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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Evolution of Yaponesians based on genome sequence analyses of modern humans

Planned Research

Project AreaDeciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data
Project/Area Number 18H05506
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

斎藤 成也  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特任教授 (30192587)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 井ノ上 逸朗  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 教授 (00192500)
吉浦 孝一郎  長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 教授 (00304931)
Jinam TimothyA  国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 助教 (20648258) [Withdrawn]
松波 雅俊  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60632635)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywordsヤポネシア人 / 現代人ゲノム / ゲノム進化 / オキナワ人 / ヤマト人
Outline of Annual Research Achievements

以下の地域の住民からDNAサンプルを入手した:沖縄、中国(鳥取県)、関東(八丈島)。具体的には、4人の祖父母がすべてその地域出身者である提供者50名をえらび、本研究について説明してインフォームドコンセントを取得し、DNAサンプルの供与を受けた。沖縄地域は松波(琉球大学)が、中国域と関東地域については、斎藤がサンプリングを担当した。全ゲノムSNP多型データが未決定の人間について、ゲノム規模SNPデータを決定した。一部個体についてはゲノム配列決定をおこなう予定である。鳥取県のデータはすでに解析がおわっているが、まだ論文作成にはいたっていない。
なお、八丈島については、その方言が日本語方言のなかできわめて古い形を残しており、言語学的に特異な地位を占めているので、ゲノムDNAの解析もすることになった。ただ、3月に訪問した際には十分な人数のサンプルを集めることができなかったので、来年度になるが、2023年6月にもう一度八丈島を訪問し、講演をおこなって、そのあと唾液サンプルを希望者から収集する予定である。
一方、縄文時代の糞石から古代ウイルスを検出し、塩基配列を決定して解析した。論文を2編発表した。この研究は班員の井ノ上逸朗が中心となっておこなった。
斎藤成也は、ゲノム進化についての教科書『ゲノム進化学』の執筆を終了し、現在校正中である。2023年6月中旬に共立出版から出版の予定である。新学術領域ヤポネシアゲノムの成果の一部も、この教科書で紹介した。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2022

All Journal Article (2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Extraction of CRISPR-targeted sequences from the metagenome2022

    • Author(s)
      Sugimoto Ryota、Nishimura Luca、Nguyen Phuong Thanh、Inoue Ituro
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 3 Pages: 101525~101525

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2022.101525

  • [Journal Article] Detection of Ancient Viruses and Long-Term Viral Evolution2022

    • Author(s)
      Nishimura Luca、Fujito Naoko、Sugimoto Ryota、Inoue Ituro
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 14 Pages: 1336~1336

    • DOI

      10.3390/v14061336

  • [Presentation] External Edge Elimination (3E) method for phylogeney construction2022

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Organizer
      日本進化学会第24回大会
  • [Presentation] ヤポネシア人の起源をもとめて2022

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Organizer
      日本遺伝学会第94回大会
  • [Presentation] ヤポネシア人への道 はるかなり2022

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Organizer
      日本遺人類学会・日本霊長類学会合同大会
  • [Presentation] ゲノムから探る日本列島人の起源と成立2022

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Organizer
      日本股関節学会学術集会
  • [Presentation] ゲノム情報から復元された琉球列島人の集団史2022

    • Author(s)
      松波雅俊
    • Organizer
      東京外国語大学アジア・アフリカ言語文化研究所・海外学術フォーラム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヤポネシアのしっぽの集団ゲノミクス:これまでとこれから2022

    • Author(s)
      松波雅俊
    • Organizer
      第76回日本人 類学会大会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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