2021 Fiscal Year Research-status Report
クルマエビの初期発生段階・雌雄別発現解析による性決定機構の解明
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19K06243
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
伏屋 玲子 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(長崎), 主任研究員 (40373469)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂本 崇 東京海洋大学, 学術研究院, 教授 (40313390)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | クルマエビ / 性連鎖マーカー / 性決定 / GRAS-Di解析 / リファレンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
クルマエビにはこれまでリファレンスとして利用できる公開されたゲノムデータがなかったため，昨年度までは分担機関である東京海洋大学内で使用可能なゲノムデータをリファレンスに用いて解析を行ってきた。新たにロングリードのゲノムデータが公開されたため，本課題で実施したGRAS-Di解析データについて，その新しいリファレンスデータを用いて再解析を行った。前回と同様に再解析においても新たなマーカーを開発することができた。これらのマーカーについて新たにプライマーの設計を行っており，保管しているクルマエビDNAサンプルについてSNPによる雌雄判定を実施する予定である。
本課題で作成した家系の初期発生段階において固定しておいたポストラーバサンプルから生殖器部位の形成を推定した腹部をピンセットとハサミで切り出し，プロトコールに従ってRNAおよびDNAを抽出した。ポストラーバのDNAについてこれまでに開発したクルマエビ性連鎖マーカーのプライマーを用いてSNPを調べた。両親サンプルをもとに判別を行ったところ，遺伝子型による雌雄判定が可能であった。幼生期の異なる４ロットについて調べた結果，この家系のポストラーバ期では性比の偏りはみられなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
コロナ禍で分担研究機関（東京海洋大学）で実験，解析が実施できない期間が長かったため，RNA-seq解析が実施できなかった。遅れている部分に関しては研究実施期間の延長申請を行ったので，次年度実施する。
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| Strategy for Future Research Activity |
再解析により新たに開発した性連鎖マーカーの確認を行う。また，RNA-seq解析を実施し，発生段階初期に雌雄差のある遺伝子をリストアップすることにより，性連鎖マーカーと連鎖する候補遺伝子の探索を行う。
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| Causes of Carryover |
本年度はコロナ禍で実験や解析を実施予定であった分担機関の東京海洋大学は東京都の緊急事態宣言により入構規制期間が長く，予定していた分担機関での実験およびそれらも含む出張等が大幅に減少したため，次年度使用額が生じた。研究期間延長申請を行い，次年度に繰り越しを行ったため，実験，解析を進めることで，全額使用が見込まれる。
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