Reverse SAGEを用いた新規胃癌特異的遺伝子の同定とその機能解析

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15790183
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: 大上 直秀 広島大学, 大学院・医歯薬学総合研究科, 助手 (60346484)
• Keywords: SAGE / gene expression profile / REGIV / gastric cancer / invasion / metastasis

Research Abstract

胃癌特異的に発現している遺伝子を同定することを目的し、早期胃癌1例、進行胃癌3例、胃癌のリンパ節転移1例をSAGE法を用いて遺伝子発現を網羅的に解析した。SAGEライブラリー合計約1万クローンを解析し、約14万tagが得られた。これらのデータは公的な遺伝子発現データベースであるGEOに登録している(GSE545,SAGE Hiroshima gastric cancer tissue)。これらのSAGEライブラリーのデータより、われわれはCDH17、APOE等の浸潤、転移に関わる多数のマーカーを同定した。さらに、GEOに登録されている種々の全身正常組織のSAGEライブラリーとの比較により、われわれは胃癌にほぼ特異的に発現している遺伝子としてREGIVを同定し、報告した(Cancer Res,2004)。その他では、スキルス胃癌特異的に発現している遺伝子に対してSpecifically Expressed in Scattered-type gastric carcinoma (SES)と仮名をつけ、reverse SAGE法にてクローニングを行っている。SES1については、pyruvate dehydrogenase kinase, isoenzyme 4として最近報告された。本遺伝子については胃癌特異性は報告されておらず、現在胃癌特異性をリアルタイムRT-PCRにて検討中である。SES3についてはcytokine receptor-like factor 2として同定され、全身臓器にて発現を確認したところ、多くの正常臓器で発現しており、明らかな胃癌特異性については確認できなかった。SES2についてはreverse SAGE法によるクローニングを現在行っている。いくつかの遺伝子断片を得ているが、全長のクローニングにはいたっておらず、現在も全長をクローニング中である。

Research Products

• [Publications] Naohide Oue: "Gene expression profile of gastric carcinoma : identification of genes and tags potentially involved in invasion, metastasis, and carcinogenesis by serial analysis of gene expression"Cancer Research. (in press). (2004)
• [Publications] Wataru Yasui: "Histone acetylation and gastrointestinal carcinogenesis"ANNALS of the New York Academy of Sciences. 983. 220-231 (2003)
• [Publications] Yasuhiro Oshimo: "Frequent epigenetic inactivation of RIZ1 by promoter hypermethylation in human gastric carcinoma"International Journal of Cancer. (in press). (2004)
• [Publications] Tomohiro Kondo: "Expression of POT1 is associated with tumor stage and telomere length in gastric carcinoma"Cancer Research. 64(2). 523-529 (2004)
• [Publications] Naohide Oue: "DNA methylation of multiple genes in gastric carcinoma : Association with histological type and CpG island methylator phenotype"Cancer Science. 94(10). 901-905 (2003)
• [Publications] Naohide Oue: "Reduced expression of the TSP1 gene and its association with promoter hypermethylation in gastric carcinoma"Oncology. 64(4). 423-429 (2003)