2008 Fiscal Year Annual Research Report
プロテオミックス的手法を用いた薬剤作用解析システムの構築
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19658047
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
室井 誠 The Institute of Physical and Chemical Research, 長田抗生物質研究室, 先任研究員 (30261168)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川谷 誠 独立行政法人理化学研究所, 長田抗生物質研究室, 協力研究員 (50391925)
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| Keywords | proteome analysis / small molecule / target Protein / 2D-DIGE |
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| Research Abstract |
薬剤標的を決定するための解析にプロテオミックスを応用したシステム構築をめざし研究を行った。2次元電気泳動法をベースとしたプロテオーム解析システムである2D-DIGEのシステムを用いて薬剤処理HeLa細胞の解析を行った。昨年度までに解析を行った18薬剤に加え新たに25薬剤についてHeLa細胞の発現データを取得した。データは薬剤非処理のコントロールの発現量に対する増減比として取得した。1回の解析あたり約700のタンパク質スポットが検出定量されるが、1サンプルあたり約700のデータをコンピュータのデータベースシステムを用いて管理をするシステムこととし、全データを入力した。全てのサンプルで再現性良く定量されたスポットをデータベースから抽出するためのシステムを作成し、フリーウェアーを用いて、クラスター解析を行い表示する、一連の解析システムのプロトタイプを作成した。本システムは、サーバー上にプロテオーム解析データを持ち解析結果をクライアント返す、Webアプリケーションとした。新規化合と既知化合物とのクラスター解析を用いた比較解析が簡便にできるシステムになった。クラスター解析に用いる再現性の高いタンパク質スポットのうち、約200スポットについてPMF法を用いて同定し、解析システムに組み込んだ。また、薬剤作用解析システムの構築のベースとなる、2次元電気泳動を用いた薬剤の作用解析や、薬剤結合タンパク質の同定解析等を行った。
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