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2020 Fiscal Year Annual Research Report

バクテリオファージに学ぶ発動分子システムの創成

Planned Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 18H05421
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

上野 隆史  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 金丸 周司  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (50376951)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords分子機械 / 生体超分子 / 分子機械
Outline of Annual Research Achievements

本計画研究では、巨大生体超分子の部品からなる蛋白質が集合化した分子針を基盤とし、発動分子の系統的な機能解析システムの構築から、ナノ-マイクロサイズ領域のハイブリッド発動分子・生体発動分子の合理的設計指針を確立することが目的である。発動分子としてのタンパク質針精密設計は基盤となる分子針の結晶構造や高速AFMの実験結果を元に、異種蛋白質の融合を用い各種機能が制御された生体発動分子の合理的設計指針を確立した。前年おこなった細胞膜貫通の詳細な検討をもとに、高速AFMの実験結果を数理モデルを用いた解析により理解することによって、新たな集合体形成のメカニズム解明へとつなげることができた。さらに、これらの結果を踏まえ、針機能の精密合理設計への集積機構の解明をすすめた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

バクテリオファージT4には、分子針として知られるタンパク質があり、感染プロセス初期の膜貫通反応に使用される。このタンパク質針のエンジニアリングによって構築された「人工タンパク質針」の膜貫通反応メカニズムを、高速原子間力顕微鏡(HS-AFM)による単一分子の観察によって見いだされた格子パターンやワイヤー構造形成のメカニズムを数理シミュレーションにより解明した。

Strategy for Future Research Activity

(1-1) ハイブリッド発動分子機能の1分子計測をもとに針機能の精密合理設計へのフィードバックをすすめる。
(1-2) ハイブリッド発動分子の機能評価:外来タンパク質を融合した各種分子針を作成し、各種測定による動態追跡を行う。
(1-3)巨大生体発動分子としてのシース部位の1分子計測:T4のシース部位は幾つかの蛋白質が集合し収縮を実現している。この挙動を理論・物理学的観点から解明する。
(1-4)ハイブリッド発動分子のT4への融合:T4の生合成プロセスを利用し、発動分子化した分子針の再融合をおこなう。

  • Research Products

    (29 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (19 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Int'l Joint Research] 清華大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      清華大学
  • [Int'l Joint Research] TATA基礎科学研究所(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      TATA基礎科学研究所
  • [Int'l Joint Research] 南洋理工大学(シンガポール)

    • Country Name
      SINGAPORE
    • Counterpart Institution
      南洋理工大学
  • [Journal Article] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021

    • Author(s)
      Abe Satoshi、Pham Thuc Toan、Negishi Hashiru、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1002/anie.202102039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Versatile Manipulations of Self-Assembled Proteins in Vaccine Design2021

    • Author(s)
      Nguyen Que Dan、Kikuchi Kosuke、Maity Basudev、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 1934~1934

    • DOI

      10.3390/ijms22041934

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In-Cell Engineering of Protein Crystals with Nanoporous Structures for Promoting Cascade Reactions2021

    • Author(s)
      Nguyen Tien K.、Abe Satoshi、Kasamatsu Makoto、Maity Basudev、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Kojima Mariko、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      ACS Applied Nano Materials

      Volume: 4 Pages: 1672~1681

    • DOI

      10.1021/acsanm.0c03129

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-molecule level dynamic observation of disassembly of the apo-ferritin cage in solution2020

    • Author(s)
      Maity Basudev、Li Zhipeng、Niwase Kento、Ganser Christian、Furuta Tadaomi、Uchihashi Takayuki、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 22 Pages: 18562~18572

    • DOI

      10.1039/D0CP02069A

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] β-ヘリックス人工分子針の動的集合設計2021

    • Author(s)
      菊池幸祐, 福山達也, Maity Basudev, 古田忠臣, 前多裕介, 内橋貴之, 上野隆史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
  • [Presentation] タンパク質ケージ内における芳香族分子集積と反応制御2021

