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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis of "Response zone" and " Communication zone" in mitochondria and Golgi apparatus

Planned Research

Project AreaToward an integrative understanding of functional zones in organelles
Project/Area Number 17H06414
Research InstitutionTokyo Medical and Dental University

Principal Investigator

清水 重臣  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (70271020)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田村 康  山形大学, 理学部, 教授 (50631876)
細谷 孝充  東京医科歯科大学, 生体材料工学研究所, 教授 (60273124)
吉田 秀郎  兵庫県立大学, 理学研究科, 教授 (60378528)
矢木 宏和  名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(薬学), 講師 (70565423)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2022-03-31
Keywordsゴルジ体 / ミトコンドリア
Outline of Annual Research Achievements

ゴルジ体のストレス応答ゾーンの解析として、Golgi-mediated degradation pathway (GOMED)を解析した。GOMEDは、分泌タンパク質や細胞膜局在タンパク質が、ゴルジ体から細胞外あるいは細胞膜に向かう時に、量的、質的負荷がかかった場合に、これらのタンパク質を分解する仕組みである。今年度は、関連分子を新たに3種類同定し、細胞内での分子機能も明らかにした。また、生理機能解析においては、低血糖時にβ細胞内で実行されるインスリン分解に寄与していること、神経細胞保護に機能していることを見出した。また、ゴルジ体ストレス時には、転写も活性化する。プロテオグリカンの転写に関わるエンハンサー配列及び転写因子を同定するとともに、ムチンの転写に関わるエンハンサー配列と転写因子候補を同定した。                           小胞体-ミトコンドリア間連携ゾーンに関しては、Split-GFPプローブで可視化した細胞を利用し,siRNAライブラリを用いたスクリーニングを行い,ヒト小胞体ーミトコンドリア間コンタクトサイト形成に重要な遺伝子群を同定した。さらにSplit-GFPとsplit-TurboIDを結合したプローブ(Split-GFP-TurboID)を用いて,ヒト小胞体ーミトコンドリ間,ヒト小胞体ーリソソーム間に集積するタンパク質群を網羅的にビオチン化,精製することで同定することに成功した。
また、タンパク質特異的な糖鎖修飾のための選別輸送ゾーンの解析に関しては、(1)蛍光顕微鏡による観察によって、従来トランスゴルジ膜に存在していると考えられてきた糖転移酵素が、それぞれ独立したゾーンに局在することとを見出した。また、(2)糖転移酵素の局在は、酵素の膜貫通領域を含むCTS領域で規定されていることを見出した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (7 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Nickel particles are present in Crohn's disease tissue and exacerbate intestinal inflammation in IBD susceptible mice2022

    • Author(s)
      Matsuda Hiroki、Nibe-Shirakihara Yoichi、Tamura Akiko、Aonuma Emi、Arakawa Satoko、Otsubo Kana、Nemoto Yasuhiro、Nagaishi Takashi、Tsuchiya Kiichiro、Shimizu Shigeomi、Ma Averil、Watanabe Mamoru、Uo Motohiro、Okamoto Ryuichi、Oshima Shigeru
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 592 Pages: 74~80

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.12.111

  • [Journal Article] Oxidized Phospholipids and Neutrophil Elastase Coordinately Play Critical Roles in NET Formation2021

    • Author(s)
      Tokuhiro Takuto、Ishikawa Akane、Sato Haruka、Takita Shunya、Yoshikawa Ayuri、Anzai Ryoko、Sato Shinichi、Aoyagi Ryohei、Arita Makoto、Shibuya Takumi、Aratani Yasuaki、Shimizu Shigeomi、Tanaka Masato、Yotsumoto Satoshi
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 9 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.718586

  • [Journal Article] Homeostatic p62 levels and inclusion body formation in CHCHD2 knockout mice2021

    • Author(s)
      Sato Shigeto、Noda Sachiko、Torii Satoru、Amo Taku、Ikeda Aya、Funayama Manabu、Yamaguchi Junji、Fukuda Takahiro、Kondo Hiromi、Tada Norihiro、Arakawa Satoko、Watanabe Masahiko、Uchiyama Yasuo、Shimizu Shigeomi、Hattori Nobutaka
    • Journal Title

      Human Molecular Genetics

      Volume: 30 Pages: 443~453

    • DOI

      10.1093/hmg/ddab057

  • [Journal Article] Establishment of a novel monoclonal antibody against truncated glycoforms of α-dystroglycan lacking matriglycans2021

    • Author(s)
      Yamasaki Fumiya、Umezawa Fumiko、Sensui Tomohiro、Anzo Masashi、Abo Hirohito、Kuo Chu-Wei、Khoo Kay-Hooi、Kato Koichi、Yagi Hirokazu、Kawashima Hiroto
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 579 Pages: 8~14

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.09.043

  • [Journal Article] Molecular mechanisms and biological roles of GOMED2021

    • Author(s)
      Noguchi Saori、Shimizu Shigeomi
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1111/febs.16281

  • [Journal Article] Purified EDEM3 or EDEM1 alone produces determinant oligosaccharide structures from M8B in mammalian glycoprotein ERAD2021

    • Author(s)
      George Ginto、Ninagawa Satoshi、Yagi Hirokazu、Furukawa Jun-ichi、Hashii Noritaka、Ishii-Watabe Akiko、Deng Ying、Matsushita Kazutoshi、Ishikawa Tokiro、Mamahit Yugoviandi P、Maki Yuta、Kajihara Yasuhiro、Kato Koichi、Okada Tetsuya、Mori Kazutoshi
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.7554/eLife.70357

  • [Journal Article] Crystal structure of Tam41 cytidine diphosphate diacylglycerol synthase from a Firmicutes bacterium2021

    • Author(s)
      Kimura Keisuke、Kawai Fumihiro、Kubota-Kawai Hisako、Watanabe Yasunori、Tomii Kentaro、Kojima Rieko、Hirata Kunio、Yamamori Yu、Endo Toshiya、Tamura Yasushi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 171 Pages: 429~441

    • DOI

      10.1093/jb/mvab154

  • [Presentation] 新規オートファジー GOMED とケミカルバイオロジー2022

    • Author(s)
      清水重臣
    • Organizer
      第142回日本薬学会
    • Invited
  • [Presentation] Molecular mechanisms and physiological roles of Atg5-independent mitophagy2021

    • Author(s)
      Shigeomi Shimizu
    • Organizer
      ASMRM
    • Invited
  • [Presentation] New insights into the mechanism of Golgi-mediated alternative autophagy using chemical biology approach2021

    • Author(s)
      Shigeomi Shimizu
    • Organizer
      ゲーテ大学CRC seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オルタナティブ・オートファジーと神経変性疾患2021

    • Author(s)
      清水重臣
    • Organizer
      第40回日本認知症学会
    • Invited
  • [Presentation] ゴルジ体ストレス時に見られるゴルジ体調節機構2021

    • Author(s)
      清水重臣
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会
  • [Remarks] オルガネラゾーンホームページ

    • URL

      http://organellezone.org/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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