2018 Fiscal Year Annual Research Report
Evolution of Yaponesians based on genome sequence analyses of modern humans
| Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
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| Project/Area Number |
18H05506
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (30192587)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (00192500)
吉浦 孝一郎 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
Jinam TimothyA 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 助教 (20648258)
松波 雅俊 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60632635)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2023-03-31
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| Keywords | ヤポネシア / 現代人ゲノム / 人類進化 / 日本列島人 / ゲノム多様性 / うちなる二重構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
計画研究A01班は、5年間で日本列島の50地域から各地最低50名のDNAを収集し、ゲノム解析をおこなう予定だが、初年度の2018年に、すでに沖縄で10地域（久米島、宮古島、石垣島、与那国島、波照間島、沖縄本島南部など；研究分担者の松波雅俊が所属する琉球大学医学部のコホートプロジェクトの協力を得た）、九州で2地域（南薩摩、五島列島）、その他で1地域（出雲）のDNAを収集して、ゲノム解析を進めている。五島列島のサンプルは、長崎大学医学部のコホートプロジェクトの協力を得た。特に、すでに全ゲノム規模SNPタイピングを終えている出雲と南薩摩については、本研究費と他の研究費をあわせて、60個体について全ゲノムデータを決定した。2019年度に解析を進める予定である。
現代ヤポネシア人の地域的なゲノム多様性を調べるために、以下の地域を訪問し、DNAサンプル収集の準備をおこなった：五島列島 (6月)、対馬 (9月、12月)、呉市 (12月)、松江市 (12月、3月)、福井市 (12月、3月末)、石垣島と与那国島 (2月)、鳥取市 (3月)、隠岐島後 (3月)。
このほか、井ノ上逸郎らのグループがHLAに関する大規模解析のコンソーシアムに参加し、論文をすでに発表した。また吉浦孝一郎らのグループが両親と子供のトリオについて全ゲノム配列を決定し、突然変異率を推定した論文を発表した。
なお、研究班会議を、2018年9月に長崎大学にて開催した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
研究実績の概要で記したように、すでに13地域からDNAサンプルを収集した。また、現代ヤポネシア人の地域的なゲノム多様性を調べるために、以下の地域を訪問し、DNAサンプル収集の準備をおこなった：五島列島 (6月)、対馬 (9月、12月)、呉市 (12月)、松江市 (12月、3月)、福井市 (12月、3月末)、石垣島と与那国島 (2月)、鳥取市 (3月)、隠岐島後 (3月)。どちらについても、当初の計画以上に進展している。
B03班の河合洋介研究分担者と協力して、河合のデザインしたジャポニカアレイでタイピングされたデータについて、10地域近い集団の比較を進めている。これも当初の計画以上に進展している研究状況である。
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| Strategy for Future Research Activity |
昨年度に策定した予定通り、現代人DNAのサンプリングを進める。2019年度から参加する公募研究のA04班のいくつかのグループとも共同でさらにDNA情報の収集をおこなう。
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[Journal Article] Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan2019
Author(s)
Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Timothy A. Jinam, Yosuke Kawai, Takehiro Sato, Kazuyoshi Hosomichi, Atsushi Tajima, Noboru Adachi, Hirofumi Matsumura, Kirill Kryukov, Naruya Saitou, and Ken-ichi Shinoda
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Journal Title
Anthropological Science
Volume: 127
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Genetic and phenotypic landscape of the major histocompatibilty complex region in the Japanese population2019
Author(s)
Hirata J, Hosomichi K, Sakaue S, Kanai M, Nakaoka H, Ishigaki K, Suzuki K, Akiyama M, Kishikawa T, Ogawa K, Masuda T, Yamamoto K, Hirata M, Matsuda K, Momozawa Y, Inoue I, Kubo M, Kamatani Y, Okada Y.
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Journal Title
Nature Genetics
Volume: 51
Pages: 470-480
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Detection of de novo single nucleotide variants in offspring of atomic-bomb survivors close to the hypocenter by whole-genome sequencing.2018
Author(s)
Horai M, Mishima H, Hayashida C, Kinoshita A, Nakane Y, Matsuo T, Tsuruda K, Yanagihara K, Sato S, Imanishi D, Imaizumi Y, Hata T, Miyazaki Y, and Yoshiura KI.
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 63
Pages: 357-363
DOI
Peer Reviewed
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