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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Development of single-molecule methods measuring energy conversion processes of biological and synthetic molecular engines

Planned Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 18H05424
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

飯野 亮太  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 教授 (70403003)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 笠井 倫志  京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 助教 (20447949)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords1分子計測 / 分子モーター
Outline of Annual Research Achievements

(1) 金属ナノプローブ1分子計測法の開発(飯野):金属材料の最適化や照明光学系の改善により、粒径40nmの金ナノ粒子で、1Åの位置決定精度と1msの時間分解能を達成した。また、より小さな粒径30nmの金ナノ粒子を1.9Åの位置決定精度と1ミリ秒の時間分解能でイメージングすることに成功した。さらにこの実験を利用し、リニア分子モータープロセッシブキチナーゼの作動機構を解明した。
(2) 金属ナノプローブと蛍光の1分子複合計測(飯野):金属ナノプローブ表面のプラズモン共鳴による局所的電場増強を利用した、金属ナノプローブと蛍光プローブの1分子複合計測法を開発した。具体的には、いわゆる全反射型蛍光顕微鏡のダイクロイックミラーとバリアフィルターを穴あきミラーに交換し、金ナノ粒子の散乱光とCy3の蛍光を同時にイメージングする複合計測装置を開発した。金ナノ粒子表面の電場増強により2倍の蛍光強度が得られた。さらに開発した実験系を回転分子モーターV1-ATPaseに適用し、蛍光標識ATP(ADP)の結合(解離)と回転運動の同時観察に成功した。
(3) 蛍光複合計測による1分子動態観察(笠井、飯野):細胞膜中で働く人工チャネル分子の機能を直接に蛍光計測するためのツールの検討を行った。具体的には、細胞膜の電位を測定するツールを用いて、生理的な条件で細胞を刺激した際に、測定可能なシグナル変化をとらえることができるかを調べた。その結果、蛍光共鳴エネルギー移動法を用いた膜電位プローブによって、ドーパミン受容体の刺激に伴う細胞応答をとらえることができた。
(4) 高速AFMによる1分子観察・操作(飯野、内橋):我々が以前開発した高速AFM/1分子蛍光顕微鏡複合機の1分子蛍光のS/Nを、金コートしたカンチレバー表面の電場増強を用いてさらに改善することに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

(1) 金属ナノプローブ1分子計測法の開発(飯野):粒径40nmの金ナノ粒子で、1Åの位置決定精度と1msの時間分解能を達成できた。さらに、より小さな粒径30nmの金ナノ粒子を1.9Åの位置決定精度と1ミリ秒の時間分解能でイメージングすることに成功した。
(2) 金属ナノプローブと蛍光の1分子複合計測(飯野):金ナノ粒子の散乱光とCy3の蛍光を同時にイメージングする複合計測装置の開発に成功した。また、金ナノ粒子表面の電場増強により、蛍光強度を2倍に改善することができた。
(3) 蛍光複合計測による1分子動態観察(笠井、飯野):蛍光共鳴エネルギー移動法を用いた細胞膜内層の膜電位状態を測定するプローブ(MCS+, Ma et al., Nat. Biotechnol., 2017)により、ドーパミン受容体の刺激に伴う細胞応答をとらえることに成功した。すなわち、ドーパミン受容体の刺激によって、細胞膜内層側の膜電位状態が変化すること、さらにこの反応は数十秒以上持続することを明らかにできた。
(4) 高速AFMによる1分子観察・操作(飯野、内橋):金コートしたカンチレバー表面の電場増強を用い、高速AFM/1分子蛍光顕微鏡複合機の蛍光シグナルを改善することに成功した。

Strategy for Future Research Activity

開発した1分子計測法の改良を継続しつつ、生体・人工・ハイブリッド発動分子の計測に取り組む。尚、来年度からは内橋は研究協力者から外れ、公募班代表者として本新学術領域に参画する。このため今後は、本課題の高速AFM部分は内橋が公募研究で担当する。
(1) 金属ナノプローブ1分子計測法の開発(飯野):リニア型生体発動分子のダイニンは、キネシン-1やミオシンVと異なり構成部品間の協調性がなくても一方向に運動できると考えられている。これらの非協調性生体発動分子の運動とエネルギー変換の仕組みを明らかにする。さらに、DNAオリガミ上を動く非天然ダイニン(A01-2班が創成)の計測を行い、運動素過程やエネルギー変換の機構を解明する。
(2) 金属ナノプローブと蛍光の1分子複合計測(飯野):異方的な環境場である生体膜でエネルギー変換を行う回転型生体発動分子V-ATPaseの1分子複合計測を行う。V-ATPaseは、回転運動を介してATPの化学エネルギーをイオンの電気化学ポテンシャルに変換する。回転運動とイオン輸送の素過程を可視化してその仕組みを明らかにする。さらに、A01-2班が創成する非天然型V-ATPaseの1分子複合計測を行う。
(3) 蛍光複合計測による1分子動態観察(笠井、飯野):生体膜中に組み込んだ人工発動分子を蛍光1分子観察し、発動分子が機能発現する過程を明らかにする。A01-1班の人工イオンチャネルの会合形成やA01-3班の人工分子針の伸縮運動と物質輸送を同時に計測して、仕組みを理解する。発動分子と輸送プローブを二色同時蛍光1分子観察し、ダイナミックな会合体形成や構造変化が物質輸送に繋がる仕組みを解明する。

  • Research Products

    (24 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 3 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 8 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] High-speed near-field fluorescence microscopy combined with high-speed atomic force microscopy for biological studies2019

    • Author(s)
      Umakoshi T, Fukuda S, Iino R, Uchihashi T, Ando T
    • Journal Title

