2019 Fiscal Year Annual Research Report
Evolution of Yaponesians based on genome sequence analyses of modern humans
| Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
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| Project/Area Number |
18H05506
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (30192587)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (00192500)
吉浦 孝一郎 長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
Jinam TimothyA 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 助教 (20648258)
松波 雅俊 琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60632635)
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| Project Period (FY) |
2018-06-29 – 2023-03-31
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| Keywords | ヤポネシア / 現代人ゲノム / 人類進化 / 日本列島人 / ゲノム多様性 / うちなる二重構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
計画研究A01班は、5年間で日本列島の50地域から各地最低50名のDNAを収集し、ゲノム解析をおこなう予定である。2019年度は、これまでにすでに決定した２集団（出雲市出身者と枕崎市在住者）のゲノム規模SNPデータを、理化学研究所のJapan BioBankのデータ、アイヌ人・沖縄人などの我々がすでに決定したデータ、１０００人ゲノムデータの中のCHB（北京の漢族）、韓国人などのデータと比較解析した結果、集団の系統パターンが斎藤の提唱した「内なる二重構造」モデルに適合していることを見いだした。論文を作成し、現在投稿準備中である（Jinam, 斎藤）。沖縄の宮古島在住者のゲノム規模SNPデータを決定・解析し、小さな島の中に大きな遺伝的多様性があることを見いだした。論文を作成し、現在投稿準備中である（松波, 斎藤）。長崎県在住者のDNAを収集し、ゲノム規模SNPデータを決定した。現在解析を進めている（吉浦、Jinam）。現代ヤポネシア人の地域的なゲノム多様性を調べるため、12月に奄美大島を訪問し、DNAサンプル収集の準備をおこなったが、３月に計画した唾液サンプルの提供を受けるための奄美大島訪問は、新型コロナウイルス感染拡大のため、来年度に延期した（斎藤、井ノ上）。KIR 遺伝子群を用いた集団遺伝学をおこなった。現在論文投稿を準備中である（井ノ上）。研究班会議を、2019年7月に国立遺伝学研究所にて開催した。ヒトゲノムDNA倫理審査の改訂版を国立遺伝学研究所の当該委員会に申請し、承認を得た。これにより、2020年度に佐渡島在住者などのゲノム規模SNPデータを解析する準備が整った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究実績の概要で記したように、すでに多くの地域からDNAサンプルを収集あるいは共同研究によりDNAデータを共有した。また、現代ヤポネシア人の地域的なゲノム多様性を調べるために、12月に奄美大島を訪問し、DNAサンプル収集の準備をおこなった。３月に奄美大島をもう一度訪問して、唾液サンプルの提供を受ける予定だったが、新型コロナウイルス感染拡大の影響により、訪問を延期した。
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| Strategy for Future Research Activity |
沖縄県の集団については、今後全ゲノム配列決定とその解析を進める。出雲市出身者と枕崎市在住者については、すでに全ゲノム配列を決定したので、他の集団のデータと比較解析をおこなう。佐渡島在住者のゲノム規模SNPデータを新潟大学の共同研究者と共有し、集団遺伝学的解析をおこなう。新型コロナウイルス感染拡大は2020年度にも続くと予想されるので、奄美大島をはじめとして、伊豆半島、隠岐諸島、対馬などの地域の人々について、新しい方法によるDNAサンプルの収集を検討している。これらあらたに収集するDNAサンプルは、まずゲノム規模SNPのタイピングをおこない、解析する。また班会議は、インターネットを用いたテレビ会議を開催する予定である。
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[Journal Article] Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan2019
Author(s)
HIDEAKI KANZAWA-KIRIYAMA, TIMOTHY A. JINAM, YOSUKE KAWAI, TAKEHIRO SATO, KAZUYOSHI HOSOMICHI, ATSUSHI TAJIMA, NOBORU ADACHI, HIROFUMI MATSUMURA, KIRILL KRYUKOV, NARUYA SAITOU, KEN-ICHI SHINODA
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Journal Title
Anthropological Science
Volume: 127
Pages: 83-108
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Evaluation of Face2Gene using facial images of patients with congenital dysmorphic syndromes recruited in Japan2019
Author(s)
Hiroyuki Mishima , Hisato Suzuki, Michiko Doi, Mutsuko Miyazaki, Satoshi Watanabe, Tadashi Matsumoto, Kanako Morifuji, Hiroyuki Moriuchi, Koh-ichiro Yoshiura, Tatsuro Kondoh, Kenjiro Kosaki
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 64
Pages: 789-794
DOI
Peer Reviewed
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