発展に寄与することが期待される。これらの手法、パイプラインは、ダウンロードして使用することも可能であるとともに、染色体OSプラットフォームにNGSデータをWWW経由でアップロードすることにより解析できる機能も実装しているため、計算環境が整っていない研究者においても容易に使用することができる。また、染色体OSプラットフォームでは、公開データとともに自身の解析結果を視覚的に確認することが可能であり、新規知見を見出すための手助けとして機能することが期待される。
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