ヒトゲノム構造解析ツールとしての高密度genomic DNAマイクロアレイの開発

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15012217
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 井本 逸勢 (橘 逸勢) 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教授 (30258610)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
• Keywords: ゲノム / アレイ / コピー数異常

Research Abstract

現在の豊富なゲノム情報と資源のもとで、ヒト疾患のゲノム一次構造のhigh-throughputな検出ツールとして重要となる、高精度・高感度のゲノムDNAマイクロアレイの開発研究ならびに、これを用いたヒト疾患のゲノム一次構造解析を推進し、以下の結果を得た。
1.実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイの作製と解析技術開発
これまでに収集・単離したBAC・PACなどのゲノムDNAをもとに、アダプターPCR法を利用してスポット用のDNA断片を大量に作製し、これらをスライドグラス上にインクジェット方式のスポッターによりアレイ化した実用レベルの高密度ゲノムDNAマイクロアレイの作製を引き続き進めた。これまで、(1)癌関連遺伝子を主とする800種類のクローンからなるアレイ、(2)1p36のコンティグを含む特定の染色体領域の詳細な解析を行う高密度アレイ、(3)4500種類のクローンで300Mbのヒトゲノムをカバーするゲノムワイドなコピー数の異常のスクリーニング用アレイの作製と改良(バージョンアップ)を行うとともに、これらを用いた解析技術・分析方法などの整備をおこなった。
さらにX染色体専用あるいは遺伝疾患診断用など、他の用途のアレイ作製のためのクローン収集・単離などのリソース準備やゲノム情報解析などを進めた。
2.実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイの精度管理、ならびにヒト疾患におけるゲノム異常解析
作製した実用レベルのゲノムDNAマイクロアレイは、実際の検体を用いた解析によりアレイの精度・分解能・定量性・再現性などの評価を行っている。
さらに、ヒト癌細胞株やヒト臨床検体(癌ならびに遺伝疾患)を対象にコピー数異常の検出を行った。従来のCGH解析や試作レベルのDNAマイクロアレイでは検出できなかったホモ欠失や増幅あるいは微細なヘミ欠失や重複などを検出し、どのアレイにおいても1コピーの変化の検出が可能であることを確認するとともに、これまで知られていなかった異常を検出した領域については、個別に解析を行い病態に関連する遺伝子の同定を進めている。

Research Products

• [Publications] Imoto I, Inazawa J, et al.: "Identification of ZASC1 encoding a Kruppel-like zinc finger protein as a novel target for 3q26 amplification in esophageal squamous-cell carcinomas."Cancer Research. 63. 5691-5696 (2003)
• [Publications] Hirasawa A, Imoto I, Inazawa J, et al.: "Unfavorable prognostic factors associated with high frequency of microsatellite instability and comparative genomic hybridization analysis in endometrial cancer."Clinical Cancer Research. 9. 5675-5682 (2003)
• [Publications] Yokoi S, Imoto I, Inazawa J, et al.: "TERC identified as a probable target within the 3q26 amplicon that is detected frequently in non-small cell lung cancers."Clinical Cancer Research. 9. 4705-4713 (2003)
• [Publications] Hirasawa A, Imoto I, Inazawa J, et al.: "Association of 17q21-q24 gain in ovarian clear cell adenocarcinomas with poor prognosis and identification of PPM1D and APPBP2 as likely amplification targets."Clinical Cancer Research. 9. 1995-2004 (2004)
• [Publications] Yu W, Imoto I, Inazawa J, et al.: "GPC5 is a possible target for the 13q31-q32 amplification detected in lymphoma cell lines."Journal of Human Genetics. 48. 331-335 (2003)
• [Publications] Yasui K, Imoto I, Inazawa J, et al.: "Alteration of copy numbers of genes as a mechanism for acquitted drug resistance."Cancer Research. (印刷中). (2004)