2005 Fiscal Year Annual Research Report
トランスクリプトーム解析のためのDNA/RNA/タンパク質分子アレイプラットフォーム構築
Project/Area Number |
04F04404
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
牧野 圭祐 京都大学, 国際融合創造センター, 教授
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
PACK S.P. 京都大学, 国際融合創造センター, 外国人特別研究員
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Keywords | 生体高分子間相互作用 / デオキシオキザノシン / アミダイトモノマー / DNAオリゴマー化学合成 / 分子間架橋形成 / DNA認識酵素 / 複合体解析 |
Research Abstract |
生命現象維持基盤の大きな要因であるDNA、RNA、タンパク質からなる相互作用解明のために、釣り針としてデオキシオキザノシンあるいはオキザノシンを持ったDNAあるいはRNAオリゴマーを開発し、実際の系で確認を行うことを目的とし、以下の研究を行った。 1.デオキシオキザノシン(dOxo)の核酸合成用モノマー合成法開発:デオキシグアノシンの弱酸性亜硝酸との反応でデオキシオキザノシンを合成し(収率15%)、イミダゾールとdiisopropylethylammonium mesylateを触媒とした5'-0-選択的トリチル化で5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)-dOxo (DMT-dOxo)を得た(収率70%)。続いてDMT-dOxoから常法でDMT-dOxoアミダイトモノマーを得た(収率72.5%)。得られた化合物は全て、核磁気共鳴法および質量分析法で解析した。 2.任意の位置にdOxoをもったDNAオリゴマーの化学合成法開発:1で開発したモノマーを用い、核酸自動合成器を用いてDNAオリゴマー化学合成を行い、Oxaの導入率93%以上を確認した。全合成の平均カップリング収率も97%程度であった。なおDNAオリゴマーのCPGサポートからの切り出しおよび塩基部脱保護は、NaOHを用いて行うことで成功した。dOxoは任意の位置に導入可能であることを確認した。 3.特異的塩基配列を持ったDNAオリゴマーを認識するタンパク質の単離:化学合成したDNAオリゴマーを用い、DNA認識酵素の例として既知修復酵素との相互作用をゲル電気泳動法で解析し、認識過程でオリゴマーと酵素間に架橋が生じることを確認した。この複合体は単離可能であり、以後の解析を行うことが可能である。
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Research Products
(4 results)