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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of single-molecule methods measuring energy conversion processes of biological and synthetic molecular engines

Planned Research

Project AreaMolecular Engine: Design of Autonomous Functions through Energy Conversion
Project/Area Number 18H05424
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

飯野 亮太  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 教授 (70403003)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 笠井 倫志  岐阜大学, 糖鎖生命コア研究所, 特任准教授 (20447949)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords1分子計測 / 分子モーター / 1分子イメージング
Outline of Annual Research Achievements

(1) リニア型生体発動分子キネシンは2量体であり、2本の足が協調してレールである微小管上を歩く。これまでに、人工分子PEGを用いて繋いだ生体/人工ハイブリッドキネシン2量体が高い協調性をもって正確に直進運動することを見出していた。今年度は、PEGの長さやキネシンのネックリンカー部の長さを様々に変えたハイブリッドキネシン2量体を作製し、その運動素過程を明らかにした。その結果、運動能を示したすべてのハイブリッドキネシンは、野生型と同様にハンドオーバーハンドで正確に直進運動を示すことが明らかとなった。これは、キネシンの分子設計が非常に頑強であることを示す結果である。
(2) 回転型生体発動分子V-ATPaseは、回転運動によりATPの化学エネルギーをイオンの電気化学ポテンシャルに変換する。これまでに、回転速度が低い変異体に加えて回転速度が高い野生型V-ATPaseの回転運動の素過程(ATP結合待ちおよびNaイオン結合待ちの一過的な停止と運動ステップ)を可視化した。今年度は、本成果を原著論文としてまとめ出版するとともに(Otomo A, PNAS 2022)、V-ATPaseの輸送イオンの選択性をNaイオンから水素イオンにさらに高めた非天然型V-ATPaseの作製に成功した。また、2倍のイオンを輸送する非天然型V-ATPaseの作製に関し、非常にポジティブなデータを得ることができた。
(3) A01-1班が合成した膜型人工高分子の人工膜中での動態の解明を進めた。C01-2班が作製した変異GPCRの活性化を1分子レベルで定量するプローブの開発と、それを用いた活性測定法の構築を行い、論文を出版した(Yamamoto T, Protein Science 2022)。公募研究・内橋班と共に、細胞間接着を担うGPCR、CELSRカドヘリンについて、接着に関わる最小の分子複合体を1分子レベルで観察し、接着構造の解明を進めた。さらに、CELSRカドヘリンが細胞間隙でトランス型の分子複合体を形成する様子を捉えることに成功した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (23 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 11 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Direct Observation of Stepping Rotation of V-ATPase Reveals Rigid Component in Coupling between Vo and V1 Motors2022

    • Author(s)
      Otomo A, Iida T, Okuni Y, Ueno H, Murata T, Iino R
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA

      Volume: 119 Pages: e2210204119

    • DOI

      10.1073/pnas.2210204119

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A methodology for creating mutants of G-protein coupled receptors stabilized in active state by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering2022

    • Author(s)
      Yamamoto T, Yasuda S, Kasai RS, Nakano R, Hikiri S, Sugaya K, Hayashi T, Ogasawara S, Shiroishi M, Fujiwara TK, Kinoshita M, Murata T
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 31 Pages: e4425

    • DOI

      10.1002/pro.4425

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Six states of Enterococcus hirae V-type ATPase reveals non-uniform rotor rotation during turnover2022

    • Author(s)
      Burton-Smith RN, Song C, Ueno H, Murata T, Iino R, Murata K
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2022.08.09.503272

    • Open Access
  • [Presentation] 生体・人工ハイブリッド分子モーターの創出と特性解析2023

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      分子研研究会 「生体分子材料を探る:発動分子のさらなる理解と設計に向けて」
    • Invited
  • [Presentation] Engineering rotary and linear molecular motor proteins2023

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      The 3rd NINS-Princeton Joint Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞外小胞を介したWntのシグナル伝達機構の解明2023

    • Author(s)
      笠井 倫志、鈴木 健一
    • Organizer
      2022年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 2色同時超解像動画観察によるGPI-アンカー型タンパク質の膜ドメイン形成機構の解明2023

    • Author(s)
      川合 登偉、笠井 倫志、廣澤 幸一朗、横田 康成、鈴木 健一
    • Organizer
      2022年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 細胞膜内層脂質ドメインによるシグナル伝達場形成の検証2023

    • Author(s)
      森 俊貴、廣澤 幸一朗、笠井 倫志、田口 友彦、横田 康成、鈴木 健一
    • Organizer
      2022年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] 高速AFMと局在化AFM法を用いた接着GPCRの細胞外領域の構造解析2023

    • Author(s)
      西口 茂孝、笠井 倫志、内橋 貴之
    • Organizer
      2022年度生物物理学会中部支部講演会
  • [Presentation] Single-molecule analysis and engineering of motor proteins2022

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      iNANO-IMS-ExCELLS Interdisciplinary Nanoscience Joint Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 分子モーターの動きをみる、動きをつくる2022

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第36回分子シミュレーション討論会
    • Invited
  • [Presentation] 分子モーターの動きをみる、動きをつくる2022

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      名古屋大学理学研究科談話会
    • Invited
  • [Presentation] 結晶性高分子分解酵素の反応サイクルの1分子イメージング解析2022

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第19回糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Engineering linear motor protein kinesin-12022

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      EASMB 2022 Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis and engineering of Na+-pumping V-ATPase2022

    • Author(s)
      Akihiro Otomo, Ryota Iino
    • Organizer
      EASMB 2022 Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Integrated research on rotary V-ATPase approached by single-molecule observation, biochemical assay, and protein engineering2022

    • Author(s)
      Akihiro Otomo, Ryota Iino
    • Organizer
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan "Tackle “Molecular Engine” by Early-career Researchers"
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis and engineering of molecular motor proteins2022

    • Author(s)
      Ryota Iino
    • Organizer
      Sendai 2022, An Update on Molecular Machines: Open Challenges and New Perspectives
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] リニア分子モーターキネシン1のエンジニアリング2022

    • Author(s)
      飯野亮太
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「発動分子エンジニアリング:タンパク質分子機械をいじり倒して実現する新機能」
    • Invited
  • [Presentation] Trans-dimer conformations of full-length ectodomains of Celsr cadherin in solution visualized using high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Nishiguchi S, Kasai R, Uchihashi T
    • Organizer
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [Presentation] Single molecule observation of polarity-related membrane proteins at the cell-cell interface; immobilization and accumulation of Frizzled2022

    • Author(s)
      Kasai RS, Nemoto YL
    • Organizer
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [Presentation] Reconstitution of exosomes into a patterned model membrane2022

    • Author(s)
      Yoshimura Y, Sugimachi A, Hayashi F, Hirosawa KM, Kasai RS, Suzuki KGN, Morigaki K
    • Organizer
      The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • [Remarks] 自然科学研究機構 分子科学研究所 飯野グループ

    • URL

      https://groups.ims.ac.jp/organization/iino_g/index.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] エクソソーム膜結合分子の解析方法2022

    • Inventor(s)
      森垣 憲一、鈴木 健一、笠井 倫志、廣澤 幸一朗
    • Industrial Property Rights Holder
      神戸大学、岐阜大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2022-132291

URL: 

Published: 2023-12-25  

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