    • Author(s)
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      日本化学会第101回春季年会
  • [Presentation] Energy Analysis of Miniprotein by in Vivo Protein Crystallization2021

    • Author(s)
      小島 摩利子, 菱川 湧輝, 安部 聡, 古田 忠臣, Tran Phuoc Duy, 北尾 彰朗, 上野 隆史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
  • [Presentation] Design of the two-dimensional protein assembly patterns by β-helical protein needle2020

    • Author(s)
      菊池 幸祐, 上野 隆史
    • Organizer
      第69回高分子討論会
  • [Presentation] 無細胞タンパク質合成による微小結晶構造解析2020

    • Author(s)
      小島摩利子, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
  • [Presentation] タンパク質ケージを利用した芳香族クラスターの構築と外来分子内包2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      発動分子科学第5回領域会議
  • [Presentation] Construction of Fibril Protein Assemblies From Engineered Protein Crystals2020

    • Author(s)
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • Organizer
      69th Symposium on Macromolecules
  • [Presentation] Construction of Filament Protein Assembly From Autonomous Cross-Linked Crystals2020

    • Author(s)
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • Organizer
      14th Bio-related Chemistry Symposium
  • [Presentation] タンパク質結晶工学による新機能材料2020

    • Author(s)
      上野隆史
    • Organizer
      第28回ポリマー材料フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] GPCR 内包を目指したタンパク質ハイブリッド結晶の構築2020

    • Author(s)
      田中潤子, 安部聡, 長田俊哉, 上野隆史
    • Organizer
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
  • [Presentation] Molecular design of protein needle for norovirus vaccine2020

    • Author(s)
      Nguyen Dan Que, 上野 隆史
    • Organizer
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
  • [Presentation] Protein Crystals for Designing Multiple Nanofunctions2020

    • Author(s)
      上野 隆史
    • Organizer
      The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内タンパク質結晶化の最適化と迅速構造解析2020

    • Author(s)
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • Organizer
      第14回バイオ関連シンポジウム
  • [Presentation] フェリチンケージのサブユニット界面を利用した多核金結合サイトの構築2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • Organizer
      第70回錯体化学会討論会
  • [Presentation] タンパク質ケージの内部空間設計による芳香族クラスターの構築2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • Organizer
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] In vivo Protein Crystal Engineering for Structure Analysis of Meta-stable State Mini-protein2020

    • Author(s)
      小島 摩利子, 安部 聡, 上野 隆史
    • Organizer
      第69回高分子討論会
  • [Presentation] タンパク質の迅速結晶化とサブミクロン結晶の構造解析2020

    • Author(s)
      安部 聡, 小島摩利子, 上野隆史
    • Organizer
      第69回高分子討論会
  • [Presentation] かご状タンパク質フェリチンのサブユニット界面における金集積機構の解明2020

    • Author(s)
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • Organizer
      第69回高分子学会年次大会
  • [Presentation] タンパク質の細胞内迅速・微量結晶化と構造解析2020

    • Author(s)
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • Organizer
      第69回高分子学会年次大会
  • [Remarks] Ueno Lab

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] MHC分子に適合する病原微生物由来のペプチドが担持された複合ポリペプチド単量体、当該単量体の会合体、及び当該会合体を有効成分とするコンポーネントワクチン2021

    • Inventor(s)
      上野 隆史/Nguyen Dan Que
    • Industrial Property Rights Holder
      上野 隆史/Nguyen Dan Que
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-001522
  • [Patent(Industrial Property Rights)] コロナウイルスの蛋白質が担持された複合ポリペプチド単量体、当該単量体の会合体、及び当該会合体を有効成分とするコンポーネントワクチン2020

    • Inventor(s)
      上野隆史、片山和彦
    • Industrial Property Rights Holder
      上野隆史、片山和彦
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2020-88508

URL: 

Published: 2021-12-27  

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