微細染色体構造異常の検出を可能とする高精度CGHアレイの開発と実用化

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15390112
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 稲澤 譲治 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (30193551)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 水谷 修紀 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (60126175) ; 斎藤 深美子 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助手 (10158917) ; 井本 逸勢 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教授 (30258610) ; 有井 滋樹 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (50151171)
• Keywords: 微細ゲノム構造異常 / 自閉症 / 遺伝疾患 / 染色体異常症 / がん / CGHアレイ / 網羅的 / メチル化

Research Abstract

高精度CGH(comparative genomic hybridization)アレイを開発し、遺伝疾患や癌細胞に起きた微細ゲノム構造異常の探索を染色体ワイドに実施して、検出した疾患特異的ゲノム構造異常を糸口に、疾患の発症に関連する遺伝子を同定することを目的に研究を進め、以下の成果が得られた。
1.総数900種を超える種々の癌においてゲノムコピー数異常を解析しデータベースを構築した。(http://www.cghtmd.jp/)
2.新規の遺伝子増幅領域を探索し、食道扁平上皮癌のcIAP1,ZASC1、神経芽細胞腫のPPM1Dをはじめとする種々の標的癌関連遺伝子を明らかにした。
3.総数5,535個のBACクローンを搭載した高密度、高精度ゲノムアレイを構築した。これを用いて、微細ヘミ欠失を検出することが可能になっており、従来、本態不明とされてきた遺伝的背景の強い疾患群において、疾患遺伝子同定の糸口となるゲノム構造異常を特定することに期待がかかる。
4.ゲノムアレイの応用により、メチル化DNA領域の網羅的検出を可能とするシステムを構築した。これにより、神経芽細胞腫において分化のスイッチのON/OFFに関与する可能性のある遺伝子が同定されてきている。
5.ゲノムアレイで、従来では明らかにされることの無かった新規のホモ欠失領域の複数を、種々の癌に見出だし、同領域より癌抑制遺伝子候補を特定しつつある。

Research Products

• [Publications] Yasui K, Inazawa J et al.: "Alteration in Copy-Numbers of Genes as a Mechanism for Acquired Drug Resistance"Cancer Research. 64. 1403-1410 (2004)
• [Publications] Hirasawa A, Inazawa J et al.: "Relationship between Prognostic Factors and the Biological Mechanisms Accounting for Genetic Instability in Endometrial Adenocarcinoma of the Uterus"Clinical Cancer Research. 15. 5675-5682 (2003)
• [Publications] Okamoto H, Inazawa J et al.: "PTK2 and EIF3S3 Genes May be Amplification Targets at 8q23-q24 and Are Associated with Large Hepatocellular Carcinomas"Hepatology. 38. 1242-1249 (2003)
• [Publications] Imoto I, Inazawa J et al.: "Identification of ZASC1 Encoding a Kruppel-like Zinc Finger Protein as a Novel Target for 3q26 Amplification in Esophageal Squamous Cell Carcinomas"Cancer Research. 63. 5691-5696 (2003)
• [Publications] Yokoi S, Inazawa J et al.: "TERC Identified as a probable target within the 3q26 amplicon that is detected frequently in non-small cell lung cancers"Clinical Cancer Research. 15. 4705-4713 (2003)
• [Publications] Hirasawa A, Inazawa J et al.: "Association of 17q21-q24 Gain in Ovarian Clear Cell Adenocarcinomas with Poor Prognosis and Identification of PPM1D and APPBP2 as Likely Amplification Targets"Clinical Cancer Research. 9. 1995-2004 (2003)
• [Publications] 稲澤譲治: "生命科学"東京化学同人. 228 (2004)