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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Development of single-molecule methods measuring energy conversion processes of biological and synthetic molecular engines

Planned Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 18H05424
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

飯野 亮太  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 教授 (70403003)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 笠井 倫志  京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 助教 (20447949)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords1分子計測 / 分子モーター
Outline of Annual Research Achievements

(1)マルチカラー高速1分子イメージングを実現した。直径40 nmの金ナノ粒子、30 nmの銀ナノ粒子、30 nmの金銀合金ナノ粒子(金:銀=1:1)の散乱光を選択的に捉えるため、多色全反射暗視野顕微鏡を開発した。照明光学系はそれぞれの共鳴波長に合致したレーザー(404 nm, 473 nm, 561 nm)で構成し、3種のナノ粒子を同時に照明することができる。また、検出光学系にスリットを開いた分光器を用い、各波長の散乱像を同時に結像可能にした。得られた散乱像のシグナル/ノイズ比は高く、100マイクロ秒の時間分解能で2 nm、1ミリ秒の時間分解能で0.6 nmの位置決定精度を達成した。
(2)リニア分子モーターダイニンの高速高精度1分子計測を達成した。微小管上を正確に一歩ずつ前進するリニア分子モーターキネシンとは異なり、その歩行運動は前進だけでなく後退や横方向への動きを多く含む、酔っ払いのような歩き方であることが確認された。ダイニンの歩幅は、従来のミリ秒レベルの低速1分子計測で報告された値よりも小さく、レールである微小管上の結合部位間の最小間隔と同等であることを初めて明らかにした。本研究の成果は、リニア分子モーターの歩行運動の仕組みの多様性を明らかにし、人工分子でリニアモーターを実現する上で重要な指針を与えた。
(3)A01-1班の金原らが合成した膜貫通型新規人工チャネル分子の蛍光1分子観察を行い、退色回数から、刺激前の分子は最大6量体程度の安定会合状態として存在することが分かった。B1公募班・森本教授らが合成した、蛍光スイッチ分子・ジアリールエテンを観察し、蛍光1分子観察に用いることができるか検討した。金コロイドの蛍光観察を行い、既存の蛍光1分子観察法と組み合わせる、非褪色性プローブとして用いることが可能か検討を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1.金ナノ粒子、銀ナノ粒子、および金銀合金ナノ粒子の共鳴波長に合わせたレーザー光を用いた多波長全反射暗視野照明光学系、および分光器を適用した全波長同時検出光学系を開発し、金ナノ粒子、銀ナノ粒子、金銀合金ナノ粒子を識別して同時に高速、高精度イメージングすることに成功した(Ando J ACS Photonics 2019)。
2.開発した1分子オングストローム計測法を生体分子モーターに適用した。二本足のリニア分子モーターダイニンは従来考えられていたよりも小さな歩幅でふらふら歩くことを明らかにし、人工リニア分子モーターの設計指針を与えることに成功した(Ando J Sci Rep 2020)。
3.膜貫通型新規人工チャネル分子の蛍光1分子観察により、退色回数から刺激前の分子は最大6量体程度の安定会合状態として存在することを明らかとした。

Strategy for Future Research Activity

引き続き、開発した1分子計測法の改良を継続しつつ、生体・人工・ハイブリッド発動分子の計測に取り組む。
(1) 金属ナノプローブ1分子計測法の開発(飯野):A01-1班の金原、公募班の内橋らと協力し、生体分子や人工分子からなるリンカーを用いて多量体化したリニア発動分子キネシンの運動特性や協調性、および化学力学共役機構を解明する。
(2) 金属ナノプローブと蛍光の1分子複合計測(飯野):異方的な環境場である生体膜でエネルギー変換を行う回転型生体発動分子V-ATPaseの1分子複合計測を行う。V-ATPaseは、回転運動を介してATPの化学エネルギーをイオンの電気化学ポテンシャルに変換する。回転運動とイオン輸送の素過程を可視化してその仕組みを明らかにする。さらに、A01-2班が創成する非天然型V-ATPaseの1分子複合計測を行う。
(3) 蛍光複合計測による1分子動態観察(笠井、飯野):生体膜中に組み込んだ、A01-1班の人工イオンチャネルについて、リガンド刺激による会合体の変化を調べて動作機構を解明する。イオンプローブと同時観察し、ダイナミックな会合体形成や構造変化が物質輸送に繋がる仕組みを解明する。蛍光複合観察に適した新たな蛍光分子やラベル法の探索も引き続き行う。