      BBA Gereral Subjects

      Volume: 印刷中 Pages: -

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.03.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Simultaneous observation of kinesin-driven microtubule motility and binding of adenosine triphosphate using linear zero-mode waveguides2018

    • Author(s)
      Fujimoto K, Morita Y, Iino R, Tomishige M, Shintaku H, Kotera H, Yokokawa R
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 12 Pages: 11975-11985

    • DOI

      10.1021/acsnano.8b03803

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Off-axis rotor in Enterococcus hirae V-ATPase visualized by Zernike phase plate single-particle cryo-electron microscopy2018

    • Author(s)
      Tsunoda J, Song C, Lica Imai F, Takagi J, Ueno H, Murata T, Iino R, Murata K
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 15632

    • DOI

      10.1038/s41598-018-33977-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Processive chitinase is Brownian monorail operated by fast catalysis after peeling rail from crystalline chitin2018

    • Author(s)
      Nakamura A, Okazaki K, Furuta T, Sakurai M, Iino R
    • Journal Title

      Nature Commun.

      Volume: 9 Pages: 3814

    • DOI

      10.1038/s41467-018-06362-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Visualization of functional structure and kinetic dynamics of cellulases2018

    • Author(s)
      Nakamura A, Iino R
    • Journal Title

      Adv Exp Med Biol.

      Volume: 1104 Pages: 201-217

    • DOI

      10.1007/978-981-13-2158-0_10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Class-A GPCR dopamine D2 receptor forms transient dimers stabilized by agonists: detection by single-molecule tracking2018

    • Author(s)
      Kasai RS, Ito SV, Awane RM, Fujiwara TK, Kusumi A
    • Journal Title

      Cell Biochem. Biophys

      Volume: 76 Pages: 29-37

    • DOI

      10.1007/s12013-017-0829-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Single-molecule dynamics of protein molecular motors visualized by plasmonic nanoprobes2019

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      The workshop in NCCR
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 1分子計測、構造解析、シミュレーションで探るタンパク質分子モーターの作動機構2019

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第24回べん毛研究交流会
    • Invited
  • [Presentation] Molecular engines: An introduction2018

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      The 79th Okazaki Conference: Synthetic, Biological, and Hybrid Molecular Engines
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecular videography of protein molecular motors2018

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      Telluride Workshop on "Molecular Videography"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Commonalities and disparities in mechanisms of protein molecular motors revealed by single-molecule imaging analyses with plasmonic nanoprobes2018

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      1st SNU Evolutionary Materials Workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] バイオマス多糖を効率的に分解する生体分子モーターの作動原理2018

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第67回高分子討論会
    • Invited
  • [Presentation] Characterization and engineering of chitin-hydrolyzing Brownian linear motor from marine bacteria2018

    • Author(s)
      Akihiko Nakamura, Veda Boorla, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Ryota Iino
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
  • [Presentation] Multi-color single-molecule imaging with silver, gold, and silver/gold-alloy nanoparticles2018

    • Author(s)
      Jun Ando, Akihiko Nakamura, Mayuko Yamamoto, Ryota Iino
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
  • [Presentation] Single-particle tracking of motor domain of a processive dynein at microsecond time resolution and nanometer localization precision2018

    • Author(s)
      Jun Ando, Tomohiro Shima, Akihiko Nakamura, Akasit Visootsat, Mayuko Yamamoto, Takahide Kon, Ryota Iino
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
  • [Presentation] Estimating a diffusion model hopping on multiple energy surfaces from trajectories: Toward application to biomolecular motors2018

    • Author(s)
      Kei-ichi Okazaki, Akihiko Nakamura, Ryota Iino
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
  • [Presentation] Single Particle Analysis of EhV-ATPase by Phase-Plate electron cryo-microscopy2018

    • Author(s)
      Jun Tsunoda, Chihong Song, Yakushiji Fabiana Lica, Takeshi Murata, Hiroshi Ueno, Naoyuki Miyazaki, Kenji Iwasaki, Junichi Takagi, Ryota Iino, Kazuyoshi Murata
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
  • [Presentation] Transient dimer formation of G-protein coupled receptor: single fluorescent molecule imaging in live cells2018

    • Author(s)
      Kasai RS
    • Organizer
      The 3rd Biosignal Research Center International Symposium “Modulation of GPCR signaling by membrane heterogeneity and molecular clustering”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Gタンパク質共役型受容体の動的なダイマー形成:蛍光1 分子観察法による解明2018

    • Author(s)
      笠井倫志
    • Organizer
      日本農芸化学会 中部支部 第184回例会 若手シンポジウム “化学と生物のマリアージュ:若手研究者による生化学研究の新機軸”
    • Invited
  • [Presentation] Spontaneous activation in a transient GPCR dimer before ligation as revealed by dual-channel single fluorescent molecule imaging2018

    • Author(s)
      Kasai RS
    • Organizer
      日本生物物理学会第56回年会
  • [Presentation] Transient dimers of GPCRs are responsible for triggering GPCRs’ basic constitutive signals - A finding by the two-color single fluorescent-molecule tracking in living cells2018

    • Author(s)
      Kasai RS, Fujiwara TK, Kusumi A
    • Organizer
      Cold Spring Harbor meeting: Single Biomolecules
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 自然科学研究機構 分子科学研究所 飯野グループ

    • URL

      https://groups.ims.ac.jp/organization/iino_g/index.html

  • [Remarks] キチン加水分解酵素は熱ゆらぎを利用して一方向に動きながら結晶性バイオマスを分解する分子モノレールカー

    • URL

      https://www.ims.ac.jp/news/2018/09/19_4057.html

  • [Remarks] モータータンパク質とATPの結合を1分子で可視化することに成功

    • URL

      https://www.ims.ac.jp/news/2018/12/03_4138.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

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