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2008 Fiscal Year Final Research Report

Molecular organization and dynamics in chromatin domains for gene expression control

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 19570169
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Molecular biology
Research InstitutionMeisei University

Principal Investigator

SHIMIZU Mitsuhiro  Meisei University, 理工学部, 教授 (80231364)

Research Collaborator MITCHELL Aaron P.  米国カーネーギーメロン大学, 教授
KURUMIZAKA Hitoshi  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)
MOROHASHI Nobuyuki  明星大学, 大学院・理工学研究科・博士後期課程
ITO Sayaka  明星大学, 大学院・理工学研究科・博士前期課程
KANBA Kohei  明星大学, 大学院・理工学研究科・博士前期課程
HAYAKAWA Shin-ichi  明星大学, 大学院・理工学研究科・博士前期課程
FUJITA Masashi  明星大学, 大学院・理工学研究科・博士前期課程
Project Period (FY) 2007 – 2008
Keywordsゲノム / 遺伝子 / 発現制御 / 転写制御 / クロマチン / ヌクレオソーム / ヒストン / 酵母
Research Abstract

真核生物のゲノムDNAはヒストンと結合し、ヌクレオソーム、クロマチンとして核内に収納されている。遺伝子発現におけるクロマチンの機能を明らかにすることを目的として、まず、ヒト由来His_6タグ付ヒストンH3バリアントを酵母で発現させ、それを含む酵母ミニ染色体を容易に精製する系を構築した。さらに、ゲノム遺伝子座におけるヌクレオソーム配置のダイナミックな変化が、転写制御に本質的な機能を有することを示した。

  • Research Products

    (21 results)

All 2009 2008 2007

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (15 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Solution Structures and DNA Binding Properties of the N-terminal SAP Domains of SUMO E3 Ligases from Saccharomyces cerevisiae and Oryza sativa2009

    • Author(s)
      Rintaro Suzuki, Heisaburo Shindo, Akira Tase Yoshiko Kikuchi, Mitsuhiro Shimizu, Toshimasa Yamazaki
    • Journal Title

      PROTEINS 75

      Pages: 336-347

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vivo and in vitro footprinting of nucleosomes and transcriptional activators using an infrared-fluorescence DNA Sequencer2008

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi, Kumiko Nakajima, Shunsuke Kuwana, Hiroaki Tachiwana, Hitoshi Kurumizaka, Mitsuhiro Shimizu
    • Journal Title

      Biol.Pharm.Bull. 31

      Pages: 187-192

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptional repression by the Pho4 transcription factor controls the timing of SNZ1 expression2008

    • Author(s)
      Masafumi Nishizawa, Tae Komai, Nobuyuki Morohashi, Mitsuhiro Shimizu, Akio Toh-e
    • Journal Title

      Eukaryotic Cell 7

      Pages: 949-957

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 5-Bromouracil disrupts nucleosome positioning by inducing A-form-like DNA conformation in yeast cells2008

    • Author(s)
      Kensuke Miki, Mitsuhiro Shimizu, Fujii, M., Hossain, M. N., Dai Ayusawa
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res.Commun. 368

      Pages: 662-669

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A nucleosome positioned by α2/Mcm1 prevents Hap1 activator binding in vivo2007

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi, Kumiko Nakajima, Daichi Kurihara, Yukio Mukai, Aaron P. Mitchell, Mitsuhiro Shimizu
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res.Commun. 364

      Pages: 583-588

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 出芽酵母HOP1遺伝子の転写抑制におけるヌクレオソームポジショニングの役割2009

    • Author(s)
      伊藤沙弥香, 諸橋伸行, 栗原大地, Aaron P. Mitchell, 清水光弘
    • Organizer
      日本薬学会第129年会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      20090326-20090328
  • [Presentation] DNA構造によるクロマチンの改変と人為的遺伝子発現制御2008

    • Author(s)
      藤田仁, 諸橋伸行, 棚瀬潤一, 大山隆, 清水光弘
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] 出芽酵母におけるヒト由来ヒストンH3バリアントの発現2008

    • Author(s)
      早川新一, 諸橋伸行, 立和名博昭, 胡桃坂仁志, 清水光弘
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] 出芽酵母PHO5の転写制御におけるヌクレオソーム配置の役割2008

    • Author(s)
      神庭昂平, 森智, 諸橋伸行, 清水光弘
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] Ume6による転写抑制におけるヌクレオソームポジショニングの役割2008

    • Author(s)
      伊藤沙弥香, 諸橋伸行, 栗原大地, Aaron P. Mitchell, 清水光弘
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] 遺伝子発現に有利なクロマチン構造の人為的構築2008

    • Author(s)
      伊藤美月, 棚瀬潤一, 山内恵里, 清水光弘, 大山隆
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-20081212
  • [Presentation] Nucleosome placement governs PHO5 expression in the yeast genome2008

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi, Satoru Mori, Kohei Kanba, Aaron P. Mitchell, Mitsuhiro Shimizu
    • Organizer
      8th EMBL Transcription Meeting
    • Place of Presentation
      Heidelberg, Germany
    • Year and Date
      20080823-20080827
  • [Presentation] Functional analysis of nucleosomes in PHO5 regulation in the yeast genome2008

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi, Satoru Mori, Kohei Kanba, Aaron P. Mitchell, Mitsuhiro Shimizu
    • Organizer
      2008 Yeast Genetics and Molecular Biology Meeting
    • Place of Presentation
      Toronto, Canada
    • Year and Date
      20080722-20080727
  • [Presentation] 酵母ゲノムにおけるヌクレオソームの構造?機能解析 第8回日本蛋白質科学界年会ワークショップ2008

    • Author(s)
      清水光弘, 諸橋伸行, 伊藤沙弥香, 神庭昂平, 早川新一, 藤田仁
    • Organizer
      構造から理解するDNAタンパク質の機能
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20080610-20080612
  • [Presentation] 酵母ゲノムにおけるクロマチン工学2007

    • Author(s)
      清水光弘, 諸橋伸行, 森智, 神庭昂平, 大山隆
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会 ワークショップ
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071211-20071215
  • [Presentation] クロマチン工学のストラテジー2007

    • Author(s)
      大山隆, 棚瀬潤一, 伊藤美月, 三谷匡, 清水光弘
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会 ワークショップ
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071211-20071215
  • [Presentation] In vivo においてα2-Mcm1依存的ヌクレオソームポジショニングはアクチベーターの結合を阻害する2007

    • Author(s)
      諸橋伸行, 中島久美子, Aaron P. Mitchell, 清水光弘
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071211-20071215
  • [Presentation] 出芽酵母減数分裂初期遺伝子HOP1におけるクロマチンを介した転写抑制機構の解析2007

    • Author(s)
      伊藤沙弥香, 栗原大地, 諸橋伸行, 清水光弘
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071211-20071215
  • [Presentation] クロマチン工学による出芽酵母ゲノムPHO5遺伝子の人為的発現制御2007

    • Author(s)
      神庭昂平, 森智, 諸橋伸行, 清水光弘
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071211-20071215
  • [Presentation] α2/Mcm1-dependent positioned nucleosomes prevent activator from binding in vivo2007

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi, Kumiko Nakajima, Aaron, P. Mitchell, Mitsuhiro Shimizu
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Meeting on Mechanisms of Eukaryotic Transcription
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, New York, USA
    • Year and Date
      20070829-20070902
  • [Book] ベーシックマスター生化学2008

    • Author(s)
      大山隆, 監修, 西川一八, 清水光弘, 共編
    • Publisher
      オーム社

URL: 

Published: 2011-06-18   Modified: 2016-04-21  

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