  • Research Products

    (19 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 10 results) Remarks (3 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Journal Article] Small stepping motion of processive dynein revealed by load-free high-speed single-particle tracking2020

    • Author(s)
      Ando J, Shima T, Kanazawa R, Shimo-Kon R, Nakamura A, Yamamoto M, Kon T, Iino R
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 1080

    • DOI

      10.1038/s41598-020-58070-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-molecule imaging analysis reveals the mechanism of a high-catalytic-activity mutant of chitinase A from Serratia marcescens2020

    • Author(s)
      Visootsat A, Nakamura A, Vignon P, Watanabe H, Uchihashi T, Iino R
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 295 Pages: 1915-1925

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.012078

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Introduction: Molecular Motors2020

    • Author(s)
      Iino R, Kazushi Kinbara, Zev Bryant
    • Journal Title

      Chemical Reviews

      Volume: 120 Pages: 1-4

    • DOI

      10.1021/acs.chemrev.9b00819

    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Defining raft domains in the plasma membrane2020

    • Author(s)
      Kusumi A, Fujiwara TK, Tsunoyama TA, Kasai RS, Liu AA, Hirosawa KM, Kinoshita M, Matsumori N, Komura N, Ando H, Suzuki KGN
    • Journal Title

      Traffic

      Volume: 21 Pages: 106-137

    • DOI

      10.1111/tra.12718

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multicolor high-speed tracking of single biomolecules with silver, gold, silver-gold alloy nanoparticles2019

    • Author(s)
      Ando J, Nakamura A, Yamamoto M, Song C, Murata K, Iino R
    • Journal Title

      ACS Photonics

      Volume: 6 Pages: 2870-2883

    • DOI

      10.1021/acsphotonics.9b00953

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Visualizing Dynamic Motions of Protein Molecular Motors with Plasmonic Nanoprobes2020

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      The 1st International Symposium on Molecular Engine
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Processive chitinase: a burnt-bridge Brownian motor hydrolyzing crystalline polysaccharide2020

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      The symposium "Molecular Motors" at the Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Plasmonic nanoprobes visualizing dynamic motions of single motor proteins2019

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      Joint Meeting for Young Researchers "Frontiers in Imaging Probes and Technologies"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Watching motor protein dynamics with plasmonic nanoprobes2019

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      2nd East Asian Symposium on Single-Molecule Biological Sciences
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Visualizing dynamic motions of protein molecular motors with plasmonic nanoprobes2019

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      2019 Japan-Korea Molecular Science Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Watching dynamic motions of hydrolysis-powered protein motors with plasmonic nanoprobes2019

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      The 10th Toyota RIKEN internatonal workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecule dynamics of motor proteins visualized by plasmonic nanoprobes2019

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      2nd NIBB-Princeton Joint Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] プラズモニックナノプローブでタンパク質分子モーターの動きを観る2019

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      OCU先端光科学シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] プラズモニックナノ粒子を用いた分子モーターの高速高精度1分子イメージング2019

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第9回分子モーター討論会
    • Invited
  • [Presentation] バイオマス多糖を効率的に分解する生体分子モーターの作動原理2019

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      高分子学会バイオミメティクス研究会
    • Invited
  • [Remarks] 分子研飯野グループホームページ

    • URL

      https://groups.ims.ac.jp/organization/iino_g/index.html

  • [Remarks] 二本足のリニア分子モーターダイニンは小さな歩幅でふらふら歩く(飯野グループら)

    • URL

      https://www.ims.ac.jp/news/2020/01/24_4544.html

  • [Remarks] 光学顕微鏡によるマルチカラー高速高精度1分子観察を実現(飯野グループら)

    • URL

      https://www.ims.ac.jp/news/2019/11/25_4477.html

  • [Funded Workshop] The 1st International Symposium on Molecular Engine2020

URL: 

Published: 2021-01-27  

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