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2008 Fiscal Year Annual Research Report

生育環境の異質性が植物種にもたらす選択圧と種内分化を促進する機構についての解析

Research Project

Project/Area Number 19570085
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

瀬戸口 浩彰  Kyoto University, 大学院・人間・環境学研究科, 准教授 (70206647)

Keywords自然選択 / 多様性 / 地質固有種 / 蛇紋岩 / 渓流環境 / 高山環境
Research Abstract

「蛇紋岩/通常土壌」、「渓流帯/林床」そして「高緯度/低緯度」、「高標高/低標高」のように生育環境が異なる実験系において、環境からもたらされる自然選択圧が、どのような遺伝子座に影響しているのかを検出することを目的にして研究を行った。
「渓流帯/林床」では西表島でリュウキュウツワブキとツワブキ、「高標高/低標高」では伊吹山と藤原岳(三重県)でイブキハタザオとハクサンハタザオを用いて、AFLPを使ったゲノミックスキャンで中立進化から外れる遺伝子座(outlier loci)を網羅的に探索した。「蛇紋岩/通常土壌」では、高知県下でヤナギノギクとヤマジノギク,ソナレノギク,ハマベノギクについて解析を行った。「高緯度/低緯度」と「高標高/低標高」が重複した環境傾度については、南北分化を起こしたミヤマタネツケバナでは解析対象を具体的な遺伝子に絞り込んで、フィトクロム遺伝子群phyA〜phyEまでの塩基配列を解析して、非中立進化を検証した。そして期待したとおりの結果が得られ、4本の論文にして受理された。ヤナギノギクとヤマジノギク,ソナレノギクについては,蛇紋岩耐性が平行進化の結果として獲得されたことが示唆され,論文にまとめた。
リュウキュウツワブキとツワブキの間では、AFLPでこのようなoutlier lociを発見できなかった。そこで両者が混生する集団において、遺伝子流動をマイクロサテライトマーカーで調べたところ、両者間には頻繁な遺伝子流動が生じていた。同一個体の種子から形成される子株には様々な葉形態のものが形成されており、これが発芽、定着した場所で流水などの自然選択圧によって淘汰されているものと思われる。イブキハタザオとハクサンハタザオではAFLPで検出した総アリルの約4%がoutlierで、分類とは関係なく標高の環境傾度に沿って選択的に見出された。

  • Research Products

    (15 results)

All 2009 2008

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 12 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Genetic structure among and within populations of serpentine endemic Heteropappus hispidus ssp. leptocladus (Compositae)2009

    • Author(s)
      Yokoo, T., Kobayashi, S., Fujikawa, S., Oginuma, K., Mitsui, Y., Ikada, H., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Biochemical Systematics and Ecology

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molelular evolution of phytochromes in Cardamine nipponica (Brassicaceas) suggests the involvement of PHYE in local adaptation2009

    • Author(s)
      Ikeda, H., Fujii, N., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Genetics

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Geographical variation in leaflet of Cycas revoluta (Cycadaceae) on the Ryukyu Islands.2009

    • Author(s)
      Kvoda, S., Maeda, Y., Nomura, N. Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Journal of Phytogeography and Taxonomy

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic structyre of refugial populations of the temperate plant Shortia rotundifolia (Diapensiaceae) on a subtropical isand2009

    • Author(s)
      Dan, T., Ikeda, H., Mitsui, Y., Isagi, Y., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Conservation Genetics

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation and characterization of microsatellite loci in Ainsliaea faurieana (Asteraceae), an endemic plant species on Yakushima Island, Japan, and cross-species amplification in closely related taxa.2009

    • Author(s)
      Mitsui, Y., Isagi, Y., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Molecular Ecology Resources

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Glacial range expansions and postglacial fragmentations shaped homogenusgenetic structure of Arcterica nana (Maxim. ) Makino (Ericaceae).2009

    • Author(s)
      Ikeda H., Setoguchi H.
    • Journal Title

      Journal of Plant Research 122

      Pages: 141-151

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High mountains in the Japanese archipelago were refugia of arctic-alpine plants : phylogeography of Loiseleuria procumbens (L. ) Desvaux.2009

    • Author(s)
      Ikeda, H. Senni, K., Fujii, N., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Biological Journal of the Linnean Society

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic diversity and geographical structure of the pitcher plant in New Caledonia : a chloroplast DNA haplotype analysis.2008

    • Author(s)
      Kurata, K., Jaffre, T., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      American Journal of Botany 95

      Pages: 1632-1644

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Plant-size and leaf dimorphism of vulnerable species Ilex dimorphophylla (Aquifoliacee) on Amamioshima Island in the Ryukyu Archipelago.2008

    • Author(s)
      Setoguchi, H., Nakagawa, M., Momohara, A.
    • Journal Title

      Journal of Phytogeography and Taxonomy 56

      Pages: 7-11

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple sequences of chloroplast and nuclear DNA revealed postglacial range contraction and strong bottleneck in Cardamine nipponica Franch. et Savat. (Brassicaceae).2008

    • Author(s)
      Ikeda, H. Senni, K., Fujii, N., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Molecular Ecology 17

      Pages: 3178-3188

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Karyomorphology of Corylopsis glabrecens and C. gotoana endemic to Japan (Hamamelidaceae ; Hamamelidoideae).2008

    • Author(s)
      Kono, Y., Okada, M., Setoguchi, H., Oginuma, K.
    • Journal Title

      Chromosome Science 3

      Pages: 27-29

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinct geographic structure across species units evidenced by chloroplast DNA haplotypes and nuclear ribosomal ITS genotypes of Corylopsis (Hamamelidaceae) in the Japanese islands.2008

    • Author(s)
      Yamanaka, M., Kobayashi, S., Setoguchi, H.
    • Journal Title

      Botanical Journal of the Linnean Society 157

      Pages: 501-518

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] PHYE遺伝子によるコメバツガザクラ(Arcterica nana)の系統地理2009

    • Author(s)
      池田啓, 瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物分類学会第8回大会
    • Place of Presentation
      東京エレクトロンホール宮城
    • Year and Date
      2009-03-13
  • [Presentation] ミヤマタネツケバナ(Cardamine nipponica)のPHYE光センサードメインにおける南北間での適応心的分化2008

    • Author(s)
      池田啓, 藤井紀行, 瀬戸口浩彰
    • Organizer
      日本植物学会第72回大会
    • Place of Presentation
      高知大学
    • Year and Date
      2008-09-15
  • [Presentation] Vicariance and Evolutionary History of Cardamine nipponica (Brassicaceae), Japanese endemic alpine plant.2008

    • Author(s)
      Ikeda H, Senni K, Fujii N, Setoguchi H.
    • Organizer
      Botany 2008(アメリカ合衆国植物学会)
    • Place of Presentation
      ブリティッシュコロンビア大学
    • Year and Date
      2008-07-20

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Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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