2016 Fiscal Year Annual Research Report
Uncovering roles of PML bodies in transcription
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15H05586
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| Research Institution | Okazaki Research Facilities, National Institutes of Natural Sciences |
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Principal Investigator |
宮成 悠介 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 特任准教授 (60469608)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | クロマチン構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまで、PML bodyは、アポトーシスや抗ウイルス効果がある核内構造体として知られてきた。PML bodyとクロマチンが相互作用することによって、ゲノム機能が調整されると予想されるが、その詳細は明らかになっていない。これまでに、PML bodyとクロマチンの相互作用を解析するために、APEX-ChIP法の開発をおこなってきた。本年度は、APEX-ChIP法の条件を更に改良することで、品質の良いライブラリーの作成を試みた。そのサンプルを次世代シーケンサーを用いて解析したところ、PML bodyと特異的に相互作用するゲノム領域を同定することに成功した。更に、PML をノックアウトしたES細胞を作製し、その細胞内における遺伝子発現のプロファイリングをRNA-seq法を用いて解析したところ、PML bodyと相互作用するゲノム領域において、顕著な発現変動を観察することができた。このことは、PML bodyとクロマチンが相互作用することにより、遺伝子発現が調節されていることを強く示唆している。更に、RNA-DNA-FISH法を用いることにより、3次元の核内空間においてPML bodyと標的ゲノム領域がどのような頻度で相互作用しているかを解析したところ、APEX-ChIPによって同定されたPML bodyと相互作用するゲノム領域は、やはりFISH法によっても頻度よくPML bodyと共局在することがあきらかとなった。現在、PML bodyとクロマチンの相互作用によって引き起こされる遺伝子発現の制御機構を明らかにするために、様々な分子生物学的実験のセットアップをおこなっていることろである。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
APEX-ChIPおよびRNA-Seqによって、PML bodyによって制御される遺伝子リストを同定することができ、それら遺伝子群への影響をモニターすることに成功した。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、PML bodyによる転写制御機構を分子レベルで解析するために、PMLがどのようにゲノムと相互作用し、その相互作用が転写反応に及ぼす影響を解析する。
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| Remarks |
特になし
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Research Products
(3 results)
